Так, выступая в ходе обсуждения действий центральных и местных властей, проходившего в Государственной Думе после белостокского погрома 29 июня 1906 года, Ф.Ф. Кокошкин говорил: "Есть нравственный уровень, ниже которого не может опускаться правительство ни в одной цивилизованной стране… Наше бюрократическое правительство опустилось ниже этого уровня. В этом заключается великий позор!.. Именно в интересах нашего национального самолюбия, именно в интересах чести и достоинства России мы должны заклеймить все то, что есть позорного в России, как бы высоко оно ни стояло, и мы должны удалить от власти все то, что опускается ниже известного нравственного уровня; и только таким путем мы поддержим честь и величие, и достоинство России".
В июне и в первые дни июля 1906 года между представителями правительства и лидерами думской фракции кадетов велись переговоры о назначении на правительственные должности лиц, пользующихся доверием большинства думцев. В списке таких лиц, предложенных лидерами кадетов дворцовому коменданту Д.Ф. Трепову и переданном императору Николаю II, назывался и Ф.Ф. Кокошкин. Он предлагался наряду с князем Львовым и Н.Н. Щепкиным кандидатом на должность товарища министра внутренних дел в правительстве, в котором в качестве кандидатов на пост Председателя Совета Министров намечались Милюков, Петрункевич и Муромцев.
После роспуска Думы Кокошкин участвовал в собрании депутатов в г. Выборге. Он подписал принятое на этом собрании воззвание, которое выражало протест против роспуска Думы и призывало население России к неповиновению властям.
В декабре 1906 года Ф.Ф. Кокошкин стал фактическим редактором издававшейся в Москве газеты "Новь". Но обострение болезни легких заставило его покинуть в апреле 1907 года данный пост и уехать для ее лечения за границу.
После возвращения из-за границы Ф.Ф. Кокошкин получил приглашение возобновить преподавательскую деятельность в Императорском Московском университете. С осени 1907 года он стал читать на юридическом факультете студентам-юристам общий курс русского государственного права. Помимо этого Кокошкин начал в это время преподавать русское государственное право в рамках Высших женских курсов, в Коммерческом институте и в Народном университете им. А.Л. Шанявского.
В декабре 1907 года Особое присутствие С.-Петербургской судебной палаты приговорило Ф.Ф. Кокошкина за участие в распространении Выборгского воззвания по ст. 51 и п. 3 ч. 1 ст. 129 Уголовного уложения Российской империи к трехмесячному тюремному заключению.
Кроме того, постановлением Московского дворянского собрания Ф.Ф. Кокошкин был 29 января 1908 года исключен из его состава. Присутствовавший на этом собрании В.Ф. Джунковский описывал это событие в своих мемуарах следующим образом: "29 января в собрании обсуждался вопрос о решительном исключении из московского дворянства Ф.Ф. Кокошкина, подписавшего Выборгское воззвание. В этот день дворяне явились в громадном числе, их было 352 человека. Все хоры были заняты дворянскими семьями, много публики было и за колоннами. Доклад собрания предводителей и депутатов по делу Ф.Ф. Кокошкина был прочитан секретарем дворянства и прослушан с напряжением. […] Председатель собрания П.А. Базилевский по выслушании доклада заявил, что никаких новых обстоятельств, которые могли бы послужить основанием для пересмотра дела по существу, не имеется, и что никаких объяснений Ф.Ф. Кокошкин звенигородскому предводителю дворянства не представил, а потому собранию предстоит лишь постановить окончательное решение. В защиту Ф.Ф. Кокошкина выступили П.А. Столповский, В.В. Пржевальский, князь Е.Н. Трубецкой, Ю.С. Кашкин и князь П.Д. Долгоруков. П.А. Столповский говорил о неправильном применении статей 165 и 166 IX тома, которые гласили, что только дворянин, опороченный судом, может подлежать исключению, а Ф.Ф. Кокошкин хотя и был под судом, но приговор суда еще не вошел в законную силу, и следовательно, он еще не опорочен судом… Князь П.Д. Долгоруков произнес пространную речь и в конце ее сказал: "Помните, что вы судите избранника Москвы в Первую Государственную Думу, и имей он право вновь избираться, он был бы вновь послан той же Москвой и во Вторую и в Третью Думу. И при выборах в Третью Думу с их классовыми перегородками он был бы избран десятками тысяч голосов, при всеобщем же голосовании за него подали бы сотни тысяч, и ему было бы оказано Москвой предпочтение перед всеми нами, находящимися в этом зале. Таким образом, называя Кокошкина бесчестным, вы бросаете всему московскому населению, всей Москве вызов".
58
См. об этом: Милюков П.И. Воспоминания. М., 1990. Т. 1. С. 375-386; Извольский А.П. Воспоминания. М., 1989. С. 116-124; Шипов Д.И. Воспоминания и думы о пережитом. М., 1918. С. 446-460.
59
В настоящее время этот список, напечатанный на пишущей машинке, хранится в Российском государственном историческом архиве (фонд 472. Оп. 40 (195/2683). Д. 4. Л. 3). На нем написано синим карандашом: "Получен от Его Величества. Б.Ф. 11 июля 1906". Б.Ф. - это инициалы министра императорского двора барона В.Б. Фредерикса.
60
См. об этом: Томсинов В.А. Сергей Андреевич Котляревский (1873-1939): судьба и творчество. Статья вторая // Законодательство. 2004. N 4. С. 92-93.