Покушение на графа Мирбаха поставило Ленина на грань разрыва отношений с Германией. 14 июля была получена нота германского правительства с требованием разместить в Москве батальон немецких солдат для охраны германского посольства. Ленин категорически отказался выполнить это требование. На следующий день он сделал соответствующее заявление во ВЦИК: «Подобного желания мы ни в коем случае и ни при каких условиях удовлетворить не можем, ибо это было бы, объективно, началом оккупации России чужеземными войсками».
Ленин правильно оценил международную ситуацию. Германии было невыгодно разрывать отношения с советским правительством: только что началось генеральное наступление немцев на Западном фронте — их последняя попытка выиграть войну. Германия не смогла бы отправить в Россию значительные силы. Более того, как и в феврале 1918 года Ленин прекрасно понимал: если все же придется порвать с Германией, он сможет рассчитывать на поддержку союзников. В этом случае им придется прекратить помогать всем, выступающим против Ленина силам. Поэтому разрыв с Германией мог принести Ленину лишь выгоду. Но и немцы отлично понимали это. Германия дала обратный ход.
В эти дни, когда конфликт с Германией казался неминуемым, решилась судьба бывшего царя Николая II. В момент захвата власти большевиками он и его семья находились в заключении в Тобольске. В мае 1918 года, когда разразилась гражданская война, большевики перевели императорскую семью в Екатеринбург. Там местные большевики, получив по телеграфу распоряжение, отправленное из Москвы Свердловым, уничтожили всю царскую семью. Большевики не хотели рисковать, оставляя в живых Николая II, поскольку русские контрреволюционеры могли его освободить. Возможно, июльские сложности в отношениях с Германией тоже сыграли свою роль, поскольку Германия в случае разрыва отношений с советским правительством могла извлечь выгоду из существования бывшего императора.
После подавления июльских заговоров Ленин с новой энергией принялся за дела, связанные с гражданской войной. 10 июля 1918 года V съезд советов принял принципиальное положение об обязательной военной службе трудящихся: те элементы населения, которые не принадлежали к классу трудящихся, должны были служить на вспомогательных работах в тылу. 29 июля в печати появился декрет об учете всего способного к военной службе населения в возрасте от 18 до 40 лет. Несмотря на большое число дезертиров и уклоняющихся от регистрации, Красная Армия к середине сентября 1918 года насчитывала около 400 тысяч человек. 2 сентября был создан Революционный военный совет — орган управления армией, объединявший командные и политические функции. В него входили как те большевики, которые занимались военными делами (в том числе Троцкий), так и генералы старой армии. Главнокомандующим на Восточный фронт вместо Вацетиса (которого стали подозревать в наполеоновских амбициях) был назначен бывший офицер Генерального штаба царской армии Сергей Каменев. Каменев сумел отлично организовать армию на Восточном фронте и не только остановить врага, но и начать наступление против чехословаков и эсеровских войск.
Однако советское правительство испытывало трудности не только в военных вопросах. В этот период выявились огромные сложности в деле организации тыла армии. Гражданская война и вооруженные восстания усилили экономический кризис в Советской республике, особенно ощутимой стала нехватка продовольствия. Вначале Ленин пытался справиться с критическим положением, продолжая жесткую политику распределения хлеба и других продуктов. В самом начале августа он написал обращение к рабочим с призывом: «Товарищи-рабочие! Идем в последний, решительный бой!» Он просил рабочих поддержать коммунистическую продовольственную систему. «Беспощадная война против… кулаков! — восклицал Ленин. — Смерть им!»
Но коммунистическая система продовольственного снабжения оказалась на грани краха. Ленину пришлось пойти на уступки и отказаться от идеи передать сбор продовольствия в деревне под полный контроль Комитетов бедноты. Ему пришлось принять во внимание интересы большинства крестьянского населения, так называемого среднего крестьянства. В интересах среднего и богатого крестьянства 8 августа Ленин согласился на установление тройной цены на хлеб (именно за это он не так уж давно яростно упрекал Временное правительство).