Традиционно монастырская трапезная ассоциировалась с Тайной вечерей, служившей излюбленной темой тосканской живописи, и Леонардо рано или поздно должен был столкнуться с этим самым знаменитым сюжетом из истории христианства, написать огромную «Тайную вечерю» для новой постройки, сооруженной великим Браманте.
Получив заказ, Леонардо тут же принялся обдумывать композицию будущего произведения. Перед его глазами стояла фреска, созданная Гирландайо для трапезной монастыря Сан-Марко во Флоренции. Леонардо решил, что масштаб его будущего живописного изображения станет определяться размерами помещения: девять метров в ширину и пять в высоту. Чтобы решить столь грандиозную задачу, он решил использовать технику темперы, поскольку клеевая краска сохнет не так быстро, как фреска. Это позволит ему вносить дополнения, добиваясь совершенства стиля, ретушировать детали и производить всякого рода исправления.
Леонардо не подходила техника фрески, требующая быстрой работы по свеженанесенному слою штукатурки. Даже для настенной живописи он выбирает масло, сохнущее медленнее и потому позволяющее не спешить с выполнением заказа. Так он мог работать по настроению, оттягивая переход к окончательной отделке. Масло в большей мере отвечало его манере. Медлительность, с какой он работает, со временем войдет в поговорку. И на этот раз он долго, неторопливо трудится над подготовительными этюдами, так что на выполнение заказа у него уходит более трех лет.
В своей «Тайной вечере» Леонардо запечатлел тот момент, когда Христос объявляет своим ученикам: «Один из вас предаст меня». Апостолы, сидящие за длинным фронтальным столом, совершенно в тосканской манере, взволнованы, ошеломлены. В спонтанном порыве чувств они разбились на четыре группы по трое, а в центре выступает одинокая фигура Христа, удивительным образом оказавшегося в изоляции. Это ощущение изоляции усиливается сеткой ретроспектив, обращенных к нему. Сильное впечатление монументальности создается тем, что зритель, находящийся в центре трапезной, оказывается немного ниже точки действительного исхода перспективы. Это подобно театральной перспективе, в которой плоскости пола и потолка идут с уклоном, тогда как боковые плоскости, стены, представляются усеченными. Леонардо осуществляет переработку визуальной пирамиды, служившей основой теории Альберти, своего единственного наставника в области учения о перспективе. Помимо этого много и других новшеств: персонажи лишены нимбов, даже Христос, и впервые при разработке темы Тайной вечери предатель виден анфас, а не со спины. В тот момент он еще не совершил предательства, и потому нет оснований скрывать его лицо.
«Тайная вечеря» выполнена на пространстве 4 метра 60 сантиметров в высоту и 8 метров 80 сантиметров в длину. Примененная Леонардо техника письма темперой позволяла ему не только вносить дополнения и исправления, но и менять цветовую гамму ради достижения хроматической гармонии целого. Продолжая творческие поиски, он достиг такой степени элегантности и ясности стиля, которая резко контрастировала с темной и тяжелой манерой письма, присущей эпохе Средневековья. Наложение темперы, смешанной с маслом, на двойной слой штукатурки явилось действительно революционным, но вместе с тем и фатально рискованным приемом, учитывая крайне неблагоприятные атмосферные условия. Из-за повышенной влажности в трапезной со временем стал меняться первоначальный цвет красок, а затем началось и отслоение красочного слоя. Негативные изменения начались уже в 1513 году, и далее состояние этого знаменитого произведения Леонардо неуклонно продолжало ухудшаться. Как если бы хрупкость творений рук человеческих предвосхищала их судьбу, образы апостолов блекли по мере старения их моделей. «Тайная вечеря» мало-помалу покрывалась шрамами, наносимыми временем, тускнела, пропадала на глазах у публики, бессильной воспрепятствовать ее исчезновению.
Трагический финал этого последнего произведения, созданного Леонардо в Милане, заставил мастера критически пересмотреть весь миланский период его жизни. Это время вдруг представилось ему наполненным бесполезными трудами и тщетным упорством и отмеченным запоздалым признанием ввиду слишком малого количества завершенных произведений – правда, ответственность за это он не возлагал целиком на себя. Его переполняло горестное чувство, брала досада за бездарно растраченное время. Таков был итог его жизни в Ломбардии!