С ноября 1991 по июль 1994 года Марчук возглавлял Службу безопасности Украины. Затем - вице-премьер-министр, первый вице-премьер, исполняющий обязанности главы правительства. С июня 1995 года - премьер-министр Украины. 27 мая 1996 года был отстранен от этой должности с уникальной формулировкой «за формирование собственного политического имиджа». Некоторые аналитики полагают, что на посту премьера он лоббировал интересы российского нефтегазового комплекса.
Президент Кучма, правда, позже намекал, на отсутствие у Марчука необходимых экономических знаний.
Евгений Марчук был депутатом Верховной Рады 13-го созыва (избран на Полтавщине в декабре 1995 года), возглавлял комитет по вопросам труда и социальной политики, депутатскую группу «Социально-рыночный выбор».
Генерал армии. Кандидат юридических наук, в 1998 году защитил диссертацию по теме «Криминологическая и уголовно-правовая характеристика преступных организаций».
Награжден Орденом князя Ярослава Мудрого V степени, орденом Трудового Красного Знамени, «Командорским Крестом со звездой за заслуги перед Республикой Польша», семью медалями и именным огнестрельным оружием. Лауреат премии имени Г. Сковороды в области публицистики.
Любит копаться в Интернете. Играет на баяне. Занимается бегом, плаванием, теннисом, бывший боксер. Любит книги и джаз, свободно владеет английским и немецким языками.
После лоббирования создания совместного украинско-российского акционерного общества по финансированию, строительству и эксплуатации транзитных газопроводов и подземных хранилищ газа (АО «Газтранзит») за Марчуком осталась репутация пророссийского политика.
Но он, скорее, политик прозападный. В бытность его премьер-министром был подписан ряд договоров с западными странами. При Марчуке Украина была принята в Совет Европы и подписала Договор об особом партнерстве с НАТО. А когда он возглавлял СНБОУ, был принят план действий «Украина - НАТО».
Но вернемся к работе на посту премьера. В начале 1996 года в «Зеркале недели» замелькали публикации, в том числе и самого Марчука, о необходимости уменьшения властных полномочий Кучмы. 27 мая 1996 года появился указ президента об отставке Марчука с поста премьер-министра (с уже упоминавшейся формулировкой «за создание собственного имиджа»). Но причин у отставки Марчука на самом деле был целый комплекс: конфликт с Табачником, сближение с Морозом, пристальное внимание к проблемам приватизации.
Сам же Марчук вспоминает так: «У меня и у президента накопились различия во взглядах на тактику экономических реформ. За период моего премьерства президент подписал около 700 указов, но они не касались того, что в первую очередь ждали от него - реформы налоговой системы. Когда я давал согласие на назначение меня на пост премьер-министра, то, конечно, понимал, что начинается период работы, обещающий немало проблем лично мне. Уже тогда было понятно: правительства у нас используют как разменную карту в политической игре. И мне придется принимать немало непопулярных решений. Даже мысли не могло быть о каком-то конструктивном корректировании экономической программы. А это - главная причина моего конфликта с Леонидом Даниловичем. На совещании экономистов еще в 1995 году я сказал: возможно, следует внести некоторые изменения в экономические реформы. Да, есть основной политический вектор: рынок, демократизация, путь в Европу… Но это не значит, что идти туда надо только так, как сказал какой-то один человек. Ведь он может ошибаться… А еще существенной была всем известная версия о „моем имидже“. Некоторые влиятельные люди из администрации президента каждый день „капали ему на голову“: „Марчук дольше был на телевидении, у Марчука выше рейтинг, Марчуку громче аплодировали…“ Хотя на самом деле я тогда своим имиджем не занимался».
На парламентских выборах 1998 года Марчук был вторым номером в партийном списке СДПУ(о). Возглавлял парламентскую фракцию партии, которую оставил к началу президентской избирательной кампании 1999 года. Состоял в так называемой «каневской четверке», куда кроме него входили Александр Мороз, Александр Ткаченко и Владимир Олийнык.
Александр Мороз считает, что в «каневской четверке» Марчук выполнял чей-то заказ: «Я не хочу утверждать то, что не могу документально подтвердить, но имею основания думать о внешнем влиянии на изменение взглядов Евгения Кирилловича». Сам же Марчук в развале четверки обвиняет Мороза: «После нарушений Морозом договоренностей за несколько дней до выборов „каневская четверка“ перестала существовать».