В разгар президентских выборов 2004 года Тимошенко заявила: «Я бы Кучме, Медведчуку и Пинчуку посоветовала распрощаться с их иллюзиями раньше, чем Янукович станет президентом. И я думаю, что, как и большинство планов, которые они раньше старались строить, и этот останется нереализованным».
С Кучмой она окончательно разошлась сразу после начала «кассетного скандала». Когда в парламенте был поднят вопрос о создании следственной группы по проверке информации Александра Мороза, Кучма вызвал к себе Турчинова. По словам последнего, состоялся следующий разговор:
«Кучма: Я считаю, что записи Мороза - это провокация. Это дело следует закрыть. Если фракция „Батьківщини“ откажется голосовать, вопрос о следственной комиссии не пройдет. Передай Юле, что мы готовы закрыть все ее проблемы, если ваша фракция завтра откажется от голосования по следственной комиссии.
Турчинов: Леонид Данилович, вам желательно самому инициировать создание комиссии, которая бы доказала вашу непричастность к обвинениям. Это был бы сильный ход с вашей стороны.
Кучма: Не умничай. Передай Юле мои слова».
В тот же день Тимошенко созвала фракцию, где Турчинов проинформировал о разговоре с президентом. А уже на следующий же день фракция «Батьківщина» проголосовала за создание следственной комиссии по делу Кучмы, который ей этого не простил.
13 февраля 2001 года после полудня работники Генеральной прокуратуры Украины арестовали Тимошенко на ее загородной даче. Рассказывают, что она сознательно провоцировала Кучму в расчете на рост собственной популярности. Она возила с собой в машине «тюремный саквояж», но никак не думала, что ее смогут «закрыть» надолго. Считала, что ее могут задержать не более чем на несколько часов.
Польская журналистка писала, что она сразу же попросила адвоката принести ей резиновые перчатки и средства бытовой химии, а затем отмыла камеру. Сама же Тимошенко вспоминала: «Когда меня в первый день поместили в тюрьму и меня проводили по коридору к адвокатам, мы просто в коридоре встретились с моим мужем, которого я почти год не видела, просто глазами. И только за то, что мы встретились глазами в коридоре, его на следующий день перевели в другой СИЗО, чтобы даже глазами не давать возможность встречаться».
В интервью «Известиям» Тимошенко заявила, что в тюрьме ее хотели убить: «Меня пытались отравить. Я должна была умереть. Мне должны были дать отравленную воду. Адвокаты меня предупредили, что это возможно. Я отказалась от воды, а потом выяснила, что мои продукты, которые хранились в общем тюремном холодильнике, перепакованы. Есть и пить я не осмеливалась».
27 марта по решению Печерского райсуда Киева Тимошенко освободили из Лукьяновского СИЗО. Причиной оказались визит представителя ПАСЕ в Украину и требование оппозиции, которая ставила освобождение Тимошенко одним из условий для начала переговоров. Ее немедленно перевезли в больницу - начала развиваться язва желудка. Но вскоре президиум Киевского городского суда на протест заместителя генерального прокурора отменил постановление Печерского районного суда. Возле палаты Тимошенко была выставлена охрана. Тем не менее 2 апреля 2001 года постановлением председателя Верховного суда было остановлено выполнение постановления Киевского городского суда. В тот же день сняли и часовых.
Выйдя из заключения, она заявила: «Кучма превратился в пробку, которую следует выбить, чтобы молодое вино свободы могло свободно разлиться».
24 сентября 2002 года группа народных депутатов, в том числе и Тимошенко, вошла в помещение Первого канала Украинского телевидения и потребовала предоставить им прямой эфир. Президент Национальной телерадиокомпании Игорь Сторожук начал переговоры с оппозицией, и в результате так и не вышел в эфир выпуск новостей.
Еще через несколько дней депутаты попытались встретиться с Кучмой в здании его администрации. Но в ту зону, где находится кабинет президента, их не пустили, и депутатам пришлось заночевать здесь же. Наутро Кучма принял депутатов, и они зачитали ему требование добровольно уйти в отставку. Кучма ответил просто: «Нет».
Тимошенко действительно была мотором «оранжевой» революции - именно она постоянно подталкивала склонного к рефлексии Ющенко. Причем и в буквальном смысле, когда она его буквально вытолкала на трибуну принимать ту, первую, присягу. В те дни о ней писали: «Тимошенко доверяют абсолютно, ее слушают беспрекословно, ее выступлений на майдане Независимости ждут с большим нетерпением, чем слов самого Виктора Ющенко. Успех такого доверия, скорее всего, в характере. Только Тимошенко, например, могла влезть на рефрижератор, который медленно двигался по переполненному людьми Крещатику, и в мегафон обратиться к сторонникам оппозиции».