Если Евсевий хотел противопоставить Маркеллу церковное богословие, то Маркелла можно бы охарактеризовать со стороны формальных его принципов как своего рода представителя «библейского богословия» в IV в.; он хочет дать в своей системе извлеченное им из Библии учение. В принципе он не отвергает ни церковного Предания, ни церковных авторитетов (παρά των κατά Θεόν προγόνων διδαχθείς… Epiph. Рапаг. 72,3). Но он отрицательно относится к тому недавнему преданию, которое имели за собой ариане и их союзники, и не хочет знать уважаемых ими «церковных отцев» (όμοϋ τε πάνιας τους έκκλησιασπκούς πατέρας αθετεί, ούδενι τό παράπαν άρεσκόμενος ή μόνω έαυτω, — жалуется Евсевий. Contra Marc. I, 4, 3). Павлин Тирский, недавно лишь умерший, для них уже великий авторитет; даже Евсевий Никомидийский, которому надлежало лишь раскаиваться в своем нечестии, а не проповедовать его вновь, у Астерия причислен к «премудрым» отцам, на которых он ссылается, когда не может чего — либо доказать из Писаний. На самом деле дальше Оригена они в своих ссылках не идут. Но невелик авторитет и самого Оригена. Он иногда сам же себе противоречит, а почитатели его, например тот же Павлин, одно из него приводят, а другое замалчивают. Ориген, только что кончивший занятие философией и не изучивший еще как следует Писание, начал писать по богословию. Самое заглавие его сочинения «О началах» напоминает Платона; начальная фраза в этом сочинении повторяет подобную же фразу платоновского диалога «Горгий». Понятно, что не все, написанное им, оказалось хорошим. Маркелл, таким образом, подобно Евстафию, критически относится к Оригену. Но он вооружается не против его экзегетических приемов, а против неуместного влияния идей греческой философии в его богословии. Христианское учение, по нему, должно излагать на основании Писания и не примешивать к нему чуждых мыслей. Но, когда требуется, можно толковать Писание и иносказательно; только нужно обосновать необходимость такого толкования. Наименование, например, изречений Соломона «притчами» (παροιμίαι) прямо показывает, что буквально их понимать нельзя; во всякой притче бывает скрыт особый смысл, и даже ходячие поговорки не всегда бывают понятны без их разъяснения (например, άλλ' ή τέθνηκεν ή διδάσκει γράμματα — о пленных афинянах 415–413 гг. до P. X.) (Eus. Contra Marc. 1,3,1). Поэтому известное место Притч. 8,22: «Господь создамя», и нужно понимать не так, как понимают его ариане, не о предвечном происхождении Христа, а о Его Воплощении.
Содержание библейского богословия Маркелла сводится в общем к учению о Логосе как единственном точном обозначении того божественного начала, которое обитало во Христе. В Св. Писании усвояются Спасителю многие различные наименования, но нужно обратить внимание на то, к чему они относятся: к вечной ли божественной Его природе или к временным отношениям, обусловленным фактом вочеловечения. О вечном бытии Того, Кто воплотился, научает нас из всех священных писателей специально евангелист Иоанн Богослов в прологе своего Евангелия; у него и можно найти самое точное богословие. Но и ап. Иоанн трижды называет здесь Воплотившегося Словом — Логосом. Это именно и есть, по Маркеллу, первоначальное и единственно точное определение Божественной природы Христа в предвечном бытии Его, и понимать его нужно в собственном, не метафорическом смысле (ού καταχρησηκώς); вторичными уже и не собственными наименованиями Логоса являются названия «мудрость» (σοφία) и «сила» (δύναμις), хотя они и определяют Его тоже в вечном Его бытии. Все без исключения другие имена, прилагаемые ко Христу, имеют в виду Его проявление в мире через творение и особенно Воплощение. Сюда относятся как собственное личное имя «Иисус Христос», так и различные наименования, выражающие Его действия в мире: жизнь, путь, день, воскресение, дверь, хлеб и пр. Сюда относится и название Его образом Бога Невидимого (Кол. 1, 15): образ должен быть видим, Логос же сам по себе (καθ' εαυτόν) невидим и Сам есть Бог; видимый же сделался и вместе истинным образом Бога, когда принял созданную по образу Божию человеческую природу. Сюда же, наконец, относится и наиболее обычный эпитет «Сын Божий», равно и другие названия, соединенные с понятием «Единосущный», «Перворожденный всея твари»: рождение предполагает начало бытия и не может иметь места в Божественной вечной природе. Сыном Божиим Логос мог сделаться, только когда стал Сыном человеческим, т. е. когда воплотился.