Ульянов оставил Петербург 1 марта, провел несколько дней с матерью в Москве и 18 марта прибыл по железной дороге в Красноярск. Отсюда ему предстояло плыть вверх по Енисею. 20 марта он достиг пункта, назначенного ему для отбытия ссылки, — деревни Шушенское в Минусинском уезде. В июне, по постановлению властей Енисейской губернии, Ульянову назначили ежемесячное пособие в размере 8 рублей для покупки еды, одежды и необходимых в хозяйстве вещей. Исключительная дешевизна жизни в Сибири в то время делала эту сумму достаточной для скромного существования. Все три года Ульянов почти безвыездно оставался в Шушенском. Срок ему исчислялся с момента постановления о ссылке, то есть с 10 февраля 1897 года. За все это время он покидал Шушенское только дважды: ненадолго ездил в Минусинск и с разрешения губернатора отлучился на неделю в Красноярск для медицинской консультации.
Местность, где Ульянов провел годы ссылки, находилась на юге Центральной Сибири и в те годы была мало населена. Редкие поселения окружала нетронутая природа, в лесах обитало много диких животных и птиц. Ульянов с большим увлечением охотился. В мае 1898 года в Шушенское прибыла Крупская, а 22 июля Ульянов и Крупская поженились. В ссылке, как и ранее в тюрьме, Ульянов интенсивно занимался научной работой: заканчивал книгу «Развитие капитализма в России». Том появился в 1899 году (под псевдонимом Владимир Ильин). Во время пребывания в Шушенском Ульянов вел постоянную переписку со своими сторонниками, — и, подобно ему, находившимися в Сибири, и остававшимися на свободе. Посему он не утерял контактов с единомышленниками и ясно представлял положение дел в стране. А ссылка создала вокруг его имени ореол. Отнюдь не случайно, что в отсутствие Ульянова I съезд РСДРП избрал его редактором готовящейся «Рабочей газеты».
I съезд партии собрался нелегально в Минске. Присутствовали представители марксистских групп Петербурга, Москвы, Киева, Екатеринослава, а также еврейской социал-демократической организации, называвшейся Бунд. Делегаты от Бунда объявили, что они готовы войти в РСДРП как автономная группа. Организатором съезда была киевская марксистская группа, два делегата которой составили президиум съезда. Избранный Центральный комитет состоял из трех человек: представителей киевской группы, «Петербургского союза борьбы» и Бунда. Вскоре после съезда полиция снова совершила налет на нелегальные квартиры главных организаций. Из трех членов Центрального комитета двоих арестовали. I съезд не создал действительную организацию, но его значение было в том, что он декларировал идею партии. Кроме того, большую роль сыграл манифест I съезда РСДРП, который от имени съезда издала Санкт-Петербургская группа. Автором манифеста был Струве.
Год спустя после I съезда российские марксисты стали размежевываться на «твердых» и «мягких» — деление, которое Ульянов уже предчувствовал, когда жил в Петербурге и протестовал против книги Струве. Умеренная тенденция в русском марксизме выразилась в форме, получившей позднее название экономизма. Экономизм не являлся особенностью только русского марксизма. В Германии ему соответствовал ревизионизм или течение Бернштейна (книга Бернштейна «Эволюционный социализм: критика и утверждение» в немецком оригинале появилась в 1899 году).
В том же году Е. Д. Кускова — один из лидеров экономистов — пустила в обращение обобщенное изложение своих взглядов на рабочее движение в России. Этот набросок попал в руки «твердых» марксистов, которые назвали его «Кредо» и восприняли как манифест экономического крыла своей партии. Тут же они забили тревогу. Колонии марксистской ссылки в Сибири кипели негодованием, резолюции протеста были приняты минусинской группой, возглавляемой Лениным, и туруханской группой во главе с Мартовым. «Кредо» основывалось на идее, что российское рабочее движение носит не политический, а чисто экономический характер. Если социал-демократическая партия желает быть рабочей партией, она должна идти к рабочим не с абстрактными теориями, а с твердым знанием их насущных интересов. Такая партия должна действовать не на основе указаний живущих за границей деятелей, а в соответствии с активностью самих рабочих. Идеи «Кредо» в действительности были идеями тред-юнионизма.
Конфликт с идеями экономизма выдвинул Ульянова в качестве лидера, сплачивающего силы «твердых» марксистов. Он почувствовал в себе способности для руководства партией и одновременно счел своим долгом сохранить в чистоте социал-демократическую идею, как он ее понимал. Для дальнейшего развития партии совершенно необходимым стал собственный печатный орган. При существовавшей цензуре его можно было основать только за границей. Этими замыслами — учреждения социал-демократического рабочего периодического органа и объединения «твердых» марксистов в единую организованную партию — Ульянов и жил последние месяцы своей ссылки.