Новый избирательный закон, принятый 3 июня, не был полностью парламентарным: Дума была ограничена в своих правах намного больше, чем любой западноевропейский парламент. Ахиллесовой пятой образованного в июне правительства и Думы была слабость по отношению к императорской власти. 3 июня власть переменилась, но политические идеи Николая II остались прежними. Он продолжал относиться к Думе Столыпина так же недружелюбно, как относился к Думе Витте. А вскоре он возненавидел и самого Столыпина точно так же, как ненавидел Витте. Царь пытался проводить свою собственную политику через такие крайне реакционные организации, как Союз русского народа. Политические усилия Николая II не ограничивались тайными интригами и давлением.
Для осуществления своего влияния он имел и официальное, основанное на законе учреждение — Государственный совет. Этот Совет был организован в качестве противодействия Думе в тот момент, когда правительство опасалось, что может оказаться лицом к лицу с политически враждебной ему Думой. Кардинальной ошибкой Столыпина стало то, что он не преобразовал Совет сразу после того как Дума стала дружественной правительству. Это обстоятельство доставило ему много неприятностей, а позже, во время мировой войны, привело к неразрешимому конфликту императора с Думой.
Собственная программа Столыпина сочетала две цели: с помощью армии и полиции сокрушить открытое революционное движение и посредством Думы осуществить серьезные реформы в жизни народа. Военно-полевые суды, введенные в период между Думами, продолжали действовать, и Дума их не отменила. Однако количество казней постепенно снижалось, и это было неоспоримым доказательством того, что страна медленно успокаивается. В 1908 году было казнено 782 человека, а в 1911-м — 73.
Столыпинские реформы, одобренные Думой, прежде всего были направлены на улучшение положения крестьян. Его аграрный план состоял в разрушении общины; в сущности, он исходил из той же экономической концепции, которую выразил Ленин в своей книге «Развитие капитализма в России», опубликованной в 1899 году. Подобно Ленину, Столыпин рассматривал общину как препятствие для развития среднего класса в деревне. Ленин возлагал свои надежды на бедноту, которой должны помочь средние крестьяне. Столыпин делал ставку на зажиточных крестьян, а также на поддержку их со стороны средних крестьян. Вместе с общиной подлежали ликвидации и те правовые пережитки, которые ставили крестьян в особое положение. Крестьяне получали почти те же права, которые имели остальные граждане. Венцом этой политики стал закон, проведенный через Думу уже после смерти Столыпина. Он сыграл очень важную роль, хотя имел много недостатков. Согласно этому закону власть земских начальников уничтожалась.
Очень большое значение имела деятельность Думы в области народного образования. В 1908 году Дума утвердила программу Министерства народного образования о введении всеобщего обучения в России; полное осуществление этой программы намечалось на 1922 год. Для проведения ее в жизнь Дума предусмотрела ежегодное увеличение в бюджете ассигнований на нужды Министерства народного просвещения. Государственный совет не санкционировал общий план, но Министерство было самостоятельным учреждением, поэтому план в действительности стал осуществляться.
Рабочему вопросу кабинет Столыпина уделял меньше внимания. Сам Столыпин был из провинция и поэтому лучше знал сельскую проблематику и больше интересовался ею. Трудовое законодательство в Думе продвигалось медленно. Тем не менее было принято несколько законопроектов по рабочему вопросу. Но закон о рабочем страховании в окончательной форме был принят только в 1912 году, уже после смерти Столыпина.
Несмотря на большие недостатки столыпинской администрации, она оказалась жизнеспособной и способствовала прогрессу в России.
Третьеиюньский режим в практике парламентаризма в России продвинулся много дальше, чем режим двух предыдущих Дум. Между кабинетом и представителями народа были основаны деловые отношения. Главной оппозиционной партией в Думе стали теперь кадеты во главе с петербургским депутатом Милюковым. Оппозиция носила чисто внешний характер и не затрагивала основных принципов режима; несмотря на острые конфликты, которые возникали по отдельным вопросам, отношения между октябристами и кадетами постепенно улучшались, что сделало возможным во время войны основать «прогрессивный блок».