1940 m. birželio pabaigoje iš prosovietiškai nusiteikusių asmenų sukurta darbininkų milicija kurį laiką veikė kartu su „smetonine" policija. Tačiau liepos 26 d. policija buvo paleista ir liko tik sovietinė milicija.
„Liaudies" vyriausybė liepos 29 d. panaikino kreipinį „ponas", o vietoj jo įvedė „draugas". Rugpjūčio 7 d. Ministrų Taryba nutarė 1 valandą pirmyn pasukti laikrodžius, t. y. įvedė Lietuvoje Maskvos laiką.
Lietuvos kariuomenė, nepasipriešinusi okupantams, pati pasirašė mirties nuosprendį. V. Dekanozovas pareikalavo tuoj pat pašalinti „reakcingus11, t. y. naujosios valdžios požiūriu labiausiai nepatikimus, vyresniuosius karininkus. Liepos 3 d. J. Paleckio aktu Lietuvos kariuomenė buvo pavadinta Lietuvos liaudies kariuomene. Joje atsirado politinių vadovų pareigybė. „Liaudies" kariuomenės vadu buvo paskirtas Raudonosios armijos generolas, buvęs Frunzės karo akademijos dėstytojas F. Baltušis-Zemaitis, o vyriausiuoju politiniu vadovu — buvęs Oriolo pėstininkų mokyklos politinio skyriaus viršininko pavaduotojas J. Macijauskas.
Liepos 11 d., t. y. juridiškai dar neįforminus aneksijos, SSRS gynybos liaudies komisaro S. Timošenkos įsakymu buvo įsteigta Pabaltijo karinė apygarda, į kurią įėjo ir Lietuvos teritorija4. Rugpjūčio 17d. VKP(b) CK ir SSRS LKT nutarė Lietuvos armiją, „apvalius" ją nuo „nepatikimų elementų" ir pertvarkius į 29-ąjį teritorinį šaulių korpusą, palikti vieneriems metams (kad lietuviai karininkai spėtų išmokti rusų kalbą ir įgytų Raudonosios armijos karininkų kvalifikaciją), po to panaikinti5.
Visą rudenį ir žiemą vyko Lietuvos kariuomenės sovietizacija bei rusinimas. Visi jos daliniai buvo perkelti į Rytų Lietuvą, daugiausia Vilnių bei jo apylinkes, t. y. kuo toliau nuo Vokietijos sienos. 1940 m. rudenį visi vietinės kilmės politiniai vadovai buvo pakeisti iš „broliškų respublikų" atsiųstais polit-rukais, nė žodžio nesupratusiais lietuviškai ir bendravusiais su kariais per vertėjus. Korpuso Ypatingasis skyrius, kuriam vadovavo iš Maskvos atsiųstas čekistas J. Bartašiūnas, kartu su J. Macijausko vadovaujama Politine valdyba tęsė kariuomenės „valymą". 1941 m. vasario 23 d. lietuviai kariai turėjo duoti sovietų kario priesaiką,
1941 m. birželio 10 d. pakeista 29-ojo korpuso vadovybė. Jo vadu (vietoj gen. V. Vitkausko) buvo paskirtas gen. Samochinas, vado padėjėju — gen. Rozanovas, štabo viršininku — pik. Tiš-čenka, korpuso komisaru — Danilovas, 179-osios divizijos vadu — pik. Ustinovas, 184-osios divizijos — pik. Vinogradovas. Birželio viduryje buvo suimta ir išsiųsta į Rusiją dar 276 karininkai, 18 puskarininkių, 15 viršilų, 16 eilinių, 4 civiliai tarnautojai, iš viso 329 asmenys 6. Po šios akcijos aukštesniųjų karininkų lietuvių beveik neliko. Juos pakeitė sovietų karininkai, reikalavę, jog visos komandos ir raportai būtų tik rusų kalba, ir net lietuviškas dainas vertinę kaip „buržuazinio nacionalizmo" apraišką. Siekiant greičiau „internacionalizuoti" lietuviškąjį korpusą, birželio pradžioje į jį buvo perkelta keli tūkstančiai eilinių sovietų karių.
Be perstojo „valant", taip pat demobilizuojant atitarnavusius karius, iš 32 tūkst. 1940 m. vasarą Lietuvos armijoje tarnavusių kareivių bei karininkų 1941 m. birželį 29-ajame korpuse buvo likę maždaug 8 tūkstančiai.
2. ŪKINĖ LIETUVOS ANEKSIJA
Paskelbus Lietuvą sovietine respublika, tuoj pat pradėta „kurti socializmo pamatus", t. y. naikinti privatinę nuosavybę. Visos ūkio šakos labai sparčiai („stachanovietiškai") buvo pertvarkomos pagal sovietų modeli, visiškai neatsižvelgiant į vietos sąlygas, istorines tautos tradicijas bei ekonominį efektyvumą. Visus Lietuvos ūkio nacionalizavimo bei sovietizavimo projektus rengė SSRS pasiuntinybė ir LKP Centro Komitetas, tvirtino Maskva ir tik po to priėmė LTSR vyriausybė.
Jau liepos 12 d. V. Dekanozovo spaudžiama „Liaudies" vyriausybė nutarė perduoti SSRS Valstybiniam bankui užsienyje laikomą Lietuvos auksą. JAV, Anglijos bei Prancūzijos vyriausybės nepripažino šio nutarimo teisėtu, todėl Maskvai pavyko pasiglemžti tik Švedijos ir Šveicarijos bankuose buvusį (19 mln. Lt vertės) Lietuvos auksą.
Liepos 26 d. prezidento pareigas ėjęs J. Paleckis paskelbė Bankų nacionalizavimo įstatymą, kuriuo buvo nusavintos 46, o su skyriais 202 kredito įmonės: bankai, draudimo įstaigos, taupomosios kasos, kredito draugijos, lombardai. Visų jų kapitalas siekė 114, o kilnojamojo bei nekilnojamojo turto vertė — 33,4 mln. Lt L
Smulkesnės nacionalizuotos kredito įmonės buvo likviduotos, o kitos pertvarkytos ir įjungtos į SSRS kredito sistemą. Antai spalio 10 d. Lietuvos bankas buvo pertvarkytas į SSRS Valstybinio banko Lietuvos respublikinę kontorą, kuriai vadovavo iš Maskvos atsiųstas ir valdytojo A. Drobnio pavaduotoju paskirtas V. Ušakovas. Vietoj nacionalizuotų Žemės ir Kooperacijos bankų buvo įsteigta SSRS Žemės ūkio banko Lietuvos respublikinė kontora (valdytojo pavaduotojas—įiš Maskvos atsiųstas
F. Kovriga). Vietoj nacionalizuoto Komercijos banko 1941 m. pradžioje pradėjo veikti SSRS Pramonės banko Lietuvos respublikinė kontora (valdytojo pavaduotojas S. Movšovičius), o iš nacionalizuotų Tarptautinio, Ūkio ir Vilniaus miesto bankų buvo įkurtas respublikinis Komunalinis bankas (valdytojo pavaduotojas A. Eršovas). Apskritai Lietuvos kredito įmonės prarado bet kokį savarankiškumą ir virto centrinių SSRS bankų skyriais.
Liepos 26 d. buvo paskelbtas ir Stambiosios pramonės nacionalizavimo įstatymas, pagal kurį valstybė perėmė įmones, kuriose dirbo daugiau kaip 20 darbininkų, taip pat įmones, kuriose dirbo nuo 10 iki 20 darbininkų ir kurios turėjo mechaninių variklių. Vykdant šį įstatymą, rugpjūčio ir rugsėjo mėnesiais buvo nusavinta apie 600 įmonių, t. y. visa stambioji ir vidutinė pramonė. Vėliau, 1941 m. žiemą ir pavasarį, vietos valdžia nusavino dar 400 smulkių įmonių, nors jų nelietė pramonės nacionalizavimo įstatymas („revoliucinis teisėtumas11!). Iš viso Lietuvoje buvo suvalstybinta per 1 tūkst. pramonės įmonių, kuriose dirbo maždaug 40 tūkst. darbininkų bei tarnautojų ir kurių vertė buvo didesnė negu 413 mln. litų. Nacionalizuotos įmonės kartu su kooperatinėmis) gamino apie 70 procentų visos Lietuvos pramonės bei amatų produkcijos.
Rugsėjo 27 d. Lietuvos TSR AT Prezidiumas išleido prekybos nacionalizavimo įsaką. Pagal jį buvo nusavinta 1,6 tūkst. parduotuvių, sandėlių, restoranų, valgyklų bei kitų prekybos įmonių, kurioms kartu su kooperatinėmis įmonėmis teko apie 63 procentai visos prekių apyvartos. Daugiau kaip 80 procentų nacionalizuotų įmonių priklausė žydams, per 9 procentus — lietuviams, kitos — lenkams, vokiečiams arba buvo mišrios.
Rugpjūčio 24 d. LTSR Ministrų Taryba nutarė perduoti SSRS Užsienio prekybos liaudies komisariatui Lietuvos užsienio prekybą, taip pat muitines. Užsienio prekybos departamentas kaip Finansų ministerijos padalinys buvo likviduotas.
1940 m. pabaigoje iš esmės buvo suvalstybintos ir Lietuvos kooperatinės įmonės. „Lietūkio11 pagrindu buvo įkurta Lietuvos TSR vartotojų kooperacijos sąjunga, kuri perėmė tris ketvirtadalius nacionalizuotų prekybos įmonių ir turėjo organizuoti „socialistinę11 prekybą kaimo vietovėse bei mažesniuose miestuose. „Pienocentras11 ir vaisių, daržovių bei uogų augintojų kooperatyvų sąjunga „Sodyba11 trestų teisėmis buvo perduotos respublikiniam Maisto pramonės liaudies komisariatui, o linų augintojų kooperatyvų sąjunga „Linas11 virto sąjunginės linų paruošų kontoros „Zagotlion11 skyriumi, kurio valdytoju Maskva paskyrė M. Poloterovą.
Jau rugpjūčio pabaigoje SSRS Susisiekimo liaudies komisariatas perėmė Lietuvos geležinkelius, taip pat garvežių bei vagonų remonto dirbtuves. Jų veiklai prižiūrėti buvo sudaryta respublikinė Geležinkelių valdyba, kuriai vadovavo Maskvos paskirtas Lochmatovas. Geležinkeliai buvo platinami, t. y. vienodinami su SSRS keliais.