Но все вдруг обернулось иначе. Причину, по которой Леонид Кучма уволил генпрокурора, Юлия Мостовая объясняет так: «Президента убедили в том, что Пискуну доверять нельзя. Для главы государства в решающий год (перед выборами. - Г. К.) чрезвычайно важно, кто будет стоять во главе прокуратуры. Пискун же неоднократно демонстрировал президенту имитацию бурной деятельности и реальное нежелание безоговорочно выполнять президентские распоряжения». 29 октября 2003 года по рекомендации Координационного комитета по вопросам борьбы с организованной преступностью и коррупцией Кучма уволил Пискуна с занимаемой должности. За это предложение голосовали 17 присутствующих на заседании членов Координационного комитета, в том числе руководитель МВД Николай Билоконь и председатель СБУ Игорь Смешко.
14 февраля 2004 года Святослав Пискун был назначен на должность заместителя секретаря СНБО.
10 декабря 2004 года по решению Печерского суда г. Киева был восстановлен в должности Генерального прокурора. Тогда говорили, что Кучма это сделал по просьбе Ющенко: мол, восстановление Пискуна было одним из элементов системы договоренностей между ними.
Генерал-лейтенант налоговой службы, заместитель председателя Союза юристов Украины, вице-президент Международного фонда юристов, член Высшего совета юстиции Украины, действительный член Всемирной ассоциации юристов, заслуженный юрист Украины. Почетный профессор Академии налоговой администрации Украины.
Награжден орденами «За заслуги» III степени, Св. Дмитрия Солунского IV ст., «Рождества Христового» II ст., кавалер ордена Святого Станислава.
Именно Пискун расследовал дело банка «Славянский», находясь на посту начальника следственного управления налоговой милиции ГНАУ. Руководивший банком Борис Фельдман утверждал, что это дело являлось политическим заказом. Пискун это отвергал; «Говорят, это дело - политический заказ. Да никакого политического заказа! Мы просто прочитали в газете о том, что остров Науру (ходили слухи, что именно через него перегоняли деньги. - Г. К.) имеет 9 тыс. человек населения, 22 кв. км, там одни шахты, и там нет ни одного банка».
Банк «Славянский» был близок к Юлии Тимошенко. Став генеральным прокурором, незадолго до начала акций оппозиции, 2 августа 2002 года, Пискун возбудил уголовное дело против Юлии Тимошенко. В частности, ее обвиняли в действиях, которые подпадали под следующие статьи: ч. 5 ст. 191 Уголовного кодекса Украины - присвоение средств в особо крупных размерах от реализации потребителями Украины российского природного газа; ч. 3 ст. 27, ч. 4 ст. 28, ч. 2 ст. 29, ст. 30, ч. 5 ст. 191 УК Украины - организация, присвоение средств в особо крупных размерах от реализации природного газа, ч. 2 ст. 366 УК - служебный подлог, ч. 3 ст. 27 УК - организация служебного подлога.
С началом сессии Верховной Рады Украины в сентябре 2002 года Пискун направил представление относительно привлечения Тимошенко к ответственности. Спикер парламента Владимир Литвин в то время начал играть самостоятельную роль. Он вошел в длительную полосу конфликтов с президентом. Литвин отправил представление назад, обвинив авторов документа в непрофессионализме.
Тимошенко тоже не сидела, сложа руки. Во время выступления Пискуна с трибуны Верховной Рады она попросила, чтобы тот продемонстрировал свои часы. «У генерального прокурора часы фирмы „Vasheron Constantin“, - говорила Тимошенко. - Стоимость этих часов - минимум 10 тысяч долларов! За какие средства их купили?» Пискун пытался опровергнуть эту информацию, но неудачно. Когда журналисты поинтересовались у продавцов, какова же реальная стоимость часов, оказалось, что Тимошенко недалека от истины.
В июне 2003 года фракция БЮТ в Верховной Раде потребовала заслушать в парламенте генерального прокурора Пискуна и главу Службы безопасности Владимира Радченко по поводу уголовного дела об изъятии крупной партии наркотиков. Тимошенко тогда заявила, что к этому делу может быть причастен Пискун, поскольку там фигурировали два сотрудника налоговой милиции. Пресс-центр СБУ заявил тогда, что Служба безопасности не располагает информацией о причастности руководителей Генпрокуратуры к наркобизнесу. Эти факты опровергал и Пискун.