В начале 1890 года Бруснев предложил привлечь Красина к пропаганде в рабочих кружках, хотя товарищи возражали, ссылаясь на «слишком юный внешний вид» студента, мешающий ему завоевать авторитет у рабочих. К тому времени в городе возник Центральный рабочий кружок, объединивший около 20 кружков по 6–7 человек в каждом. В него вошел и представитель студентов Василий Голубев, или «дядя Сеня», которого рабочие попросили подобрать для них грамотных лекторов. Одним из них должен был стать Красин, но этому помешали волнения в институте, распространившиеся на целый ряд петербургских (и не только) вузов. Началось всё достаточно безобидно: 8 марта директор института Ильин издал приказ об отчислении за неуспеваемость одного из студентов. Сразу распространился слух, что он изгнан «за взгляды» и через пару дней двое студентов подстерегли директора у его приемной и надавали ему пощечин; оба тут же были арестованы и отправлены в дисциплинарный батальон.
В институте немедленно начались митинги, в которых участвовало большинство студентов, заступившихся — что характерно — не за оскорбленного понапрасну директора, а за двух хулиганов. Занятия прекратились 11 марта. Бруснев пишет: «С раннего утра студенты занимали главную лестницу и не пропускали никого в учебное помещение. Точно так же занимались отрядами студентов чертежные залы и аудитории, с целью помешать учебным занятиям. В одной из самых больших чертежных происходили беспрерывные митинги. На этих митингах впервые выступил Л. Б. как оратор. Выступление Л. Б. принято было аудиторией восторженно и было замечено начальством, т. е. охранным отделением». Полиция во главе со столичным градоначальником
П. Грессером 17 марта заняла институт и арестовала всех, кто там находился, включая братьев Красиных. Это был первый для них тюремный опыт, оказавшийся достаточно безобидным: «Четыре дня, проведенные в части, прошли незаметно в пении, спорах, шутках, декламации и тому подобное».
Арестованные — около 400 человек — были освобождены 21 марта. Все они получили строгий выговор, стипендиаты лишились стипендий, а 25 зачинщиков беспорядков, среди которых оказались и Красины, исключили из института и выслали в разные города. Братья попали в Казань, но их пребывание там оказалось недолгим. Уже 13 мая, едва обустроившись на новом месте, они подали прошение о восстановлении в институте, а 23 мая ученый совет Технологического согласился на их возвращение, отметив выдающиеся способности братьев к техническим наукам. Не против была и охранка, опасавшаяся, что в Казани братья начнут распространять «подрывные» идеи среди местных студентов. Оттуда доносили, что они уже встречались со студентом П. Функом, высланным из Москвы, и другими подозрительными лицами. В итоге им разрешили на лето уехать подальше — в Тобольскую губернию к родным. Не исключено, что они навестили родственников матери в Кургане, но прямых доказательств этого нет. Как бы то ни было, 26 августа Леонид вернулся в Петербург и в сентябре приступил к занятиям; Герман присоединился к нему 16 сентября.
Всё могло обернуться для братьев не так радужно, поскольку охранное отделение начало следствие по делу «зачинщиков», пытаясь доказать, что они состоят в подпольной студенческой организации. Одной из немногих улик было изъятое при обыске письмо Леонида, которое он не успел отправить родителям; там критиковалась политика властей и выражалась симпатия к участникам беспорядков. В конце концов следователь пришел к выводу, что Красин, без сомнения, интересовался марксизмом и сочувствовал революционному движению, но нет никаких данных, что он принимал в нем участие. В отношении Германа следствие и вовсе не стали открывать, решив, что он во всем подражает брату — собственно, так оно и было.
По возвращении братьев, как и других участников беспорядков, предупредили, что при любом нарушении дисциплины они будут отчислены без права на восстановление. Однако Леонида это не смутило: он сразу же связался с группой М. Бруснева (который во время беспорядков держался на заднем плане и избежал исключения) и добился вступления в нее. «Принимая в свою среду Л. Б., — вспоминал Бруснев, — мы поставили ему условием, исключительно в конспиративных целях, по возможности воздерживаться от участия в разных студенческих делах».