Чудесное возникновение церкви в дебрях Саровских и основание здесь обители иноков народная молва быстро разнесла повсюду и привлекла сюда немало желателей пустынного безмолвия, искавших у Исаакия руководства в духовной жизни. Исаакий составил устав, который предложил обсудить братии, и затем все подписали на приговоре обязательство держать и хранить его безотложно. Этот устав доказывает обширные знания Исаакия в божественных и отеческих писаниях, глубокую опытность в иноческой жизни, тонкое постижение сердца человеческого и верное понимание духовных потребностей.
Саровская пустынь была основана лишь в виде особого (деления или скита Введенского монастыря, по прошению вкладчиков и братии того монастыря. Исаакий, как настоятель названного монастыря, естественно, являлся начальником и Саровской пустыни. Но развитие юной обители пошло столь быстрыми шагами вперед и общество братии в ней настолько умножилось, что она во многом стала превосходить Введенский монастырь и требовала для своего процветания отделения от него и самостоятельного существования. Это обстоятельство много связывало и ограничивало свободу действий Исаакия. Братия пустыни возбудила вопрос об отделении обители от Введенского монастыря, и 5 февраля 1709 года особой грамотой Патриаршего приказа Исаакий утвержден в должности настоятеля Саровской пустыни.
Главная забота строителя состояла в том, чтобы украсить новую обитель храмами Божиими. На верху горы с первых же лет красовались три храма. Некоторые из братии, ревнуя о больших подвигах к своему спасению, с благословения Исаакия удалялись на время Великого поста в пещеры, которые общими трудами братии были значительно углублены в гору и распространены. Там было устроено несколько малых келий для искавших безмолвия и высечена одна большая пещера, в которой желательно было отшельникам устроить церковь. Дозволение это было дано по особому ходатайству Царевен Марии и Феодосии Алексеевн, благодетельствовавших Сарову. 30 мая 1711 года церковь была освящена во имя Антония и Феодосия и всех Киево-Печерских чудотворцев.
До сего времени Господь испытывал Исаакия, так сказать, лично в нем самом, теперь же испытания начались в обители, основанной его трудами. В 1712 году вспыхнул лесной пожар, который подошел к обители и всю ее спалил. Уцелела лишь одна церковь Живоносного Источника, хотя потерпела значительные повреждения. Немедленно после пожара Исаакий приступил к возобновлению монастыря, и из пепла воздвиглись снова здания еще в большем блеске и красоте. Народная молва распространяла, слухи, что монахи нашли большой клад и на эти деньги строят монастырь и покупают земли. В сентябре 1712 года, когда в обители успокоились все иноки и богомольцы, пришедшие на праздник Воздвижения Креста Господня, в темную и глухую ночь несколько человек перелезли через монастырскую ограду и бросились к храму ломать двери. Стук разбудил всех, и грабителей прогнали. 30 ноября в ночь, когда монашествующие готовились идти к утрене, в монастыре раздался крик и сверкнуло пламя. Выбежав, монахи очутились окруженными вооруженными людьми, которые иных привязали, иных заперли в келье. Разведя среди монастыря костер, разбойники приступили к пытке монахов, дабы узнать, где у них скрыто богатство. Не узнав ничего, разбойники обратились к грабежу храмов и монастыря. Все увезли, что могли. По милости Божией убитых до смерти не было, но изувеченных много, особенно пострадал иеромонах Дорофей, за отсутствием Исаакия управлявший обителью. Второе подобное испытание ниспослано Господом го апреля 1731 года также в отсутствие настоятеля. Опять напали разбойники во время утрени, побили молящихся в церкви иноков, одного убили, некоторых изувечили, и, разогнав монахов, грабители унесли и попортили много вещей. Но эти испытания были лишь только началом. Покончив, насколько возможно было, успокоение и устроение обители после разгрома разбойниками, Исаакий опять отправился в Москву. По прибытии туда вскоре постигла его тяжкая болезнь, угрожавшая смертью. Дабы лучше приготовиться к часу смертному, Исаакий пожелал пострижения в схиму и обратился с просьбой об этом к бывшему тогда в Москве знакомому ему строителю Красногривской пустыни иеромонаху Макарию. Последний согласился исполнить желание Исаакия только с тем условием, если он примет на себя точное и непременное исполнение особых заповедей, которые даст ему Макарий. Не надеясь выздороветь, Исаакий согласился исполнить все заповеди, какие ему угодно будет дать. Тогда Макарий связал Исаакия такой заповедью: «по принятии схимы строителем и ни в каком начальстве у братии не быть, и не священнодействовать, и из монастыря не выходить, и братию в церкви от Писания не учить, и в пении церковном и за трапезою с братиею простою стоять и сидеть в последних». Исаакий принял эту заповедь, а Макарий облек его в схиму, переименовав прежним именем — Иоанном. Между тем болезнь стала мало-помалу ослабевать, и схимонах в состоянии был возвратиться в свою обитель Саровскую и здесь совершенно выздоровел. За время болезни Иоанна в пустыни многое оказалось запущенным и среди братии стали обнаруживаться беспорядки и неурядицы. Но связанный обетами, данными при схиме, Иоанн не мог ни во что вмешаться, а братия по-прежнему обращалась к нему во всех своих нуждах. Иоанн обращался за советами к тому же Макарию, но последний, по простоте своей, только наистрожайше подтверждал свои заповеди. Тогда братия пустыни решилась подать челобитную Государю, прося указа и архиерейского благословения, чтобы по-прежнему о. Иоанну быть настоятелем и духовником. Просьба братии была уважена, о. Иоанну прислали Государев указ. В указе прописаны канонические правила и примеры из истории Церкви, из которых видно, что монастырями управляли и схимонахи, какпрп. Пафнутий Боровский и другие.