Раскол в Нижегородской области, в пределах которой подвизался Исаакий, появился с самого начала его возникновения и распространился очень быстро. Обширные леса особенно благоприятствовали гонимым раскольникам укрываться от преследований. И вот на реках Керженце и Белбоже стали быстро возникать раскольничьи поселения и скиты. Между этими скитами был в особенном уважении скит под начальством Ионы. У него было два именитых ученика — монах Филарет и белец Иоанн Димитриев. Исаакий, путешествовавший иногда в ближайшие монастыри, встречался с раскольниками и беседовал с ними. Заблуждения раскольников возбуждали в нем скорбь и сожаление. Долго и крепко боролся Исаакий с желанием идти с проповедью к заблудшим.
В 1700 году во многих местах России, особенно на Севере, был голод, и жители городов с семействами переселялись для прокормления в более южные города. По этой же причине раскольник Иван Корелин, оставив свое житье за Волгой, бродил по городам и селам, прося милостыню. Случилось ему идти в г. Темников. По пути, при большой дороге, на реке Са-тисе, в двух верстах от кельи Исаакия, стояла мельница. Иван Корелин зашел в ту мельницу переночевать, да по просьбе хозяина остался в ней на долгое время. Раз Исаакий пришел в построенную им близ мельницы часовню, чтобы поставить на ней крест, и зашел на мельницу, где и встретил Ивана Корелина. Познакомились и разговорились. После неоднократных посещений и бесед Исаакий обратил этого злейшего раскольника на истинный путь и постриг в монашество, дав имя Иринея. Глубоко скорбел Ириней о прочих раскольниках, погибающих диавольским прельщением, и умолял Исаакия поехать с ним за Волгу, но Исаакий решительно отказался, предоставляя дело обращения тех раскольников воле Божией.
Тогда Ириней обратил свою деятельность на ближайших окрестных раскольников.
В конце 1700 года Исаакию пришлось покинуть пустынь по усиленным просьбам вкладчиков и братии Введенского монастыря, которые его выбрали настоятелем и получили на то благословение патриарха Адриана. На Макарьевской ярмарке он еще более столкнулся с раскольниками, с самим Ионой, и обещал приехать в его скит, но конечно не поехал, а ждал Божией воли. Тогда раскольники явились в Саровскую пустынь, вызвали к себе Исаакия из Арзамаса, и он на них повлиял также, как и на Корелина. Летом 1705 года монах Филарет, ученик Ионы, перешел в православную веру и выстроил в своем скиту за Волгой церковь. Теперь Исаакий не стал отказываться от поездки за Волгу и лично убедился, что Господь благословил начатое им святое дело. Всех новообращенных Исаакий причастил Св. Тайн в Спасском монастыре. Впоследствии на месте скита Филаретова учрежден монастырь, в котором Филарет сделан настоятелем.
С удалением Исаакия в Введенский монастырь в Саровской пустыни остался один Ириней, но вскоре начали мало-помалу собираться сюда любители безмолвия и пустынного уединения. Первое пустынное братство было связано взаимной, любовью и единодушием, но такова уже участь добродетели в мире: скорбь неотлучно следует за ней. Вскоре малому сему избранному стаду Христову суждено было испытать тягчайшие скорби. Ириней скончался в 1703 году, а иеромонах Авраамий, из вдовых священников, сделавшись настоятелем, стал писать в Москву ложные доносы на Исаакия, который будто бы сносится со своими единомышленниками — заволжскими раскольниками. Исаакий был вызван в Москву, где и пробыл долгое время, пока дело не окончилось примирением. Это навело страх на пустынных иноков. Претерпеваемые муки ускорили его намерение опять вернуться в пустыню. Поставив вместо себя в Введенском монастыре любимого ученика своего иеромонаха Саровского Афиногена, Исаакий немедля ушел в пустынь.
В Саровской пустыни Исаакий всецело предался построению церквей, что было весьма трудно, так как прежде всего следовало отыскать помещика, который бы закрепостил за собой землю, затем — чтобы он передал ее законным порядком обители и, наконец, чтобы дали разрешение построить церковь в пустыни. После долгих скитаний по городам и начальникам Исаакий встретил князя Кугушева, который взялся хлопотать о земле, и, несмотря на бесчисленные препятствия, случайности, недомолвки, искушения и недоразумения, дело приняло успешный оборот. 28 апреля 1706 года пустынножители положили основание будущему храму и своими руками срубили один венец стен. К 16 мая уже была окончена кровля, оставалось отделать главы и внутренность храма. В этот день положено было, по совершении молебного пения, поставить на храме крест. И вот, когда водружен был наверху св. крест, Господу Богу благоугодно было чудесным знамением вновь проявить благоволение Свое как к избранному месту, так и к воздвигаемому храму. В ночь на 17-е число вдруг раздался колокольный звон, который слышали все случившиеся тогда в пустыни и хорошо знавшие, что при строившемся храме и вообще в пустыни не было ни одного колокола. В полдень 17-го числа вдруг всех осветил необыкновенный свет и вместе с ним опять раздался сильный колокольный звон. 16 июня 1706 года совершено торжественное освящение храма Пречистой Богородицы, Живоносного Ее Источника, архимандритом Павлом. По мановению Божию в пустынь собрались тысячи людей всякого звания, чина и возраста. Безмолвствовавшая столько лет Саровская гора пробудилась от необычайного народного движения. Усердствующими была привезена вся нужная для храма утварь, одеяния, св. иконы и проч. Жители села Кременок пришли торжественным крестным ходом и принесли из своей церкви иконы, два колокола, книги, аналой и прочую церковную утварь.