Vasario mėnesį mokesčių reikalu pradėjus surašinėti žemę, kaimuose pasklido kalbos, jog ūkininkai būsią varomi į „kolchozus". Vasario 28 d. prie Simno valsčiaus (Alytaus apskr.) vykdomojo komiteto susirinko apie 100 valstiečių ir reikalavo leisti jiems išbraukti savo pavardes surašymo blankuose. Nepaisant pirmininko aiškinimų, jog nieko blogo nebūsią, jie „triukšmavo ir šaukė <...>ir vis reikalavo grąžinti blankus. Po kelių dienų vėl buvo susirinkę 80 žmonių",— pranešė A. Guzevičiui NKVD Alytaus apskrities skyriaus vadovai48.
Labai sustiprėjo inteligentijos, ypač moksleivių ir studentų, patriotinės nuotaikos. Antai LKP Centro Komitetui buvo pranešta, kad sausio 11 d. Ukmergėje SSRS AT rinkimų mitinge, kuriame dalyvavo 600 žmonių, daugiausia moksleivių, mokytojų seminarijos dėstytojas Cižiūnas pareiškė/jog „Lietuvoje viešpatauja rusai, lietuvių kalba išstumiama, lietuvių nepasitenkinimas rusų priespauda didėja <...>“. Susjrinkusieji jo kalbą sutiko ovacijomis 4Э.
Svarbus vaidmuo tautos laisvės byloje teko Lietuvos diplomatams. 1940 m. liepos 21—23 d. Lietuvos Respublikos pasiuntiniai Vokietijoje, Anglijoje, Prancūzijoje, Italijoje, Vatikane, Šveicarijoje, Švedijoje, JAV ir Argentinoje įteikė tų šalių vyriausybėms notas (Vokietijos užsienio reikalų ministerija notos nepriėmė), kuriose demaskavo Kremliaus klastą ir prašė nepripažinti 1 „Liaudies" seimo nutarimų, naikinančių Lietuvos valstybingumą. Lietuvos diplomatų veiklai užsienyje vadovavo pasiuntinys Italijoje S. Lozoraitis, birželio 2 d. prezidento A. Smetonos paskirtas diplomatijos šefu, „jeigu Lietuvą ištiktų katastrofa".
Neliko nuošalyje ir užsienio lietuviai. Rugpjūčio 10 d. svarbiausios JAV lietuvių organizacijos susijungė į Lietuvai gelbėti tarybą, vėliau pasivadinusią Amerikos lietuvių taryba (ALT) ir organizavusią JAV vyriausybės bei visuomenės opiniją prieš Lietuvos okupaciją. Kitų kraštų lietuviai taip pat steigė Lietuvos valstybingumui atkurti komitetus bei tarybas.
Lietuvos vadavimo štabą užsienyje įsteigė Lietuvos Respublikos pasiuntinys Berlyne K. Škirpa. Pirmasis Lietuvos kariuomenės savanoris, nepriklausomybės kovų dalyvis, karštas savo tėvynės patriotas Kazys Škirpa buvo A. Smetonos, A. Merkio, S. Raštikio bei kitų 4-ojo dešimtmečio pabaigos Lietuvos politikų. besiorientavusių tik į Vakarų valstybes ir užmiršusių pačią lietuvių tautą, priešingybė. Jis — ryžtingas ir veiklus žmogus. Sovietmečio istorikų K. Škirpai iškelti kaltinimai, esą jis buvęs germanofilas ir net hitlerininkų talkininkas, yra nepagrįsti ir šmeižikiški. K. Škirpa manė, jog Lietuvos ateitį turi kurti pati tauta (1939 m. rudenį — atsiimti lenkų okupuotą Vilnių, 1941 m. birželį — sukilti ir atkurti nepriklausomybę). 1941 m. birželio 23 d. išlydėdamas iš Berlyno grupę į Lietuvą vykstančių lietuvių, K. Škirpa kalbėjo, jog pasiekus Lietuvą „svarbiausias jūsų tikslas — aiškinti ir veikti taip, kad patys lietuviai kuo skubiausiai imtų į savo rankas valstybės atstatymą ir vadovavimą. Žinokit, kad niekas svetimas mums nepadės atgauti laisvę. Nepadės anglai, nepadės ir <...> vokiečiai. Pastarieji mums kliudys. Bet mes turime siekti savo laisvės, nežiūrėdami jokių kliūčių. Taip daro kiekviena sąmoninga tauta. Tiktai taip iškovojama laisvė ir sukuriama valstybių nepriklausomybė" 50. K. Škirpa tikėjo, kad vienintelė reali jėga, galėjusi tuomet išgelbėti Lietuvą iš sovietų priespaudos, išlaikant ribotą savarankiškumą, yra Berlynas. Tai buvo didžiausia jo klaida — Vokietijos geranoriškumo Lietuvai pervertinimas. Tačiau 1941 m. vasarą, įsitikinęs, kad Berlynas nesirengia atkurti Lietuvos valstybingumo, jis nenuėjo tarnauti naciams, nepasidarė jų bendrininku.
1940 m. lapkričio 17 d. vakarą susirinkę j K. Škirpos butą Berlyne 28 lietuviai, daugiausia pabėgėliai iš okupuotos Lietuvos, politikai, intelektualai, karininkai, kunigai, įsteigė Lietuvių aktyvistų frontą (LAF), kurio tikslas — atgauti Lietuvos nepriklausomybę. Išrinktas LAF-o vadu, K. Škirpa savo padėjėjais, pasirinko liberalus E. Galvanauską bei R. Skipitį, voldemarinin-ką K. Brunių, tautininką A. Valiukėną, jaunųjų katalikų atstovą filosofą A. Maceiną ir liaudininką K. Zaikauską. LAF-o nariu galėjo būti kiekvienas ryžtingas ir veiklus lietuvis, nutraukęs ryšius su savo buvusiąja partija.
LAF-ą gana taikliai apibūdino vienas iš jo steigėjų publicistas Bronys Raila: „Lietuvių aktyvistų frontas buvo kariškai politinė organizacija, jungusi didelę dalį aktyvesnių polėkių lietuvių <...>, pradedant voldemarininkais ir baigiant socialdemokratais, einant per tautininkus, krikščionis demokratus, liaudininkus ir. žinoma, daugumą nepartinių lietuvių patriotų. Pagrindinis LAF-o tikslas <...> buvo planingas ruošimas ir aktyvi pastanga atkovoti Lietuvos nepriklausomybę, pasinaudojant artėjančio vo-kiečių-sovietų karo proga <...>. LAF-o epizodas mūsų laisvės kovų istorijoje tebėra vienas iš kontraversiškiausių <...>, tačiau tai vienintelis pastarųjų metų Lietuvos išsilaisvinimo sąjūdis, kuris ne tik apie tai kalbėjo ir skelbė, bet ir šį tą padarė" 51.
Būdamas nealbejotinai patriotinis sąjūdis, LAF-as, deja, turėjo ir šešėlių. Kai kurių jo padalinių, ypač berlyniškio Centro, voldemarininkų, veikloje netrūko antisemitizmo. Ne viename Lietuvoje platintame LAF-o atsišaukime žydai tapatinami su komunistais ir skelbiami kone svarbiausiais nepriklausomybės netekties bei krašto sovietizacijos kaltininkais. 1941 m. pavasari LAF-o štabo Berlyne parengtuose „Nurodymuose Lietuvai išlaisvinti" rašoma, kad išvejant iš Lietuvos Raudonąją armiją „labai svarbu ta pačia proga atsikratyti žydų. Todėl reikia sudaryti jiems šalyje tokią slogią aplinką, kad nė vienas žydas nedrįstų net ir pagalvoti, jog naujojoje Lietuvoje jis gali turėti bent minimalias teises ir apskritai pragyvenimo galimybes. Tikslas— priversti visus žydus bėgti iš Lietuvos kartu su raudonaisiais ir rusais. Kuo daugiau jų iš Lietuvos pasišalins, tuo lengviau bus po to užbaigti išsivadavimą iš žydų. Savo laiku Vytauto Didžiojo suteiktas žydams svetingumas Lietuvoje naikinamas visiems laikams".52
Patriotiniai būreliai okupuotoje Lietuvoje stichiškai kūrėsi jau nuo rudens, dar nepradėjus veikti LAF-o štabui Berlyne. Viena pirmųjų antisovietinių pogrindžio organizacijų buvo rugsėjo mėnesį Kaune įkurta Laisvosios Lietuvos sąjunga (spalio mėnesį ji buvo NKVD susekta), išleidusi tris „Laisvosios Lietuvos" laikraščio numerius. 1940 m. pabaigoje—1941 m. pradžioje pogrindžio organizacijos susikūrė visoje Lietuvoje: įstaigose ir įmonėse, kaimuose ir miesteliuose, o ypač mokyklose. Karo išvakarėse jos turėjo apie 36 tūkst. narių. Masiškiausiai ir aktyviausiai pogrindžio veiktoje dalyvavo moksleiviai, studentai, apskritai jaunimas, taip pat šauliai, tarnautojai, darbininkai. 1941 m. žiemą Vilniuje susikūręs karinis-politinis, o Kaune — organizacinis LAF-o Lietuvoje štabai ėmėsi telkti pogrindžio jėgas. 1941 m. birželį NKGB suėmus daugumą Vilniaus štabo narių, visą vadovavimą pogrindžiui perėmė Kauno štabas, galutinai parengęs sukilimo planą.
Artimiausias LAF-o uždavinys'buvo suvienyti patriotines jėgas ir apsaugoti jas nuo areštų iki sukilimo. Tai lėmė ir pogrindžio veiklos metodus: buvo leidžiami laikraštėliai, keliamos lietuviškos vėliavos, viešose vietose rašomi patriotiniai bei antiso-vietiniai šūkiai („Tegyvuoja «Nepriklausoma Lietuva!", „Tegyvuoja Vytis!", „Salin Staliną!"). Bažnyčiose buvo giedama „Marija, Marija". Si giesmė, uždraudus V. Kudirkos „Tautinę giesmę", tapo neoficialiu Lietuvos himnu. 1941 m. sausį Maskvai rašytame pranešime A. Guzevičius kaip svarbiausią pogrindžio veiklos metodą pagrįstai nurodė „kontrevoliucinės propagandos lapelių ir anoniminių rašinių platinimą. Tais lapeliais kurstoma nuversti sovietų valdžią, boikotuoti rinkimus į Sovietų Sąjungos Aukščiausiąją Tarybą, platinami pikti šmeižtai apie partijos ir vyriausybės vadovus, taip pat skleidžiami provokaciniai gandai apie artėjantį Sovietų Sąjungos karą su Vokietija <...>. Kontrrevoliucinės propagandos lapeliai buvo masiškai platinami visose apskrityse" 53.