С 1651 года влияние Никона на царя стало полным и неоспоримым. Он получил сан митрополита. Этот крутой нравом священнослужитель сумел силой убеждения подвести под свою руку вечно колеблющегося царя.
Через год, 25 июля 1652 года, митрополит был «без жеребия» посвящен в патриархи, другими словами, стал главой российской Церкви. Но он принял власть при условии «еже во всем его послушати и от бояр оборонить и его волю исполнять». Алексею Михайловичу пришлось обещать, что отныне он не будет вмешиваться в дела Церкви и духовенства. Никон умело направлял стремления царя на дела военные, поскольку в отсутствие государя патриарх становился единственным главой государства Московского.
Никон начал церковные реформы. Они, в общих словах, заключались в проведении богослужения по греческому образцу вместо древнерусского. Крестное знамение следовало теперь творить не двумя, как раньше, а тремя перстами. У Никона была почти болезненная склонность все переделывать и переоблачать по-гречески, как у Петра впоследствии страсть всех и все переодевать по-немецки или по-голландски.
Когда была напечатана первая исправленная Никоном книга «Служебник церковный», народ с любопытством стал ее читать. Она понравилась далеко не всем. Те, кто отринул идеи Никона, отмежевались от тех, кто одобрил исправления.
Произошел церковный раскол.
Притягательная и обаятельная для масс сила противников Никона заключалась в том, что они являлись борцами и защитниками родной, попираемой Никоном старины, борцами, как сказали бы теперь, за русскую самобытность, которой угрожало гибелью введение иностранных новшеств. Отделившиеся, назвавшись православными староверами, или раскольниками, настолько не переносили своих прежних братьев по вере, что даже не желали есть и пить с ними из одной посуды, не ходили в церкви, где служили по новым книгам, не слушали священников тех церквей.
Царь принял сторону Никона.
Но когда патриарх заявил, что власть церковная выше власти светской и попытался взять на себя функции государя, между Никоном и царем произошел разрыв. Никон желал или все, или ничего. Он отказался от сана, не добившись так манившего его слепого послушания монарха, и демонстративно удалился в Воскресенский монастырь, надеясь, что царь его вернет. Но этого не случилось.
Царь хотел править самовластно, хотя его власть имела пределы.
Страшным потрясением для него оказалось общение с собственными подданными во время Соляного бунта. Тогда ему, помазаннику божьему, чтобы спасти собственную жизнь, пришлось выдать на растерзание толпе близких ему людей: Леонтия Плещеева, Назария Чистого, Петра Траханиотова.
Еще более мучительные воспоминания вызывали события Медного бунта, когда 25 июля 1662 года толпы людей двинулись к царю в Коломенское. Выпуск новых денег всколыхнул всю Москву, замена серебра медью разорила слишком многих. Толпа потребовала разговора с государем, и Алексею Михайловичу пришлось бить по рукам в подтверждение своего обещания выполнить все требования. Царя держали за платье, за пуговицы, есть сведения, что его «валяли». Толпа не обратила внимания, что разговоры тянулись слишком долго — к Коломенскому успели подойти стрелецкие полки. Посадские люди были полностью разгромлены: одни убиты, другие потоплены в Москве-реке, третьи искалечены, а остальные разогнаны.
В царствование Алексея Михайловича пришла на Русь «черная смерть» — моровое поветрие, унесшее едва ли не половину жителей страны.
В марте 1669 году умерла горячо любимая жена Мария Милославская, родившая ему шесть дочерей и пять сыновей. Казалось, с таким количеством потомков мужского пола будущее династии обеспечено. Но старший сын Дмитрий умер сразу после рождения. Наследником был объявлен второй по старшинству царевич Алексей, который тоже прожил недолго. В год смерти матери скончался третий сын, Семен. В живых остались царевичи Федор, мальчик умный и интеллектуально развитый, и Иван, который с физической немощью соединял определенные странности поведения, что давало основания заинтересованным лицам обвинять его в умственной недоразвитости. Выжившие дочери — Екатерина, Федосья, Марфа, Мария и Софья на здоровье не жаловались.
На парадных портретах Алексея Михайловича этого времени мы видим приветливо-благодушное, хотя и не слишком красивое лицо с легкой полуулыбкой, спрятавшейся в темно-русой бороде, румяные щеки, голубые глаза — мужчина в соку.
Овдовев, царь решил вступить в новый брак. Были назначены смотрины — претенденток в царицы представили царю. Эта процедура напоминала современные российские выборы: девушки соответствующим образом готовились, родители лелеяли радужные надежды на собственное возвышение через дочерей, а результат был заранее предрешен.