Выйдя из затвора, о. Серафим стал ходить к роднику и келье затворника иеромонаха Дорофея. Родник этот находился верстах в двух от монастыря, и в Саровской обители не знают, кем он был первоначально вырыт. Теперь он был покрыт накатом из бревен и засыпан землей; вода вытекла из него через трубу. Вблизи родника, на столбике, по-видимому нарочно устроенном, стояла икона св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова. По этому обстоятельству родник называли богословским. Когда о. Серафим жил еще в дальней пустынке, то хаживал к этому месту, которое ему очень нравилось, и здесь упражнялся в телесных трудах. На расстоянии четверти версты от богословского родника, на горке, стояла келья, в которой спасался инок, иеромонах Дорофей. В половине сентября 1825 г. благочестивый отшельник переселился в иной, лучший, небесный мир, к которому всю жизнь стремилась душа его. Между тем старец Серафим от долговременных подвигов пришел в крайнее изнеможение: со времени стояния на камнях у него не переставали болеть ноги, а к ногам присоединилось еще ощущение сильной боли в голове. Ему советовали, для поддержания здоровья, иметь движение и пользоваться свежим воздухом. Чувствуя действительную необходимость, он начал еще с весны 1825 года выходить из своей кельи по ночам. Это открыл инок Филарет. Наступил Великий пост — время особых подвигов для иноков Саровских. Однажды Филарет, встав очень рано утром и совершив свое домашнее правило, вышел из кельи в ограду монастыря, вдруг видит он вдали человека, во мраке, который несет на руках какую-то тяжесть. Филарет сотворил молитву и крикнул: «Кто тут?»
«Убогий Серафим, Серафим убогий, — было ответом. — Умолчи, радость моя!» Тогда Филарет подошел к старцу и, по обычаю, принял от него благословение. Тут он увидел, что о. Серафим нес на руках своих значительной величины камень. Он взял его вне монастыря из-под горы у того места, где церковь св. Иоанна Предтечи, а Филарет проследил, что старец положил его возле алтаря соборного храма (где ныне он похоронен).
Получив во сне от Божией Матери разрешение выйти из затвора, о. Серафим проснулся, сотворил обычное правило и пошел к игумену Нифонту просить благословения на беспрепятственный выход, по болезни ног и головы, на день в пустынную келью иеромонаха Дорофея. 25 ноября было первым днем, в который старец пошел в лес.
Надо заметить, что в то время батюшка о. Серафим не имел в Саровской обители таких друзей, какими были ему духовник о. Иосиф, о. Пахомий, затем отчасти о. Исайя. Игумен о. Нифонт ходил к о. Серафиму, беседовал с ним, наслаждался духовным совершенством старца, но с прежней откровенностью о. Серафим не относился ни к кому. Теперь скорее отроковица Мария Семеновна и Михаил Васильевич Мантуров слышали о бывших о. Серафиму откровениях и даваемых ему поручениях Божией Матерью, чем Саровские иноки. С другой стороны, это и понятно, потому что о. Иосиф и о. Пахомий были наставниками и духовниками о. Серафима, который в упоминаемое время уже сам достиг старческих лет. Поэтому при составлении жизнеописания о. Серафима авторы пользовались более материалами частными, как показания М. В. Мантурова, протоиерея о. Василия Садовского и Н. А. Мотовилова, чем рассказами Саровских иноков, которые имели перед глазами жизнь нескольких подвижников и затворников. М. В. Мантуров не оставил своих записок, но, несомненно, живя в Дивееве после кончины батюшки с о. Василием и Н. А. Мотовиловым, он и два друга вместе записывали прошлое, известное им со слов старца Серафима. Таким образом вернее, что записки Н. А. Мотовилова писаны ими всеми вместе.
В записках Н. А. Мотовилова об основании мельничной обители о. Серафима говорится (тетрадь № 6): «Когда 1825-го года 25 ноября, на день святых угодников Божиих Климента, папы Римского, и Петра Александрийского, как то сам батюшка Серафим лично мне, а также и многим постоянно говаривал, пробираясь по обычаю сквозь чащи леса по берегу реки Саровки к своей дальней пустынке, увидал он ниже того места, где был некогда богословской колодезь, и почти близ берега реки Саровки, Божию Матерь, явившуюся ему тут (где ныне колодезь его и где тогда была лишь трясина), а дальше и позади Нее на пригорке двух апостолов: Петра Верховного и евангелиста Иоанна Богослова. И Божия Матерь, ударив землю жезлом так, что искипел из земли источник фонтаном светлой воды, сказала ему: "Зачем ты хочешь оставить заповедь рабы Моей Агафьи — монахини Александры? Ксению с сестрами ее оставь, а заповедь сей рабы Моей не только не оставляй, но и потщись вполне исполнить ее: ибо по воле Моей она дала тебе оную. А Я укажу тебе другое место, тоже в селе Дивееве: и на нем устрой эту обетованную Мною обитель Мою. А в память обетования, ей данного Мною, возьми с места кончины ее из общины Ксении восемь сестер". И сказала ему по именам, которых именно взять, а место указала на востоке, на задах села Дивеева, против алтаря церкви Казанского явления Своего, устроенного монахиней Александрой. И указала, как обнести это место канавою и валом, и с сих восьми сестер повелела ему начать обитель сию, Ее четвертого вселенского жребия на земле, для которой приказала сначала из Саровского леса ему срубить двухпоставную ветряную мельницу и кельи первые, а потом по времени соорудить в честь Рождества Ее и Сына Ее Единородного двухпрестольную церковь для сей обители, приложив оную к паперти церкви Казанского явления Своего дивеевской монахине Александре. И Сама дала ему для сей обители устав новый, нигде до того времени ни в какой обители еще не существовавший. И за непременное правило поставила заповедь, чтобы в сию обитель не дерзала быть принимаема ни одна вдовица, а принимал бы и он и потом навсегда принимались бы лишь одни девицы, на прием которых Сама Она изъявит Свое благоволение, и обещалась Сама быть всегдашней Игуменьей сей обители Своей, изливая на нее все милости Свои и всех благодатей Божиих благословения со всех Своих трех прежних жребиев: Иверии, Афона и Киева. На месте же, где стояли Пречистые стопы Ног Ее и где от ударения жезлом Ее искипел из земли источник и принял целебность на память будущих родов выкопаньем тут колодца, обещала дать водам онаго большее благословение Свое, чем некогда имели воды Вифезды Иерусалимской».