В свое время Горбулин взял под свой контроль еврейские организации в Украине и привел к изгнанию из страны Вадима Рабиновича. Впоследствии Горбулин использовал фактор Рабиновича для дальнейшего обострения борьбы против руководства Службы безопасности в лице давнего друга президента Кучмы Леонида Деркача. Во время одной из пресс-конференций Горбулин недоумевал: почему в перелетах между Украиной и дальним зарубежьем Вадима Рабиновича сопровождал сын главы СБУ народный депутат Андрей Деркач? Говорят, что именно последний и вернул Вадима Рабиновича в Украину.
Однажды Горбулина спросили о причинах этого конфликта экс-главы СБУ и его сына с СНБОУ. Тот ответил: «Я здесь вижу личностные причины. Они заключаются в том, что у последнего экс-председателя СБУ и его чада наблюдалось желание быть в этой крайне важной государственной функции первыми и неконтролируемыми. И конфликтовать Деркачи начали не с сегодняшним секретарем СНБО, а с предыдущим. Ситуация развивалась не так, как это было представлено потом некоторыми гражданами иностранных государств, а на другой основе: вначале СБУ было обеспечено - в том числе и с моим участием - определенное поле деятельности, которое потом стало перерастать в определенные антидемократические формы. Сам конфликт начался в 99 году, когда Евгений Марчук шел на президентские выборы вне всяких контактов с Леонидом Деркачом. Независимо от того, кто был секретарем СНБО, кто сегодня работает на этой должности и кто будет занимать это кресло в будущем, семейство Деркачей всегда будет конфликтовать с этими людьми. Потому что они за собой оставляют право быть вершителями такой крайне важной государственной сферы, которой является Служба безопасности. Они также считают, что имеют право очень вольно использовать эту сферу в своих личных интересах. И любая ситуация, когда бывший секретарь СНБО или же нынешний приближались к сфере интересов семейства Деркачей, приводила к конфликту. Это было в 99 году. Это мы наблюдаем сейчас уже в течение года. Причины я бы поискал в личных качествах этих людей. А в целом эта ситуация приносит несомненный вред Украине как молодому строящемуся демократическому государству».
Сконцентрировав в своих руках огромную власть, узурпировав право принимать важнейшие решения, нажив множество могущественных врагов, он не мог не закончить так, как это случилось. Нет, его никто не выбрасывал на улицу. Но все-таки его отстраняли от власти - постепенно. Сначала перенесли помещение СНБОУ подальше от Банковой (потом секретари этой могущественной организации вновь туда вернулись), стали назначать заместителями «не его» людей. Президент начал получать информацию из нескольких источников. Аналитики предполагают, что основным игроком, который «развел» Горбулина, стал Владимир Литвин.
Отставка Горбулина произошла в момент между первым и вторым туром президентских выборов, когда Леонид Кучма уже был на сто процентов уверен в собственной победе. Очевидцы рассказывали, что в тот день непьющий Горбулин изрядно напился и даже плакал, недоумевая, за что же его отстранили.
Он все же остался советником президента, курируя оборонную отрасль, а в июле 2000 года был назначен председателем Государственной комиссии по вопросам оборонно-промышленного комплекса Украины. Возглавлял украинскую делегацию на переговорах по вопросу урегулирования приднестровского конфликта, но особыми дипломатическими талантами не блеснул. Осенью 2000 года премьер-министр Виктор Ющенко доверил ему руководить Государственным комитетом по национальной безопасности и обороне и даже собирался переподчинить ему силовых министров.
Чуткий к любым поползновениям на его власть президент Кучма ситуацию не только разгадал, но и разрулил. Горбулин исчез с политического горизонта. Потом, правда, много говорили о том, что он может быть назначен министром обороны. 27 октября 2001 года Владимир Горбулин возглавил Совет партии «Демократический Союз», известной как «олигархическая» партия, или «карманная партия» Александра Волкова, но чуда не произошло, и она практически исчезла с политического горизонта. Теперь он вновь во власти.