Естественно, в кругах Антанты возникла идея об использовании их для восстановления в России фронта против Германии. Немцы, со своей стороны, с трудом переносили присутствие в России вооруженных сил Антанты. То ли по настоянию германского посла графа Мирбаха, то ли по инициативе самого советского правительства 25 мая 1918 года был дан приказ о разоружении чехословаков. Именно этот приказ стал сигналом к открытому конфликту между чехами и большевиками. При поддержке эсеров и местного населения чехи одним ударом свергли большевистскую власть на всей территории от Волги до Владивостока.
Под защитой чехословацких войск на Волге и в Сибири возникли враждебные большевикам правительства. Эти правительства немедленно стали собирать силы. Правительство на Волге основали члены Учредительного собрания, перебравшиеся в Самару. Оно состояло из бывших членов фракции правых эсеров Собрания, распущенного Лениным в январе 1918 года. Сибирское правительство было тесно связано с руководителями крестьянского кооперативного движения, большинство из которых также принадлежало к правым эсерам. Уральские и оренбургские казаки также восстали против большевиков. Итак, вся Восточная и Юго-Восточная Россия быстро вышла из-под контроля советского правительства.
Немного позже подобные события произошли и в Северной России. 27 июня 1918 года союзники высадили свои войска в Мурманске, а 2 августа — в Архангельске. Под защитой экспедиционных войск Союзников в Северной России было организовано антибольшевистское правительство (тяготевшее к правым эсерам).
Воевать с чехословаками и с русскими антибольшевистскими силами оказалось много легче, чем воевать с Германией. И все-таки это потребовало громадных усилий. Необходимость иметь собственные военные силы была настолько острой, что еще до восстания чехословаков советское правительство стало создавать организованную армию. Она получила название Красной Армии и была сформирована еще до заключения Брест-Литовского мирного договора по декрету Совета народных комиссаров, опубликованному 3 февраля 1918 года.
После заключения Брест-Литовского мира организация Красной Армии была продолжена, очевидно, в предвидении конфликта с контрреволюцией и Антантой. В апреле 1918 года появился ряд важных декретов, заложивших твердые основы Красной Армии. На территории России повсеместно создавались Военные комиссариаты, и восстанавливался принцип назначения на командные должности офицеров (вместо выборных из солдат, что практиковалось в первые месяцы после революции). Назначенный комиссаром по военным делам Троцкий проявил громадную энергию, занимаясь организацией армии.
И в Главный штаб Красной Армии, и почти на все командирские посты были назначены офицеры бывшей императорской армии. Некоторые из них пошли на это добровольно, вернувшись к своему обычному профессиональному занятию, другие согласились нехотя, ища средства к существованию или под угрозой репрессий. Для наблюдения за командирами из офицеров были поставлены особые политические руководители (из членов коммунистической партии). Позже, во время гражданской войны, родственники этих беспартийных офицеров стали заложниками в руках правительства. В каждом подразделении армии были сформированы «коммунистические ячейки» для наблюдения за солдатами-некоммунистами и восстановления дисциплины в армии. К маю 1918 года общая численность Красной Армии достигла 300 тысяч человек.
Получив известие о чехословацком восстании, ВЦИК принял постановление о принудительном наборе в Красную Армию. Первый призыв рабочих в ряды Красной Армии был объявлен в Москве 17 июня, в Петрограде — 29 июня. Главнокомандующим Красной Армией на фронте против чехословаков был назначен левый эсер Муравьев, ранее полковник императорской российской армии. Его назначение объясняется тем, что в первые месяцы большевистской революции он получил широкую известность. Во время наступления Краснова и Керенского на Петроград он командовал войсками Петроградского военного округа. В феврале 1918 года большевистские войска под его командой изгнали из Киева Центральную раду и заняли город. Только немцы выпихнули большевиков вновь из Киева.
4 июля 1918 года в Москве открылся V съезд советов. Одной из его задач явилось принятие новой конституции РСФСР, которая была разработана при участии Ленина. Но вначале съезд не мог заняться мирной законодательной деятельностью.