Теперь о. Иоанн занялся внешним устройством пустыни. Окрестные жители помогали Иоанну с большим усердием. Саровская пустынь при своем основании имела лишь около 30 десятин, и, очевидно, такое скудное имущество не могло поддерживать существования монастыря. Но Бог, благоволивший воздвигнуть в пустыни св. обитель, Сам Своими дивными и непостижимыми судьбами обеспечил навсегда ее существование. Посетители делали вклады, и о. Иоанн в течение 17 лет, по 1729 год, приобрел земли по 63 купчим от 96 владельцев, из которых было 7 русских, 16 новокрещенных и 73 мурзы и татар темниковских и кадомских. Отец Иоанн вытерпел также немало спорных процессов с наследниками земель. Каких трудов, хлопот, беспокойства и неприятностей стоило строителю приобретение этих имений, трудно и представить в уме, не только выразить словами. Процесс с Полочениновыми дошел до Сената, потребовал присутствия о. Иоанна в Петербурге и грозил уничтожением обители, которую могли приказать срыть. В 1730 году Высочайшая воля решила многолетний спор и навсегда утвердила и обеспечила существование Саровской пустыни. Так трудно устраиваются истинные обители Божий на земле, где властвует и начальствует над людьми, забывающими Господа, враг человечества.
По Промыслу Божию угодно было подвергнуть веру старца о. Иоанна тяжелому испытанию. В 1733 году по ложному доносу на Саровскую пустынь пало подозрение в сношении ее иноков с неким Радышевским. 14 апреля 1734 года о. Иоанн был арестован по распоряжению страшной в то время тайной канцелярии, отправлен в Петербург и там заключен в крепость. Когда прибыли посланные арестовать его чиновник тайной канцелярии и солдаты, о. Иоанна не было в обители, так как он отлучился по монастырским надобностям в г. Темников. Возвращаясь оттуда, о. Иоанн встретил на дороге эту военную команду. Его привели в Саров, но не впустили в обитель и не дозволили иметь сообщение с братией. Настоятель о. Дорофей и братия вышли за ворота монастырские, куда вывели о. Иоанна, окруженного стражей, и чудный старец простился со всеми, сотворив три земных поклона без слов. Рыдания братии надрывали сердца, ибо все предчувствовали, что не придется им более свидеться в здешней жизни.