Если после революции 1905 года положение в большинстве регионов России до конца 1907 года в основном стабилизировалось, то в Баку продолжал тлеть революционный пожар, тем более что его энергично раздувал местный большевистский партийный комитет, в который в конце октября 1907 года вошел Коба-Сталин. Не в последнюю очередь этим объяснялись многочисленные трудовые конфликты, которые постоянно, словно на конвейере, происходили в нефтяной промышленности Баку и к которым, как правило, был причастен Коба-Сталин. В качестве рупора он в то время использовал журнал «Гудок», который выходил в Баку как легальный орган большевистских профсоюзов. Кроме того, характерным для ситуации в Баку является следующий факт: после того как местные власти одобрили выбор делегатов от рабочих для совещания с предпринимателями по вопросу истечения срока договора о тарифах, эти делегаты месяцами имели возможность продолжать заседания и обмениваться мнениями по политическим вопросам. То обстоятельство, что в сообщениях из Баку постоянно шла речь о мероприятиях, которые были немыслимы в любом другом месте России, обратило на себя внимание Ленина и заставило его внимательнее присмотреться к большевистским лидерам, которым удалось добиться столь значительных успехов. Таким образом? в поле зрения Ленина снова, и на этот раз на более долгое время, попала личность Кобы-Сталина.
Одновременно деятельность Кобы-Сталина привлекла внимание и царской «охранки». В марте 1908 года он вместе с другом и сообщником Орджоникидзе, который впоследствии сыграет значительную роль в восстановлении тяжелой промышленности в СССР и в 1937 году умрет при таинственных обстоятельствах, был арестован и после восьмимесячного пребывания в тюрьме депортирован в Сольвычегодск Вологодской губернии.
Условия, в которых Коба-Сталин провел восемь месяцев в бакинской тюрьме, были несравненно хуже, чем в тюрьме в Батуме, где он находился с апреля 1902 года по ноябрь 1903 года. То, что делало пребывание в батумской тюрьме вполне сносным для ее обитателей, в бакинской тюрьме почти полностью отсутствовало, хотя и здесь заключенные имели возможность вести дискуссии на политические темы, даже отправлять на волю статьи для публикации в нелегальных журналах. Атмосфера в бакинской тюрьме была гнетущей, поскольку заключенные постоянно и вполне оправданно опасались шпиков и провокаторов, которыми были окружены. По этой причине среди заключенных временами возникал своего рода психоз, результатом которого были жестокие столкновения и даже убийства лиц, которых справедливо или необоснованно считали провокаторами. В источниках сообщается, что Коба-Сталин принадлежал к наиболее активным преследователям подозреваемых и, случалось, не останавливался перед тем, чтобы причинить вред невинному человеку, если тот по какой-либо причине ему не нравился. В связи с массовыми убийствами, которые производились по указанию Сталина в периоды крупных чисток 1936-38 гг., это представляется совершенно достоверным. К тому же доказан факт, что во время казней, регулярно производившихся в бакинской тюрьме, Кобе-Сталину удавалось спокойно спать, даже если жертвами становились его товарищи.
В конце февраля Коба прибыл в Сольвычегодск, однако спустя четыре месяца он совершил побег и отправился вначале в С.-Петербург, где нашел приют у рабочего Аллилуева, своего будущего тестя; затем в июле 1909 года он снова оказался на Кавказе.
После возвращения в Баку Коба-Сталин снова с головой окунулся в конспиративную деятельность, которая показалась ему тем более необходимой, что положение партии за время его отсутствия в Баку ухудшилось: численный состав уменьшился и настроение внутри большевистской партии оставляло желать лучшего. Вследствие этого подпольное движение в Баку почти замерло. К этим неприятностям добавились споры среди политических эмигрантов, находящихся за границей, которых Коба упрекал в полном непонимании условий российской действительности. Впрочем, при этом он постоянно следил за тем, чтобы нападками на эмигрантов не осложнить своих отношений с Лениным.
В марте 1910 года, в разгар подготовки всеобщей забастовки в нефтяной промышленности Баку, Коба, скрывавшийся от полиции под именем Меликьянц, был снова арестован. Ему пришлось шесть месяцев провести в тюрьме в ожидании приказа о высылке, однако все кончилось довольно благополучно: Кобе-Джугашвили предписывалось отбыть в Сольвычегодске срок, оставшийся от предыдущей ссылки. На этот раз он не пытался бежать и был освобожден в конце июня 1911 года.
На этом закончился кавказский период жизни Кобы, поскольку из Сольвычегодска он больше не вернулся на Кавказ. Вначале отправился в Вологду, а два месяца спустя он уехал в С.-Петербург несмотря на то, что пребывание там было ему запрещено полицией. В С.-Петербурге он прежде всего разыскал своего друга Аллилуева. Это произошло в тот самый памятный день 18 сентября 1911 года, когда в киевском театре агент-провокатор «охранки» совершил покушение на Столыпина, закончившееся смертью премьер-министра. Волнение, охватившее в связи с этим происшествием царскую тайную полицию, вызвало волну арестов лиц, находящихся на подозрении у «охранки». Разумеется, в их число входил и Коба, который на несколько месяцев отправился в тюрьму, а затем административным порядком был выслан на три года в Вологду. Однако Вологда, бывшая тогда центром одноименной российской губернии, находилась не на краю света, а царская «охранка», что касается бдительности и изощренности, даже отдаленно не достигала уровня ЧК, ГПУ, НКВД и МВД, и нет ничего удивительного в том, что столь опытному и прошедшему огонь, воду и медные трубы «подпольщику», как Коба, в короткий срок удалось провести полицию и в феврале 1912 года ускользнуть из Вологды.
Тем временем в январе 1912 года в Праге собрался съезд избранных членов Российской социал-демократической рабочей партии, на котором были представлены преимущественно большевики и лишь два меньшевика. На этом съезде было положено начало независимой, с организационной точки зрения, партии большевиков и принято решение об участии в выборах в четвертую Государственную Думу. Во вновь избранный в Праге большевистский Центральный Комитет вошли Ленин, Зиновьев, Орджоникидзе и другие, а Коба был кооптирован in absentia[11], что можно считать его вхождением в партийную иерархию.
В последовавшие за этим месяцы Коба развил лихорадочную деятельность; он побывал на Кавказе, в Москве и С.-Петербурге, наладил там связи с большевиками-депутатами Думы, готовил выход первого номера газеты «Правда» и т. д. В результате этого в конце апреля 1912 года он был снова арестован и сослан, на этот раз на четыре года в Восточную Сибирь, в Нарым на Оби. Однако уже в сентябре он бежал из Нарыма, и в С.-Петербурге принял участие в подготовке к выборам в четвертую Думу, а в ноябре 1912 года появился в Кракове на конференции, где под председательством Ленина обсуждалась дальнейшая тактика большевистской партии. На краковской конференции Ленин настоял на том, чтобы была наконец проведена ясная разделительная черта между большевиками и меньшевиками, поскольку во время выборов в Думу наглядно выяснилось, что последние выступают от имени среднего сословия. Однако после возвращения в С.-Петербург Коба не в полной мере следовал директивам Ленина по этому вопросу, ибо как он, так и депутаты-большевики считали нецелесообразным демонстрировать крайне правым депутатам Думы напряженность, возникшую в рядах социалистов. Для того чтобы сгладить разногласия, в начале 1913 года Ленин вновь вызвал Кобу и шестерых депутатов-большевиков в Краков, где ему удалось убедить последних в необходимости отмежеваться от коллег-меньшевиков. Его расхождения во мнениях с Кобой были искусно преодолены путем компромисса.