Афанасий опять протестовал и против необходимости отправления вообще комиссии, и особенно против наличного ее состава. Комиссия действовала так, как и нужно было ожидать от нее. К допросу, производившемуся в присутствии «отступника» Филагрия и при содействии военной силы, привлечены были в качестве свидетелей язычники и оглашенные, и они показывали, будто присутствовали внутри церкви, когда Макарий изломал престол во время совершения таинства. Некоторые показали, что Исхира лежал больной в это время и что сожжения книг при этом вовсе не было. Протоколы допроса, посланные потом евсевианами папе Юлию, переданы были последним Афанасию, и евсевиане, желавшие потом уничтожить их, по его словам, приходили в бешенство, когда узнали об этом. Александрийские и мареотские пресвитеры и диаконы, совершенно устраненные от участия в деле, которое им именно и могло быть хорошо известно, протестовали против незаконных действий этой комиссии. Первые обратились с заявлением к самой комиссии и к гражданской власти, вторые отправили с письмом депутацию в Тир и просили также гражданскую власть довести дело до сведения императора (8 сентября 335 г.). Египетские епископы в Тире жаловались письменно прочим членам собора и комиту Дионисию на интриги против них евсевиан, которые задним числом собирали подписи под постановлением об отправлении комиссии, как будто бы оно состоялось с общего согласия. Видя неуспех протеста, они апеллировали затем к суду императора. Александр Фессалоникийский счел нужным напомнить Дионисию о беспристрастном ведении дела. Дионисий уведомил об этом евсевиан.
Афанасий перестал являться на собор, встречая на нем только интриги и насилия, и был осужден заочно, еще до прибытия комиссии. Когда комиссия возвратилась, осуждение было подтверждено. Его объявили лишенным сана и постановили, чтобы он не жил впредь в Александрии, как виновник постоянных смут. Мелетиане с Иоанном во главе были признаны невинно пострадавшими, и им даны были места в клире. Исхире обещано было (и потом дано арианами) епископство. Арсений подписался под низложением Афанасия, хотя потом он находился в общении с православными. Решение собора было послано императору; епископам были разосланы энциклики с предупреждением не вступать в общение с низложенным. Низложение мотивировалось: 1) тем, что Афанасий не явился раньше на собор в Кесарии; 2) прибыв в Тир со множеством своих епископов, произвел смуты и крайне неуважительно относился к своим судьям; 3) комиссия из известных уже лиц совершенно ясно установила факт разбития потира. Не все епископы подписали решение собора (Soz. Η. Ε. II, 25).
За низложением Афанасия в Тире непосредственно последовало принятие в общение Ария на Иерусалимском соборе. Император через посланного им сановника Мариана напомнил тирским отцам, чтобы они поспешили отправиться на иерусалимское торжество, куда прибыли еще многие другие епископы. Днем освящения было, вероятно, 17 сентября. Евсевий отмечает блестящую внешнюю обстановку торжества и сопоставляет Иерусалимское собрание с Никейским собором. Для Константина оно и по внутреннему значению должно было казаться соответствующим последнему: на нем завершилось примирение арианской партии с Церковью. Сам родоначальник арианства теперь возвращался в Церковь. Император лично свидетельствовал на основании беседы с арианами и письменного изложения ими веры их православие в своем послании. Опираясь на этот документ, евсевиане приняли их в общение и от имени собора написали об этом энциклику, предназначенную прежде всего для Египта, но вместе и для всей вселенной. К ней они приложили для убедительности и послание императора и выражали уверенность, что адресаты с великой радостью примут воссоединяющихся как своих братьев и отцов (Ath. De syn. аг. 21,6).
Достигнутые евсевианами с немалым трудом результаты едва было, однако, опять не обратились в ничто. Афанасий из Тира с некоторыми епископами прибыл в Константинополь (30 декабря). Константин, с которым он встретился, когда тот ехал верхом по улицам города, сначала не узнал его и не хотел даже слушать уже после того, как окружающие сказали ему о нем. Афанасий просил только одного: чтобы судившие его вызваны были перед лицо императора и последний сам выслушал бы его ответы судьям. Не желая быть несправедливым, император, наконец, согласился и довольно суровым письмом пригласил всех участников тирского суда немедленно явиться ко двору. Руководители собора отстранили, однако, всех других епископов и взяли на себя ответственность. Явились только Евсевий, Феогний, Патрофил, другой Евсевий, Урсакий и Валент, и вместо того, чтобы говорить о разбитом потире и об Арсении, выступили с новым обвинением против Афанасия: будто он угрожал своим влиянием задержать вывоз хлеба из Александрии в Константинополь. По — видимому, император поверил и этой клевете. По крайней мере, он не стал выслушивать никаких оправданий со стороны Афанасия и приказал ему отправиться в ссылку в Трир (7 ноября 335 г. или 5 февраля 336 г.). Возможно, что он не был убежден в виновности Афанасия и захотел лишь удалить его ввиду того, что его присутствие возбуждало постоянные волнения на Востоке, между тем как император выше всего ценил мир. На это, по — видимому, указывает тот факт, что он не позволил заместить Александрийскую кафедру другим лицом, хотя отвечал отказом и на просьбы александрийцев, включая Антония Великого, о возвращении Афанасия; Иоанна Архафа, заявлявшего претензии на эту кафедру, он подверг даже ссылке, не обращая внимания на решение в этом случае Тирского собора (Soz. Η. Ε. II, 31,4).