Толстой пришел к необходимости критически исследовать учение церкви. Результаты этого исследования он изложил в книге «Критика догматического богословия». Он сам очень высоко ценил эту работу. В действительности «Критика догматического богословия» — книга слабая и по содержанию, и по форме. Параграф за параграфом он критикует учебник догматического богословия одного из русских архиереев, делая попутно экскурсии в область символа веры, посланий восточных патриархов, катехизиса. Книга полна резких нападок, сарказмов, издевательства. Он обвиняет церковь («собрание праздных, обманывающих, невежественных людей») в прислужничестве власти, в «сознательном обмане, посредством которого одни люди хотят властвовать над другими». Люди опытные и образованные давно уже не обращают на церковь никакого внимания. Народ? Толстому теперь кажется, что и народ совершенно равнодушен к церкви.
Толстой пытается даже доказать, что церковь, с ее «непроходимым лесом глупости», является учреждением антихристианским. Церковь не нужна: Христос заповедал не учить, а творить добрые дела, чтобы люди, видя их, прославляли Бога. Верили и верят только делам…
Сделана была попытка напечатать «Исповедь» в одном из бесцензурных журналов. Но книжка в последнюю минуту была арестована, статья Толстого запрещена и вырезана. О печатании «Критики догматического богословия», конечно, не могло быть и речи. Так началась борьба с Толстым правительства. Она чрезвычайно способствовала его популярности. Нелегальные списки его сочинений начали расходиться в большом количестве экземпляров. Религиозные вопросы мало затрагивали в то время русскую интеллигенцию. Но преследования правительства придавали мыслям Толстого совсем особенную пикантность. И в разных частях страны создались центры для переписки и распространения запретных творений великого писателя.
Теперь Толстой уже никому не верит. Ему нужно самому исследовать первоисточники. Он берет греческие тексты четырех Евангелий, ученые комментарии к ним, лучшие переводы на новые языки, своды. Пользуясь своим недавним знакомством с греческим, он переводит слово за словом. Часто в длинные примечаниях и целых статьях он оспаривает общепринятые толкования, предлагая новое понимание. Каждое отступление от обычного перевода, каждое вставленное разъяснение, каждый пропуск он объясняет и доказывает сличением разных вариантов евангелия, контекстом, филологическими и другими соображениями. По мере движения вперед он увлекается и пылает восторгом. С каждым шагом он все больше убеждается, что христианство есть самое строгое, чистое и полное метафизическое и этическое учение, выше которого не поднимался до сих пор разум человеческий. Вместе с тем, составляя свой систематический свод четырех Евангелий, он приходит к окончательному убеждению, что учение христианских церквей имеет мало общего с чистым учением Христа, так как старается соединить несоединимое: философию евангелий с ветхим заветом и позднейшими толкованиями.
Так составилось это обширное творение, в котором отважный исследователь, восторгаясь и пламенея, делал все новые и новые открытия.
Через 20 лет в предисловии к одному из заграничных изданий свода евангелий автор отнесся к своей горячей, «незабвенной» работе критически. Он писал в 1902 году: «Под влиянием восторга и увлечения, я, к сожалению, не ограничился тем, чтобы выставить понятные места евангелия, излагавшего учение (пропустив то, что не вяжется с основным и главным смыслом и не подтверждает и не отрицает его), но пытался придать и темным местам значение, подтверждающее общий смысл. Эти попытки вовлекли меня в искусственные и, вероятно, неправильные филологические разъяснения, которые не только не усиливают убедительности общего смысла, но должны ослаблять ее».
Венцом исканий Толстого явилась книга «В чем моя вера?» Он работал над нею в течение 1883-го года. Блестящий трактат полон пылкою верою. Здесь с чисто толстовской страстностью подведены итоги долголетнего процесса.
К каким же непоколебимым истинам пришел Толстой на этот раз?
Он категорически отверг учение церкви и всю обычную христианскую мистику. Для него Христос — не Бог, а учитель истины. Евангелие не нуждается в авторитете божественного происхождения. Основные его веления начертаны в душе. Они подлежат проверке лишь внутреннего сознания (совести) человека.
Учение мира, поддерживаемое церковью, создает бессмысленную, полную несчастий жизнь на земле. Жизнь эта заканчивается смертью. Учение Христа указывает цель жизни, не уничтожаемую смертью. Цель эта поддержание — мира, единения и любви между людьми. Никто не может и не должен рассчитывать на личное бессмертие, но дело его жизни, если он посвятит ее увеличению любви на земле, останется вечным. И сам он, после плотской смерти, сольется с разлитой в мироздании любовью, т. е. — с Богом.