Изображение сцены Благовещения во времена Леонардо да Винчи уже не было новшеством. Правда, обычно ее помещали на фоне архитектуры, подчеркивавшей драматизм этой сцены. Леонардо же изобразил этот сюжет в горизонтальном панно на фоне пейзажа, создававшего особое, прежде неведомое настроение. Геометрическая перспектива строится на изображении каменных блоков, образующих угол стены. На высоте последних кипарисов перспектива внезапно обрывается, исчезает. Ощущение влажного воздуха заставляет вспомнить тогда еще редко употреблявшуюся формулу «Мария, спасительная гавань», объясняющую наличие на картине туманной дымки морского побережья. В этом произведении появляется в качестве фона голубая перспектива: Тоскана, теряющаяся в далекой лазури. О том, как добиться такой перспективы, Верроккьо лично консультировал Леонардо, когда тот работал над штандартом, представляющим Венеру и Амура, для Джулиано Медичи. Большая часть работы была выполнена сотрудниками мастерской, но Леонардо собственноручно нанес завершающие штрихи.
Хотя отец и помог ему вновь обосноваться во Флоренции, в дальнейшем он проявлял все меньше интереса к тому, как идут дела сына. Возможно, причиной послужило то, что Леонардо слишком часто бросал незавершенными заказы, полученные при посредничестве отца, и это вредило репутации последнего. Но еще вероятнее другое: у отца появился первый законнорожденный сын, что позволяло ему забыть о бастарде. Его профессия нотариуса вынуждала прислушиваться к тому, что говорят о нем, и само существование Леонардо становилось стеснительным для него. Отныне он не проявлял ни интереса, ни теплых чувств по отношению к бастарду.
Третья супруга сера Пьеро, подарившая наконец-то ему детей, а особенно его четвертая жена, которая произвела на свет еще полдюжины отпрысков, мало-помалу добились того, что Леонардо было запрещено переступать порог отцовского дома. Не было ли это продиктовано стремлением избежать его дурного влияния на законное потомство? Леонардо да Винчи покидал Флоренцию, даже не повидавшись с отцом, о котором сказал: «Он знает цену всех вещей, не имея представления о их ценности».
Мнимая стабильность республики, управлявшейся семейством Медичи, дала трещину: на Пасху 1478 года, прямо в кафедральном соборе во время мессы, на которую собралась вся городская верхушка, представители семейства Пацци совершили покушение на Лоренцо и Джулиано Медичи. Младший из братьев, красавец Джулиано, был убит тринадцатью ударами кинжала, Лоренцо же получил легкое ранение. Преисполненный ненавистью к убийцам брата, он в последующие месяцы беспощадно мстил им и их пособникам. Повсюду беспрестанно убивали, вешали, душили, побивали палками.
Боттичелли получил официальный заказ на написание портретов всех казненных врагов Медичи. Эти портреты, выполненные во весь рост, были вывешены из окон Синьории вместо самих казненных. Художник, наделенный слишком чувствительной натурой, любивший воссоздавать на своих картинах меланхолическое настроение, тяжело переживал это мрачное событие. Не таков был Леонардо, демонстрировавший невероятную, уже ставшую главной чертой его характера, невозмутимость посреди жестокого разгула политических страстей. Более того, он прямо-таки умирал от ревнивой зависти к старшему товарищу по ремеслу, которому удавалось всё, за что бы тот ни брался. Но это ничуть не уменьшало его уважения к Боттичелли и не мешало им дружить друг с другом, даром что крупные заказы всегда обходили Леонардо стороной.
Время вынужденных простоев, когда не было заказов, Леонардо использовал для того, чтобы совершенствовать свои технические приемы, следуя собственной художественной интуиции, и погружаться в занятия философией. Поступая подобным образом, он все дальше отходил от официальных живописцев, отнюдь не становясь при этом модным художником…
Об этом свидетельствуют «Мадонна Литта» и особенно «Мадонна с кошкой»: здесь он обошелся невероятно вольно со святым сюжетом, в частности при изображении мадонны. Это не могло не шокировать публику. Кошка изображена предельно реалистично, а младенец Иисус словно пытается вырваться из рук матери и дотянуться до кошки. Такое ощущение, что всё движется на этой картине. Леонардо опасался, что его произведения, слишком вольно трактующие сюжет из Священной истории, будут плохо приняты публикой. Но ему сопутствовал неожиданный успех. Посыпались новые заказы, однако угроза войны и новых политических потрясений опять отвлекла его внимание от занятий живописью.