Главное событие, привлекшее внимание светских научных кругов Америки к средневековой философии, произошло во Франции и неожиданным образом было связано с именем Декарта. Исследование источников философии Декарта, предпринятое Этьеном Жильсоном, привело его к выводу, что Декарт испытал гораздо большее влияние схоластической философии, чем считалось ранее. Сочинения Жильсона «Схоластическо-картезианский индекс» (Index scolastico-Cartésien, 1913), «Свобода у Декарта и теология» (La liberté chez Descartes et la théologie, 1913), комментарий к «Рассуждению о методе» (Discours de la méthode, Commentaire, 1925) и «О роли средневековой мысли в формировании философской системы Декарта» (Études sur le rôle de la pensée médiévale dans la formation du système Cartésien, 1930) опровергали воззрение, основанное на высказываниях самого Декарта, что средневековую философию можно не принимать во внимание и что философия Нового времени начиналась на пустом месте. Труды Жильсона о Декарте, написанные им в период работы в Сорбонне, столице секулярного академического мира, внесли значительный вклад в то, что средневековая философия заняла свое место в истории философии. Разрыв между средневековьем и современностью уже не представлялся столь очевидным и стал важным предметом исследования. Избрание Жильсона во Французскую академию в 1929 г. укрепило его научную репутацию в Европе; изучение средневековой философии стало считаться достойным занятием в светском научном мире.
Последствием открытий Жильсона стало также и то, что он перешел от изучения философии Нового времени к средневековой философии: средневековая философия не только представлялась ему более важным предметом, чем считал Декарт, но и более интересным. Одно перечисление работ Жильсона по средневековой философии даёт представление о широте и глубине его исследований в этой области: «Томизм» (Le thomisme, 1919), «Философия св. Бонавентуры» (La philosophie de Saint Bonaventure, 1924), «Введение в изучение св. Августина» (Introduction à 1'étude de Saint Augustin, 1929), «Дух средневековой философии» (L'esprit de la philosophie médiévale, 1932), «Мистическая теология св. Бернара» (La théologie mystique de Saint Bernard, 1934), «Элоиза и Абеляр» (Héloise et Abélard, 1938), «Данте и философия» (Dante et la philosophic, 1939), «Философия в средние века: от патристики до конца XIV века» (La philosophie au moyen âge: Des origine patristique à la fin du XIVе siècle, 1944) и «Иоанн Дуне Скот: введение в основные положения его философии» (Jean Duns Scot: Introduction à ses positions fondamentales, 1952). Исследования Жильсона подвергли сомнению два центральных положения энциклики «Aeterni Patris»: первое, что термины «средневековый» и «схоластический» в отношении философии являются синонимами; второе, что средневековой философии свойственно доктринальное единство. Жильсон утверждал, что не всех средневековых философов можно назвать схоластами. Хотя его работа «Дух средневековой философии» и даёт представление о том, что было общим для разных философов средневековья, он постоянно подчеркивал, что это не должно заслонять от нас бесспорных различий в учениях средневековых философов.
Но, пожалуй, самым замечательным в интеллектуальном пути Жильсона было то, что, исследуя философию средних веков, он не ограничился выяснением её места и роли в истории философии; он пришел к выводу, что средневековая философия не только интереснее современной, но она является и более истинной, и это справедливо прежде всего по отношению к философии Фомы Аквинского. Именно изучение истории философии, а не авторитет церкви, привело Жильсона к изучению средневековой философии как философии и к пониманию того, что последствия недостаточного развития естественных наук в средние века не так плачевны, как заблуждения современных философов, превращающих философию в науку и ставящих во главу угла человеческое Я, а не бытие. Ошибки средневековья можно исправить, чего не скажешь о современности. В работе «Методический реализм» (1936) Жильсон опроверг утверждение о том, что средневековый реализм был эпистемологически наивен. Он признавал, что средневековые философы не занимались проблемами теории познания, поднятыми Декартом и другими философами Нового времени, однако история новой философии, по его мнению, доказывает, что не существует альтернатив реализму: нет пути назад к миру, если отправной точкой избран разум. В работе «Единство философского опыта» (1937) он показывает, что на протяжении всей истории философии постоянно возникает стремление свести философию к одному из её разделов или к одной из наук. Фома Аквинский, как он считает, наиболее успешно избегает этой тенденции. В «Бытии и сущности» (1948) Жильсон вновь прибегает к истории философии как к способу философствования: философы постоянно пытаются исключить из своих учений существование, поскольку оно несводимо к концепту, а Аквинату, как он снова утверждает, лучше всех удается справиться с этой проблемой.