Šiaulių apygardos teismo prokuroras M. Krygeris 1941 m, liepos 29 d. aplinkraštyje apskričių viršininkams rašė: „Susipažinęs. su įvykdytais ir vykstančiais <...> lietuvių areštais, randu, kad daugelis žmonių suimami, nors šiuo metu suėmimas kai kuriose vietose tolygus perdavimui sušaudyti, be rimto pagrindo ir be jokio tyrimo. Daug kur suimama labai lengvapėdiškai ir dargi suvedant asmenines sąskaitas. Nėra nė vieno miesto, miestelio ir valsčiaus, kur patys lietuviai nesuiminėtų lietuvių. Tarp suimtųjų yra tarnautojų, ūkininkų, amatininkų, darbininkų, moterų, nepilnamečių jaunuolių ir net 15—16 metų paauglių. Daugelyje vietų suimtiesiems be jokių kvotų jau įvykdytos mirties bausmės" 10. Pasak JAV lietuvių istoriko S. Sužiedėlio, 1941 vasara — pats kruviniausias naujausiųjų laikų Lietuvos istorijos puslapis, nes niekada per tokį trumpą laiką nebuvo nužudyta tiek beginklių žmonių. Antinacinės rezistencijos spauda rašė, kad „atsiskaitymo valandos". Lietuvai kainavo per 5000 gyvybių, kad dėl jų tauta pirmosiomis karo savaitėmis neteko daugelio patriotų, net buvusių savanorių kūrėjų u. Ne visų tautiečių sąžinė švari ir dėl Lietuvos žydų tragedijos.
Sukilimo vadovybė bandė užkirsti kelią savivalei ir smurtui. Birželio 29 d. LAF-o Vilniaus srities vadovybės atsišaukime buvo sakoma: „Aktyvistų vardu kai kurie gaivalai padarė išsišokimų, tačiau vadovybė pabrėžia, kad jie nieko bendro neturi su tikraisiais aktyvistais. Aktyvistų vardo teršėjai bus visu griežtumu sudrausti" 12. O birželio 24 d. Laikinosios vyriausybės atsišaukimas į šaulius ir partizanus skelbė, kad „griežtai draudžiama patiems vykdyti teismą. Visi gaivalai, kurie yra nusikaltę lietuvių tautai, susilauks atpildo teisimo sprendimu" ,3. Deja, Laikinoji vyriausybė realios valdžios neturėjo ir todėl jos pastangos buvo mažai veiksmingos. Jau birželio 28 d. vokiečių karo komendantas Kaune Pohlis įsakė paleisti visus lietuvių karinius dalinius u, o liepos 2 d. SS štandartenfiurerio F. Jėgerio vadovaujamas operatyvinės „A" grupės 3-iasis būrys pradėjo vykdyti saugumo policijos Lietuvoje funkcijas15. Todėl ne tik faktiškai, bet ir formaliai (juridiškai) už tvarkos palaikymą krašte ir viską, kas jame darėsi, buvo atsakingi vokiečiai.
2. LAIKINOJI VYRIAUSYBĖ
1941 m. birželio 23 d. Kauno radijas pranešė, kad sudaroma Laikinoji vyriausybė. Paaiškėjus, jog kai kurie ministrai išvežti į Rusiją, o kitų (ministro pirmininko K. Škirpos, užsienio reikalų ministro R. Skipičio) vokiečiai neišleidžia iš Berlyno, ji buvo papildyta naujais asmenimis. Jos sudėtis tokia: einąs ministro pirmininko pareigas ir švietimo ministras — J. Ambrazevičius, krašto apsaugos ministras —S. Raštikis, finansų — J. Matulionis, vidaus reikalų — J. Šlepetys, žemės ūkio — B. Vitkus, pramonės — A. Damušis, prekybos ir valstybės kontrolės — P. Vainauskas, komunalinio ūkio — V. Landsbergis-Žemkalnis, teisingumo — M. Mackevičius, susisiekimo — A. Novickis, sveikatos apsaugos— K. Vencius, darbo ir socialinės apsaugos — J. Pajaujis.
Istorikas Z. Ivinskis, aktyviai dalyvavęs LAF-o veikloje, buvo paskirtas tarpžinybiniu padėjėju ryšiams su vokiečių įstaigomis palaikyti. K. Škirpa į Kauną taip ir neatvyko, todėl Laikinajai vyriausybei visą jos gyvavimo laikotarpį vadovavo švietimo ministras, literatūros tyrinėtojas, prof. Juozas Ambrazevičius (Brazaitis). K. Škirpa savo pavaduotoją taip įvertino: vyriausybės veikla „parodė, jog geresnio pasirinkimo negalėjo būti. Nors prof. J. Ambrazevičius prieš tai jokioje valdžioje nebuvo dalyvavęs ir todėl patirties <...> neturėjo, tačiau greitai pasireiškė kaip tvirtos valios, greitos orientacijos ir sumanus politikoje valstybininkas" le. Dauguma vyriausybės narių, taip pat J. Ambrazevičius, buvo krikščionys demokratai.
Pirmasis Laikinosios vyriausybės posėdis Įvyko birželio 24-osios rytą, kai Kauno gatvėse dar poškėjo šūviai. Vyriausybė siekė, kad vokiečiai įžengtų į Kauną, kai bus atkurta Lietuvos valstybė, kurios vyriausybė kontroliuos padėti krašte. Vadavusiems kraštą partizAnų būriams vadovauti ir jų veiklai koordinuoti buvo sudaryta Krašto gynimo taryba (gen. S. Pundzevičius, gen. M. Rėklaitis, pik. J. Vėbra), o pik. J. Bobelis paskirtas Kauno komendantu. Laikinoji vyriausybė atkūrė nepriklausomybės laikų administraciją: nušalino sovietų pareigūnus (daugelis jų buvo pabėgę į Rusiją) ir paskyrė naujus apskričių viršininkus, burmistrus, teisėjus, atkūrė savivaldybes, suorganizavo policiją. Liepos 2 d. vyriausybė panaikino sovietų valdžios įvestus RSFSR įstatymus ir atstatė Lietuvos Respublikoje veikusią baudžiamąją, civilinę bei darbo teisę. Ji taip pat panaikino sovietinius ir grą|ino ligi 1940 m. birželio 15 d. galiojusius gyventojų mokesčius. Vyriausybės potvarkiu nuo birželio 26 d. Lietuva grįžo prie Vidurio Europos laiko.
Svarbus Laikinosios vyriausybės veiklos baras buvo privačios nuosavybės atkūrimas. Liepos 17 d. vyriausybės priimtas Žemės denacionalizacijos įstatymas skelbė, jog asmenims, kurių žemė bolševikų' okupacinės valdžios buvo nacionalizuota, grąžinama 60 ha jų turėtos žemės, o bežemiai ir mažažemiai bus aprūpinti žeme iš Valstybinio Jondo, kurį sudarys grąžinamos žemės normą viršijanti bei kita žemė 17. Taip pat buvo priimti namų, pramonės, prekybos bei kitų įmonių grąžinimo jų buvusiems savininkams įstatymai. Turto denacionalizavimo aktai nebuvo taikomi žydams ir asmenims, „aktyviai veikusiems .prieš lietuvių tautos interesus".
Laikinąją vyriausybę rėmė visi Lietuvos žmonės. Pasak Z. Ivinskio, „entuziazmas ėjo per kraštus <...>. Sveikinimai Vyriausybei plaukė dešimtimis iš įvairiausių vietų.11 Vokiečiai draudė naudotis telegrafu bei telefonu, tačiau „sveikinimai (į Kauną) būdavo pristatomi savomis priemonėmis — motociklais, dviračiais, arkliais ir pėsčiomis" !B.
Vokietijos planuose nebuvo vietos Baltijos valstybėms, todėl Lietuvos vyriausybė vokiečiams buvo labai nepageidautina, juo labiau kad nei latviai, nei estai savo vyriausybių neturėjo. Berlyno radijas ir spauda nė žodžiu neužsiminė apie antisovietinį lietuvių sukilimą. Tai nežadėjo nieko gero nei Lietuvai, nei jos Laikinajai vyriausybei. Jau birželio 24 d. vokiečių sausumos kariuomenės vaclas feldmaršalas V. Brauchičas (Brauchitschas) instruktavo per Lietuvą žygiavusių Siaurės armijų grupės vadovybę: „Škirpos vyriausybė įkurta be vokiečių valdžios įstaigų paramos, todėl bet koks jos palaikymas draudžiamas". O birželio 26 d. Brauchičas nurodo, kad naujoji lietuvių vyriausybė nepripažįstama ir jos kariniai daliniai turi būti geruoju nuginkluoti 19. Gestapas net siūlė tuoj pat suimti vyriausybės narius. Tačiau kariuomenės vadovybė nesutiko: labai negražiai būtų atrodęs smurtas prieš vyriausybę, kurią iškėlė antibolševikinis sukilimas, iš esmės palengvinęs ir vokiečių armijos žygį per Lietuvą. Buvo nutarta Laikinąją vyriausybę sužlugdyti netiesioginėmis priemonėmis.