Tomis dienomis vokiečių ginklas ne vienam grąžino gyvenimą, prarastą viltį, namus ir šeimas. Iš miškų išėjo nuo suėmimų ir ištrėmimo slapstęsi žmonės. Iš kalėjimų grįžo kaliniai. Dar ruseno viltis, jog sparčiai į Rytus riedantis frontas pavysiąs tremtinių ešalonus. Ūkininkai džiaugėsi, kad negresia rekvizicijos ir „kolchozai". Vėl suskambėjo ilgai negirdėtas Tautos himnas, kraštas skendėjo trispalvėse.
Prasidėjus karui, lietuvių tauta tikėjosi atkurti nepriklausomybę. Jau pirmąją karo dieną Vokietijos pasienyje pradėjo veikti partizanai. LAF-o Kauno štabas (L. Prapuolenis, inž. A. Darnusis, .pik. J. Vėbra, J. Valiulis ir kt.) buvo nutaręs pradėti sukilimą birželio 23 d., tačiau jis prasidėjo anksčiau. Vėlų birželio
22-osios vakarą aktyvistai užėmė centrinio pašto rūmus, centrinę telefono-telegrafo stotį ir susprogdino Raudonosios armijos telefono centrinę aparatinę Vilijampolėje. Ryšių perėmimas — viena svarbiausių sukilimo sėkmės Kaune priežasčių.
Pirmadienį, birželio 23-ąją, pusę dešimtos ryto centrinio LAF-o štabo Berlyne įgaliotinis Lietuvoje Leonas Prapuolenis per Kauno radiją paskelbė valstybės atkūrimo aktą: „Susidariusi laikinoji vėl atgimstančios Lietuvos vyriausybė šiuo skelbia atstatanti laisvą ir nepriklausomą Lietuvos valstybę <...>. Žiauraus bolševikų teroro iškankinta lietuvių tauta ryžtasi kurti savo ateitį tautinės vienybės ir socialinio teisingumo pagrindu". Po to buvo paskelbta Laikinosios vyriausybės sudėtis ir eterio bangomis per Lietuvą nuskriejo metus laiko negirdėto Tautos himno garsai. Kauno radijo laidas (pranešimas buvo kartojamas užsienio kalbomis) priėmė ir išplatino Helsinkio bei Stokholmo radijo stotys. Viso pasaulio spauda rašė apie lietuvių sukilimą prieš sovietus.
Paskelbus nepriklausomybę, miestas pradėjo puoštis trispalvėmis. Sukilę kauniečiai užpuldinėjo pavienius besitraukiančius raudonarmiečius ir atiminėjo iš jų ginklus. Užėmus Raudonosios armijos sandėlius Šančiuose, Į sukilėlių rankas pateko tūkstančiai automatinių šautuvų, pistoletų, net kulkosvaidžių. Ginklų netrūko, norinčių apsiginkluoti taip pat. Ltn. M. Vytėnas, vadovavęs sukilėliams Šančiuose, taip apibūdino socialinę-jų sudėti: „Darbininkai buvo pati entuziastingiausia, pati kovingiausia sukilėlių grupė Antrą labai sąmoningą ir kovingą grupę
sudarė studentai ir moksleiviai. Trečią grupę sudarė kariai, tarnautojai ir kiti sąmoningi lietuviai"3. Birželio 23 d. didžiausios kautynės vyko Šančiuose, kur partizanai iš „Metalo", „Tilkos" bei kitų fabrikų apšaudė Juozapavičiaus prospektu besitraukiančią sovietų kariuomenę ir neleido raudonarmiečiams persikelti per Nemuną į miestą iš Aukštosios Panemunės. Policininko Juozo Savulionio gyvybės kaina pavyko užimti Vilijampolės tiltą per Neri. Tačiau sargybos, apšaudomos partizanų, pasiskubino išsprogdinti Nemuno tiltus kartu su besitraukiančia per juos kariuomene.
Birželio 23-osios vakarą visą laikinąją sostinę jau buvo užėmę sukilėliai. „Naktis iš birželio 23 į 24-ąją buvo LAF-o triumfo naktis. Kauną valdėme visą: Žaliakalnis, Šančiai, Vilijampolė ir aerodromas buvo visiškoje mūsų kontrolėje. Kauno centre plevėsavo lietuviškos trispalvės, per garsiakalbius buvo perduodamos Kauno radiofono transliacijos. Spaustuvėje buvo spausdinama „Į laisvę1* pirmasis numeris. Mes buvome padėties viešpačiai, o besislapstą rusų kariai ir komunistai gaudomi ir nuginkluojami11,— rašė K. Škirpa4. Birželio 25-osios pavakarę į Kauną kone paradinės rikiuotės tvarka įžengė vokiečių kariuomenė.
Birželio 23 d. sukilimas prasidėjo ir Vilniuje. Sukilėlių branduolį sudarė mieste buvę 29-ojo teritorinio korpuso kariai, kuriuos rėmė studentai, įstaigų tarnautojai, lietuviai policininkai. Teisės fakulteto dekanatas tapo sukilimo Vilniuje štabu. Miesto reikalams tvarkyti buvo sudarytas Vilniaus miesto komitetas, kuriam vadovavo universiteto docentas S. Žakevičius (pavaduotojas— prof. V. Jurgutis). Pavakare buvo užimtos svarbiausios Vilniaus įstaigos. Virš centrinių universiteto rūmų, po to ir Gedimino kalne suplevėsavo trispalvė. Iki pat ryto miesto gatvėse aidėjo šūviai. Žuvo ir Rasų kapinėse buvo palaidoti 24 sukilėliai5.
Kauno radijo laida (buvo signalas sukilti visai Lietuvai. Ginkluoti būriai, kurių branduolį sudarė LAF-o nariai, suimdavo sovietinius pareigūnus, sulaikydavo pavienius raudonarmiečius. Visur buvo atkuriamos savivaldybės, policijos, teismo ir kitos nepriklausomybės laikų įstaigos. Partizanų būriai veikė ir daugelyje kaimų. Apie periferijos partizanų veiklą galima spręsti iš 1941 m. vasarą laikraščiuose pasirodžiusių korespondencijų:
Linkuvoje partizanų atsirado dar iki karo, iš šaulių ir moksleivių. Kovose su komunistais žuvo 10 partizanų. Dabar partizanai, ūkininkų padedami, baigia išgaudyti miškuose besislapstančius Raudonosios armijos kareivius.
Sedoje trispalvė iškelta birželio 23-osios rytą. Per susirėmimus su kareiviais ir vietos komunistais žuvo keliolika partizanų.
Kazlų Rū/loje žmonės, išgirdę Kauno radiją, su ašaromis giedojo Tautos himną. Miestelyje iškelta trispalvė. Partizanų būrys iš pradžių veikė plikomis rankomis, tačiau netrukus atsirado šautuvų ir kulkosvaidžių. Buvo likviduotas sovietų komendantas. Bolševikai išžudė daug nekaltų gyventojų.
Zarasuose partizanai pradėjo veikti birželio 24 d. Partizanas Šakalys, įsitaisęs bažnyčios bokšte, iš kulkosvaidžio pleškino į bolševikus, net į tankus, tačiau ir pats žuvo 6.
Pasak gen. S. Raštikio, birželio pabaigoje buvo beveik 100 tūkstančių organizuotų ir neorganizuotų sukilėlių bei partizanų. Žinoma, daugumai jų neteko kovoti su ginklu rankoje. O žuvo apie 2 tūkst. partizanų (vokiečių kariuomenė, užimdama Lietuvą, neteko beveik 3 tūkst. karių).
LAF-o štabas Berlyne buvo susitaręs su vermachto vadovybe, jog Lietuvos partizanai kaip skiriamąjį ženklą ryšės ant kai-rėš rankos baltą raištį su tamsiomis raidėmis ,,TDA“ (Tautinė darbo apsauga — taip oficialiai vadinosi ginkluoti LAF-o būriai). Todėl Lietuvos partizanai dažnai buvo vadinami „baltaraiščiais". Sovietų žurnalistai, rašytojai ir istorikai per 50 metų šiam žodžiui suteikė perdėm neigiamą prasmę, iš esmės prilygusią žodžiui „žydšaudys". Sukilimo prasme abejojo ir kai kurie Amerikos lietuviai: ar ne veltui buvo pralietas kraujas, juk laisvė neiškovota, o vieną okupaciją pakeitė kita. T. Venclova net tvirtina, jog sukilėliai „geriausiu atveju buvo labai naivūs, o blogiausiu— nusikaltę žydams, lenkams ir patiems lietuviams. Buvo svetimos valstybės agentai. Nacistinės valstybės"7.
1940 m. birželio 15-oji — juodžiausia Lietuvos istorijos diena. Kitų metų birželio 14-oji — skausmo diena, tautos genocido pradžia. O birželio 23-ąją lietuviai pirmieji Europoje sukilo prieš sovietinį Rusijos imperializmą, prieš bolševikų terorą. Nepriklausomybės iškovoti, deja, nepavyko. Tačiau tiesioginis sukilimo tikslas buvo pasiektas: paskelbta savos vyriausybės vadovaujama nepriklausoma Lietuva. Sukilimas paneigė bolševikų melą, jog lietuviai 1940 m. patys prašėsi SSRS globos, ir parodė pasauliui, kad mūsų tauta nori gyventi nepriklausoma. Gal dar svarbesnė buvo moralinė-psichologinė sukilimo reikšmė: sukilėlių krauju nuplauta 1940 m. užtraukta gėda, kad tauta negynė savo nepriklausomybės. Pasak B. Railos, „trijų nesenų ultimatumų demoralizuotai, palaužtai ir viskuo nusivylusiai mūsų tautai tai buvo tartum garbės atstatymo aktas, gėdos nuvalymas <.„>“s. Birželio sukilimas — tarsi moralinis tautos apsivalymas: tauta atgavo pasitikėjimą savimi, kuris buvo reikalingas naujai okupacijai ištverti.
Minėtas Šančių partizanų vadas M. Vytėnas prisimena, jog name, ant kurio stogo įsitvirtino sukilėlių būrys, buvo „Paramos" parduotuvė, tačiau nė vienam dalinio vyrui per dvi įtemptų 'kautynių dienas „neatėjo į galvą mintis nueiti <...> ir paimti duonos kepalą, dešrigalį ar stipresnio gėrimo bonką. Prabėgomis užkąsdavome tiktai merginų atneštais sumuštiniais" 9. Deja, mėgėjų pasiglemžti svetimą turtą, suvesti asmenines sąskaitas atsirado, ypač iškovojus pergalę, kai jau negrėsė pavojus. Tada daugelis pasidarė „partizanais". Istorija mena, jog prie pačių kilniausių sąjūdžių, ypač jiems laimėjus, prisiplaka lengvo pinigo mėgėjai, karjeristai, net visuomenės padugnės. Taigi ir 1941 m, vasaros saulėtas dienas lydėjo kraupūs šešėliai: kerštavimai, sąskaitų suvedinėjimas, žydų turto dalybos ir nekaltai liejamas kraujas.