Утром 16 августа члены правительства собрались без Чарторыского. Лелевель составил проект воззвания с обещанием, что правительство в соответствии с требованием народа будет вести отныне революционную политику. Но он не получил поддержки центристов-калишан. Они были напуганы событиями последней ночи и теперь отшатнулись вправо. Их кандидат на пост главнокомандующего — генерал Прондзиньский — отказался принять этот пост. Национальное правительство вопреки голосу Лелевеля подтвердило назначение главнокомандующим Дембиньского, а затем подало в отставку.
События развивались быстро. 17 августа Дембиньский ввел в Варшаву отборные воинские части, разогнал Патриотическое общество и приказал арестовать его крупнейших деятелей. Он сам признает, что в какой-то момент собирался расстрелять без суда Лелевеля, однако в конце концов махнул на него рукой. Дембиньский опубликовал воззвание, в котором события 15 августа и все действия левых сил приписывал… царским агентам. В течение одного дня он оттолкнул от себя не только население Варшавы, но и всех тех, кто еще хотел продолжения борьбы.
Эти настроения создали условия для неожиданной карьеры Круковецкого. Сейм назначил его председателем правительства и предоставил ему почти диктаторские полномочия, которые ранее отказывался дать Чарторыскому. Круковецкий немедленно отстранил Дембиньского от командования, назначив на его место Казимежа Малаховского, почтенного человека, но абсолютно бездарного в военном отношении. В громких воззваниях Круковецкий заявлял, что теперь война будет вестись решительно. В Варшаве он приказал расстрелять нескольких второстепенных участников самосуда 15 августа. Затем он отправил на далекое расстояние от Варшавы две сильные группы войск — одну на восток, другую на север, в места, свободные от противника, — и с ослабленным таким образом гарнизоном Варшавы пассивно ожидал штурма.
6 сентября 1831 года армия Паскевича, сокрушая героическую оборону Варшавы, захватила первую линяю обороны в предместье Воля. На следующий день Круковецкий сообщил сейму, что он начал с командующим царской армией переговоры о капитуляции. Возмутившаяся слишком поздно палата лишила Круковецкого, признанного повсеместно изменником, полномочий председателя правительства. Однако в городе царил полнейший хаос, и никто не хотел взять на себя его дальнейшую оборону. В эту ночь по понтонному мосту, переброшенному через Вислу, покидали город не только остатки побежденной армии, но и толпы гражданского населения, которые не хотели примириться с поражением. Среди этих толп шел, как и все, пешком Лелевель, «исхудалый, изможденный, бледный, с котомкой за плечами».
Вот как описывает его в момент ухода в изгнание один из мемуаристов: «Мне указали человека, спину которого согнули годы, а глаза состарил труд; в праздничном фраке и высоких венгерских сапогах, с котомкой за плечами и зонтиком в руке, он шел, терпеливо преодолевая усталость, и в немом изумлении оглядывался на Варшаву. Это был Иоахим Лелевель». Он оставил в Варшаве старую мать, которую ему уже не было суждено увидеть вновь; оставил свою библиотеку и все свои научные собрания. Он шел куда глаза глядят, может быть еще не зная толком, идет ли он для того, чтобы продолжать борьбу, или только для того, чтобы избежать мести неприятеля.