Пустовойтенко, пожалуй, раньше других понял, что усиление Павла Ивановича угрожает всем, в том числе президенту. Здесь он столкнулся с Горбулиным, который играл собственную игру. Но тот вдруг обнаружил у себя в заместителях Разумкова, смотревшего на происходящее с особых позиций. Отставки «скомпрометировавшего себя» премьера потребовал председатель Народно-демократической партии Анатолий Матвиенко. Пустовойтенко, добившийся ухода Лазаренко, сам нигде не засветился.
И в этих событиях, и во многих других Пустовойтенко неизменно опирался на Народно-демократическую партию. Даже создав движение «Злагода», он в итоге все же вернулся к привычному партийному формату.
О своей деятельности на посту главы правительства он вспоминает так: «Я ведь пришел после Лазаренко, „наследство“ с развалом экономики получил соответствующее. Но у меня был хороший коллектив. Мы тогда остановили падение производства и пошли по пути экономического роста. На работе украинской экономики тогда сказался и российский, и мировой кризис. Но мы сделали все, чтобы последствия этого были не так ощутимы. Сложно, конечно, было работать с Верховной Радой, но не потому, что парламент был плохой. Наоборот, они меня поддерживали и не отправили в отставку. Было сложно, что не прекращалась политическая борьба. Борьба за власть, а не за улучшение жизни наших людей. На мой взгляд, не так страшно работать премьером, как страшны интриги вокруг правительства».
В дальнейшем еще не раз возникала идея вернуть Пустовойтенко на премьерскую должность, но не получалось. Сам он однажды так прокомментировал эти события: «Я знаю, что нужно делать в правительстве, знаю, как сформировать команду. Сегодня назначение нового премьера во многом зависит от позиции Верховной Рады. Если меня выдвинет Президент Украины, парламент может согласиться или не согласиться с этой кандидатурой. Но при том раскладе политических сил, который сегодня существует в Верховной Раде, я не очень высоко оцениваю свои шансы. Те, кто голосовали против меня в 1999 году (считаю, что тогда меня просто предали - это однозначно, и сегодня эта игра продолжается), они и сегодня будут голосовать против. Насколько мне известно, Александр Волков категорически высказался против моей кандидатуры. Я понимаю, что пока такие, как Волков, будут в парламенте, мне категорически тяжело будет работать на посту премьера.
…Премьер, который придет, должен работать до окончания полномочий Леонида Даниловича, только тогда он будет работать, а не „отрабатывать“. Зачем нам очередной временный премьер-министр? У нас в государстве за последние 10 лет все премьеры были временные. Только я был первым премьер-министром, который доработал до конца срока полномочий президента прошлого созыва и сдал свои полномочия на инаугурации президента. Это своеобразный рекорд независимой Украины, который продержится до 2004 года, а возможно и дольше».
На выборах 2004 года Пустовойтенко далеко не сразу поддержал Януковича, но отношение к Кучме, похоже, у него, несмотря ни на что, остается достаточно теплым: «Во-первых, я с удовольствием поддержал Кучму и в 1994, и в 1999 году. За это время у президента и страны в целом были и победы и поражения. Главное, были мир, спокойствие и стабильность. Но с другой стороны были и недостатки, которые особенно проявились в последние годы. Я о том, что мы так и не достигли объединения нашего общества. И еще мы создали за годы независимости эффективную государственную систему, но после 2000 года пошли по пути создания олигархической системы власти. Она также сформирована, поэтому вопрос: куда дальше идти? То есть были и плюсы, и минусы.
Мы с радостью получили независимость, свою экономику и собственность, а потом не знали, что с ними делать. Потом энергетический кризис появился, проблемы внутренние, внешние. И мы вроде идем по правильному пути, но все равно нам на первое местно нужно поставить „злагоду“, а потом - основы внутренней и внешней политики.
Как мне работалось премьером при президенте Кучме, может знать только тот, кто был премьером. Непросто. Это и должность непростая, и отношения между людьми тоже непростые. И хорошие были, и сложные. Но все равно должность премьера почетная, сильная. Отсюда - удовольствие. Большинство вопросов, которые ставил президент, мы решали. А уже оценивать работу - право президента. Была и критика, и одобрение. Леонид Данилович такой, что по-разному может сказать.