На совещании командования 3-й бригады было решено, что каждый отряд, уходя от карателей, будет действовать самостоятельно, стараясь не терять связи с командованием бригады. К началу карательной экспедиции бригада получила с авиацией оружие и боеприпасы. На этих же самолетах обратным рейсом в тыл были отправлены больные и раненые партизаны. Отряды заняли оборону по берегам реки Веть. Большой карательный отряд пытался с ходу форсировать реку у деревни Матвеево. Однако партизаны, державшие оборону на переправе у разрушенного ими моста, встретили их плотным пулеметным огнем. Противник ответил огнем из орудий и минометов. Уложив кладки на выступавшие из воды сваи моста, каратели в количестве 30 солдат попытались форсировать реку, но опять попали под пулеметный огонь. Каратели срывались с кладок в воду и, отталкивая от себя льдины, пытались плыть к противоположному берегу. Но ни один из них не вылез на берег.
Партизаны 3-й бригады продолжали вести бой и с наступлением темноты. К вечеру 16 апреля 1944 года в районе брода у реки Веть сосредоточилось около тысячи партизан различных бригад и партизанский госпиталь. Переправлялись ночью, с боем. Заслоны противника вскоре после начала переправы пристрелялись к броду и вели по нему точный артиллерийский и минометный огонь. Многих недосчитались в бригадах после прорыва кольца окружения. Раненые и не сумевшие переправиться через реку партизаны были захвачены в плен и зверски уничтожены.
Переправившись через Веть, партизаны ушли от карателей в леса и болота. Колонна бригады направилась к деревне Стаклина Гора Томсинского сельсовета. Неожиданно, на марше, по ней с высоты был открыт плотный пулеметный огонь. Началась паника, колонна перемешалась. Партизаны из головы колонны, по которой пришелся основной удар, бросились бежать назад, в глубину болота. Командирам с большим трудом удалось восстановить управление и собрать большую часть бойцов. Оставшиеся партизаны приняли предложение командира отряда В.Ф. Рыбакова из 4-й бригады Ф.Т. Бойдина изменить маршрут и идти в старый лагерь его отряда в урочище Лоховня. Выбранный маршрут оказался удачным. Прибыв в лагерь, партизаны разместились в землянках. По приказу В.Ф. Рыбакова была вскрыта яма с неприкосновенным запасом продовольствия. В 3-й бригаде, рассеянной пулеметным огнем, многих недосчитались. Не было и командира бригады A.M. Гаврилова. Потом выяснилось, что от простуды и нервного истощения у него отнялись ноги. Партизаны вынесли комбрига из болота и доставили на носилках в лесной лагерь отряда им. С. Лазо на остров, расположенный на озере Гарь.
Отряд И.Г. Либы после тяжелого боя понес большие потери и укрылся среди непроходимых болот на Лебединых островах за деревней Осиновкой Опочецкого района. Каратели даже не предполагали, что там могут находиться партизаны. Но их выдал предатель Григорьев. Немцы, придя в деревню Осиновку, заставили лесника Ивана Алексеевича Сорокина вести их на Лебединые острова. У лесника во время мартовской карательной экспедиции погиб сын Василий, который был разведчиком в 4-м отряде 3-й бригады. И.А. Сорокин согласился провести немцев, но сказал, что ему нужно предупредить семью. Забежав домой, он сказал дочери, чтобы она срочно бежала в отряд к И.Г. Либе и предупредила его, что он ведет карателей силами до батальона на их остров по открытому месту. Партизаны, наблюдая за движением их колонны, поняли, что Сорокин ведет их в заболоченное озеро, в самое непроходимое место. Даже в случае преодоления трясины карательный отряд выходил на южную оконечность острова, возвышающуюся над ней. С этой точки острова трясина просматривалась на всем протяжении, и партизаны были готовы уничтожить врага огнем из пулеметов. Однако каратели, не дойдя до острова, повернули назад, в деревню Осиновку. И.Г. Либа, огорченный тем, что не удалось уничтожить карательный отряд в трясине, направил следом за ним группу автоматчиков во главе с Андреем Чайкиным. Солдаты, вернувшись в Осиновку, обыскали покинутые жителями дома и направились в сторону Опочки. Партизаны смогли опередить карателей и устроить засаду на их пути из деревни к шоссейной дороге. Солдаты, встреченные из засады пулеметным и автоматным огнем, бросились врассыпную. Пока каратели приходили в себя, партизаны отошли в лес.
Немецкое командование было уверено, что партизанские силы в ходе карательной экспедиции разгромлены. В штаб охранных войск была отправлена радиограмма: «1400 партизан окружены плотным кольцом в районе Матвеево, Городище, Фетьково. 17.4 окруженные партизаны будут уничтожены». Четверо суток — с 16 по 20 апреля 1944 года — полыхали пожары в Себежском и Идрицком районах. Каратели, преследуя партизан, уничтожали на своем пути деревни, хутора и лесные лагеря. Захваченные женщины, старики и дети загонялись ими в сараи, которые обливались бензином и поджигались. Только в Себежском районе в течение нескольких суток после начала экспедиции был расстрелян 261 мирный житель, в числе которых было 50 детей, угнано в неизвестном направлении около 600 человек.
Карателями был обнаружен лесной лагерь жителей деревень Машнево и Ноглово. Часть из них затолкали в большую землянку, вырытую в горе Камениха, завалили вход в нее соломой и подожгли. Пытавшихся выскочить из огня людей кололи штыками и добивали ножами. Остальных жителей, не поместившихся в землянке, погнали на поляну под пулеметный огонь. Из этой бойни чудом спаслись девочки-подростки Екатерина и Зинаида Борисовы. 1 мая 1944 года в деревне Глубочица были живыми закопаны в землю 40 жителей. 3 мая 1944 года в деревнях Идрицкого района каратели уничтожили 200 детей. Себежский, Идрицкий, Красногородский, Россонский и Освейский районы были превращены в огромное пепелище, на котором не осталось ничего живого, кроме одичавших собак и кошек. К июню 1944 года разгром партизан был практически закончен. По немецким данным, их здесь было убито или взято в плен более 14 тысяч. По донесениям командиров партизанских соединений, потери составили 7 тысяч убитых и пропавших без вести. Точные цифры потерь уже никто никогда не узнает.
В ходе проведения карательной экспедиции партизанским силам был нанесен большой урон. Однако уже в мае 1944 года они частично восстановили боеспособность.
До освобождения территорий районов в июле 1944 года оккупантами было проведено еще несколько мелких карательных экспедиций. В это время тактика карателей резко изменилась. Они старались уничтожить партизан, применяя их же тактику засад. С мая 1944 года участились налеты немецкой авиации на стоянки партизан и лагеря гражданского населения. Немецкие летчики сбрасывали мелкие бомбы и охотились за людьми, ведя по ним огонь с бреющего полета из пулеметов и пушек. В это время возникла угроза гибели населения, находившегося в лесных лагерях, где свирепствовали тиф, малярия и голод.
Разведчики бригад С.Д. Буторина и Д.А. Козлова пытались найти проходы через линию фронта, чтобы вывести через нее часть населения в советский тыл. Однако из-за большой концентрации немецких войск эти поиски результатов не приносили. На большом участке фронта аналогичный поиск проводили и разведчики регулярных частей Красной армии. В конечном итоге командир оперативной группы капитан Яковлев вынужден был радировать командованию: «17 мая группа Тетерева вышла в район озер Звериное и Лебединое. Встретили сплошную оборону врага. Вторично начали поиск 21 мая 1944 года в районе деревень Большая Шеперня, Подвялицы. Держали бой. Проходов нет».
Тогда бюро Калининского обкома партии обратилось в ЦК с просьбой передать в распоряжение Калининского штаба партизанского движения один авиационный полк для вывоза в тыл детей. Был выделен 13-й полк гражданской авиации и 600-й полк ВВС.
В это время партизанами был захвачен приказ командира 23-й пехотной дивизии командиру запасного батальона, который должен был «сжечь все населенные пункты и отдельные строения перед позициями „Рейер“… Всем частям дивизии при своем отходе угонять из деревень мужское население, скот и лошадей. При невозможности угона скота уничтожать его. Гражданских лиц, встреченных вне населенных пунктов, считать заподозренными в сношениях с партизанами, немедленно расстреливать».