Пробыв несколько времени во Введенском монастыре на послушании и тяготясь людской молвой, суетой, а также частыми посещениями родных и знакомых, юный инок Исаакий начал стремиться к достижению безмолвия в уединении. Узнав от монаха Филарета (Санаксарского), что в дремучих Темниковских лесах, между Сатисом и Саровом, есть очень удобное для уединения место, Исаакий пожелал непременно побывать на нем. Придя туда с товарищем, он увидел, что местность весьма удобна к безмолвию: непроходимая глушь, суровая дикость, совершенное безлюдье, величественная тишина этой таинственной горы как нельзя более согласовались с восторженным настроением души юного инока. Помолившись и поставив на горе крест, они возвратились в монастырь с твердым намерением переселиться на «Старое Городище» для пустынножительства.
Таким образом Исаакий в 1691 году оставил Введенский монастырь и вместе с Филаретом Санаксарским переселился в Саровскую пустынь, чтобы в тишине и безмолвии работать единому Богу. Они наскоро общими трудами поставили себе шалаш-кущу и принялись готовить лес на постройку кельи, терпя скудость во всем. Эти скорби скоро оказались не по силам Филарету, и через месяц он собрался снова вернуться в Санаксарский монастырь. Глубоко опечаленный Исаакий не решился остаться один и вместе с Филаретом ушел в Санак-сарскую обитель. Там Исаакий с ревностью предался подвигам, умерщвляя плоть постом, бдением и трудами. Богоугодная жизнь юного подвижника приобрела ему любовь братии, и они упросили его принять священный сан. В 1692 году 2 февраля, при патриархе Адриане, Исаакий был рукоположен в Москве во иеромонаха в Санаксарский монастырь митрополитом Сарским и Подонским Евфимием.
По возвращении в Санаксары опять возбудилось в нем прежнее желание удалиться в Саровскую пустынь. Весной 1692 года он прибыл на «Старое Городище» с мирянином Андреем, жившим в Спасском монастыре Арзамасского уезда. Поселившись в прежнем шалаше, они с усердием начали рубить лес и строить келью. Так прожили они вместе несколько времени, а за жизненными припасами ходил в селения Андрей. В одно из таких путешествий случилось с Андреем, вероятно, какое-либо несчастье, и он не возвратился к Исаакию. Таким образом последний остался в пустыни один и начал копать в горе пещеру. Дабы ободрить и утешить Исаакия, Господь направил к нему в сожительство друга его — монаха Палладия. Вдвоем стало легче бороться с трудностями и лишениями пустыни. Затем прибыл сюда же монах Герасим из Спасского монастыря. Завидуя мирной жизни пустынников, исконный враг человеков восхотел искушениями разогнать их. Орудием своим он избрал строптивого сожителя их Герасима, который поджег келью Исаакия и Палладия во время их отлучки в с. Кременки. Случилось это в зимнее время, и строить новую келью не было возможности. Тогда Исаакий с Палладием отправились во Флорищеву пустынь, где им пришлось не по душе. Пробыв только четыре дня, они, влекомые к уединению в безмолвии своей пустыни, возвратились в нее, ископали себе малую пещерку в горе и поселились в ней. С наступлением весны начали строить келью, но Палладий, мучимый унынием, не мог перенести скорби и ушел из пустыни, оставив Исаакия одного достраивать келью. Герасим жил отдельно в своей келье, обуреваемый различными страстями. Приходили и другие монахи для житья в пустыни, но все не надолго. Исаакий страдал душевно от борьбы с врагом и телесно, так как тело его покрылось как бы одним струпом. Он молился и плакал до тех пор, пока силы совершенно изнемогали. Время шло своим обычным чередом. Борьба со страстями и искушениями, изнеможение и укрепление в силах, исхожде-ние из пустыни в ближайшие монастыри для благодатного укрепления Св. Тайнами и беседами с опытными старцами, возвращение в пустынь с новым запасом духовных сил чередовались в своей постепенности. Так, в одну из отлучек Исаакия в Санаксарский монастырь, пришел в пустынь иеродиакон Тимолай из дальних монастырей Соловецких и, сделав большой сосновый крест, на котором написал время сооружения оного и свое имя, поставил на горе Саровской. Потом построил часовню на той же горе, в среднем городе, и пошел в Санаксарский монастырь, где встретился с Исаакием, рассказал ему о бытности своей в его пустынной келье и что водрузил крест и поставил часовню. При этом высказал и намерение свое позаботиться о построении церкви на том месте и обители. Исаакий считал это невозможным. Через год, в январе 1695 года, Тимолай прислал Исаакию образ св. Иоанна Предтечи, написанный на жести, и велел сказать, что скоро и сам будет туда, хотя не приехал.