Эксперимент с «военизацией» инженерной мысли чекисты сочли удачным и, дабы в кратчайшие сроки обеспечить авиационную промышленность новыми перспективными образцами, решили сосредоточить дело опытного самолетостроения в своих стерильных, пахнущих одеколоном, руках. В результате вскоре последовало слияние ЦКБ-39 и конструкторского отдела ЦАГИ в единую проектную организацию под общим контролем бдящих органов.
Основным ядром ЦКБ были конструкторы и расчетчики из коллективов Григоровича, Поликарпова, группы Ришара, а также пополнение с других заводов. Численность конструкторов увеличили за счет вольнонаемных специалистов, среди которых были А.С. Яковлев, В.Б. Шавров, А.Н. Рафаэльянц. Штат ЦКБ-39, вошедшего в состав Технического отдела Экономического управления ОГПУ, составлял около 300 человек. Эскизные проекты самолетов делались в отделе общих видов, после чего рассматривались и утверждались решающей инстанцией — Техническим советом ЦКБ. Далее чертежи разрабатывались конструкторским отделом. Параллельно работали группы и отделы по аэродинамике, прочности, по моделям и макетам, контролю чертежей, вооружению, по морским самолетам, по подготовке производства, по статическим и летным испытаниям. В.Б. Шавров вспоминал:
«ГПУ, посадившее множество инженерно-технических работников старшего поколения, решило взять на себя опытное строительство самолетов. Мол, при таком положении вредительства не будет. Начальником ЦКБ был двухромбовый гепеуст, над ним был трехромбовый, а над этим — четырехромбовый. Сверху — Яг ода, а над Ягодой — Менжинский. Были и нижестоящие чины.
ГПУ решило собрать на заводе №-39 всех, кто работал у Ришара, Поликарпова, Бартини. И, прежде всего, был составлен обширный план работ ЦКБ. И план этот базировался на следующем предположении: у Туполева опытный самолет строится четыре года, а мы будем строить за три недели. У нас триста человек штата, так всех бросим на одно задание, чтобы быстро его выполнить. ЦКБ — мощная организация, которая, навалившись с силами на любое задание, сможет быстро его выполнить. ГПУ было убеждено, что именно так и будет.
Часть людей в ЦКБ была вольной, а часть — «арестованные». Мы, вольные, были подчинены последним, хотя они жили под стражей и даже не могли отлучаться с завода. Арестованные были нашими начальниками, а над ними — ГПУ, которое постоянно во все вмешивалось».
Осенью 1931 года ЦКБ-39 было реорганизовано. Централизованное проектирование заменили системой сквозных бригад, специализированных по классам самолетов. Были образованы бригады: истребителей (H.H. Поликарпов), разведчиков (С.А. Кочеригин), самолетов дальнего действия (П.О. Сухой), морских самолетов (И.И. Погосский, И.В. Четвериков), винтовых аппаратов (А.М. Изаксон), вооружения (А.В. Надашкевич), воздушных винтов (B.J1. Александров), колес и лыж (А.И. Машкевич), стандартов и нормалей (П.А. Дудукалов) и другие. Чуть позже образовалась бригада по дальним бомбардировщикам (С.В. Ильюшин) и Объединенное бюро стандартов (ОБСА).
В плане работ ЦКБ-39 было много объектов. Однако расчеты на скорейший выпуск новых самолетов не оправдались. Проектирование и постройка шли не скорее чем раньше, качество было не выше, а многие объекты и вовсе не были начаты. За полтора года своего существования ЦКБ выпустило два типа самолетов-штурмовиков, двухместный истребитель ДИ-3, бомбардировщик ТБ-5, морской разведчик МДР-3 и начат был пушечный истребитель. Ни один из этих продуктов тюремного творчества так и не был принят на вооружение.
Снова В.Б. Шавров:
«Система, придуманная ГПУ, себя не оправдала. Она начисто обанкротилась. Оказалось, что сколько ни бросай людей на одно дело, оно от этого быстрее не пойдет. Если, к примеру, на самолете тридцать пар нервюр разного размера, то это не означает, что эти нервюры можно сделать за два дня… Ведь крыло обычно рассчитывает кто-то один. Да и любой агрегат самолета делается ограниченным числом людей, и если их количество увеличивать, то проку от этого будет мало. ГПУ этой простой истины не понимало, но при первой же постройке штурмовиков ТШ эта система полностью проявила свои недостатки. Полгода все было в бурном движении: сверху нажим, сверхурочные, а результатов никаких. Работа шла точно так, как если бы велась нормальная работа над этой машиной».