Vienintelė legali ideologinė, o iš dalies ir politinė opozicija sovietų valdžiai, turėjusi didelį autoritetą tautoje, buvo Katalikų bažnyčia. Todėl valdžia Bažnyčiai skyrė ypatingą dėmesį, siekė paversti ją tokia pačia marionete, kokia buvo Rusijos stačiatikių cerkvė. 1947 m. gruodžio 12 d. LKP CK nutarime „Apie kovos su buržuaziniu-nacionalistiniu pogrindžiu ir jo ginkluotomis gaujomis sustiprinimą" išvardyti trys „lietuvių tautos priešai": buožės, buržuaziniai nacionalistai ir „reakcingoji" katalikų dvasininkija ,24. O Lietuvos MGB vadovas gen. Jefimovas 1946 m. rudenį ministerijos partinės organizacijos susirinkime kalbėjo: „Svarbiausia — ne bandos. Jų karinė galia nedidelė <...>. Pirmasis musų priešas yra katalikų dvasininkija, patyręs („gerai pakaustytas"), darąs įtaką gyventojams priešas <...>“ 125.
Oficialiai Bažnyčios ir dvasininkijos veiklą prižiūrėjo prie Ministrų Tarybos veikusi Religinių kultų reikalų taryba (RKRT), kuriai pirmaisiais pokario metais vadovavo buvęs čekistas A. Gailevičius, o nuo 1948 iki 1957 m.— labai dogmatiškas bolševikas veteranas B. Pušinis. Tačiau svarbiausius Bažnyčios reikalus sprendė LKP CK, MGB ir Maskva.
1944 m. pabaigoje buvo dar kartą uždraustas tikybos dėstymas mokyklose. 1945 m. rudenį buvo uždaryta Vilniaus, o 1946 m. pavasarį — ir Telšių dvasinė seminarija (Vilkaviškio seminarija neveikė jau nuo karo pradžios). Respublikoje teliko viena — Kauno kunigų seminarija, į kurią kasmet buvo priimama vis mažiau klierikų (1946 m. mokėsi 350, 1953 m.— 75 klierikai). Respublikos vadovai norėjo uždaryti ir ją, paskutinąją Lietuvos seminariją, tačiau nesutiko Maskva 1Z6. Siekdama sustiprinti savo kontrolę Bažnyčiai, valdžia 1946 m. pradžioje įvedė visų religinių bendruomenių registraciją. Buvo reikalaujama, kad tikinčiųjų išrinkti parapinių bažnyčių komitetai tvirtintų pareigose savo kunigą, kuris po to užsiregistruotų vykdomajame komitete. Kadangi tai buvo akivaizdus kišimasis į Bažnyčios bei tikinčiųjų vidaus gyvenimo tvarką, kurią galėjo keisti tik Vatikanas, tai 1946 m. įvykusi Lietuvos vyskupų konferencija šį valdžios reikalavimą atmetė.
Jau nuo 1944 m. rudens NKVD ir NKGB pradėjo suiminėti kunigus, pirmiausia tuos, kurie rėmė partizanus ar dalyvavo patriotinėje veikloje. 1946 m. įkalinus Vilniaus vyskupą M. Reinį (1953 m. mirusį Vladimiro kalėjime), ištrėmus Kaišiadorių vyskupą T. Matulionį, sušaudžius Vilniuje Telšių vyskupą V. Bo-risevičių o netrukus, 1947 m., ištrėmus ir jo įpėdinį vyskupą P. Ramanauską, Lietuvoje teliko vienas — Panevėžio vyskupas K. Paltarokas (Kauno arkivyskupas J. Skvireckas bei vyskupas
V. Brizgys ir Vilkaviškio vyskupas V. Podolskis 1944 m. vasarą išvyko į Vakarus).
Tačiau tai buvo tik pradžia. Didysis Lietuvos Katalikų bažnyčios puolimas prasidėjo 1948 m. Liepos 8 d. nutarimu Ministrų Taryba nacionalizavo visų tikybų maldos namus bei kitus bažnytinius pastatus ir kulto reikmenis. Nacionalizuotomis bažnyčiomis buvo leidžiama naudotis tik toms religinėms bendruomenėms, kurių komitetai ir kunigai buvo užsiregistravę vykdomuosiuose komitetuose. Kitą dieną po šio nutarimo LKP Centro Komitetas priėmė sprendimą „Dėl partinių organizacijų uždavi-riių demaskuojant priešišką reakcinės katalikų dvasininkijos veiklą", įpareigojusį partijos komitetus imtis aktyvių priemonių prieš dvasininkiją l27. Per kelis metus buvo uždaryta apie 130 bažnyčių, neskaitant koplyčių128. 1949 m. spalio 6 d. Ministrų Taryba priėmė nutarimą uždaryti Vilniaus arkikatedrą. Tęsėsi kunigų areštai. Iš viso 1944—1953 m. buvo suimta ir įkalinta apie 360 kunigų. 1948—1949 m. buvo uždaryti ir paskutiniai katalikų vienuolynai.
Prieš karą visoje Lietuvoje veikė 834 bažnyčios, o 1953 m.— tik 672. Sumažėjo ir kunigų: 1940 m. jų dirbo 1,6 tūkst., 1945 m.— 1,2 tūkst., o 1953 m.— tik 823 129. Labiausiai nukentėjo Vilniaus katalikai. Iš 1939 m. mieste veikusių 34 bažnyčių bei 14 koplyčių, kurias aptarnavo 106 dvasininkai, 1950 m. liko 11 bažnyčių su 12 kunigų130.
Buvo uždarinėjami ir kitų tikybų maldos namai. RKRT žiniomis, 1949 m. pradžioje Lietuvoje veikė 60 stačiatikių, 74 sentikių cerkvės, 35 evangelikų liuteronų maldos namai, 11 evangelikų reformatų bažnyčių, tik 2 žydų sinagogos, 5 mečetės, 2 karaimų kinesės, 6 adventistų, 1 metodistų maldos namai ir 1 marijavitų bažnyčia 131.
Kaip 1950 m. buvo naudojamos uždarytos Vilniaus bažnyčios, rodo šie duomenys: 132 Arkikatedra — tuščia,
Sv. Mykolo — muziejus,
Sv. Jono — popieriaus sandėlis.
Misionierių — sporto salė,
Sv. Kazimiero — grūdų sandėlis,
Visų šventųjų — grūdų sandėlis,
Pranciškonų — MVD archyvas,
Sv. Kotrynos — grūdų sandėlis,
Sv. Jurgio —knygų sandėlis,
Sv. Ignoto — popieriaus sandėlis,
Sv. Trejybės — sporto salė,
Sv. Juozapo — tuščia,
Bernardinų — muziejus,
Vizičių — cukraus sandėlis,
Sv. Baltramiejaus — dailininkų dirbtuvės,
Sv. Andriejaus — garažai ir sandėlis,
Sv. Kryžiaus — muziejus,
Trinapolio — tuščia.
į Sv. Teresės bažnyčią ir Aušros Vartus einantys tikintieji matydavo, kaip iš visa Didžiąja gatve nusitęsusios raudonosios gurguolės vežimų iškraunami grūdai į sandėliu paverstą Sv. Kazimiero bažnyčią. Neužbaigta statyti Prisikėlimo bažnyčia Kaune buvo perduota radijo fabrikui, o buvusioje Kauno sinagogoje jrengta kino bei šokių salė.
Per visą pokarį nebuvo išleista nė viena religinio turinio knyga. 1948 nf. Panevėžio vyskupijos kurijai paprašius leidimo išspausdinti „Gavėnios giesmes11, buvo atsakyta, kad jos pilnos antisemitizmo, o Stalino konstitucija draudžianti tautų pjudymą. Spausdinti katekizmą nebuvo leista todėl, kad jis neugdąs sovietinio patriotizmo l33. •
1949 m. pradėta varžyti didžiuosius atlaidus. Žemaičių Kalvarijose anksčiau jie vykdavo nuo liepos 1 iki 15 d., o 1949 m. leista maldininkams rinktis tik 2 dienas. Tas pats buvo ir Vilniaus Kalvarijose bei Šiluvoje. Į atlaidus neleisdavo svetimų parapijų kunigų. Todėl iš 30 tūkst. maldininkų, 1949 m. liepos 3 d. susirinkusių j Žemaičių Kalvarijas, dauguma grižo namo neatlikę išpažinties, nes vietiniai kunigai neįstengė visų aptarnauti. Garsioji Plungės Lurdo Sv. Marijos statula 1948 m. buvo perkelta iš groto į parapinę bažnyčią, o šaltinis užrakintas.
1949 m. be Vatikano sutikimo ir prieš Lietuvos dvasininkijos valią buvo pakeistas Bažnyčios administravimas. Vyskupas K. Paltarokas buvo perkeltas į Vilnių ir įpareigotas valdyti Vilniaus, Panevėžio ir Kaišiadorių vyskupijas. Kitų 3-jų vyskupijų— Kauno, Vilkaviškio ir Telšių valdytoju valdžia paskyrė kan. J. Stankevičių.
Valdžia bandė sugriauti Lietuvos Katalikų bažnyčią ir iš vidaus. 1947 m. balandžio 14 d. bei kiti LKP CK nutarimai įpareigojo partines organizacijas, taip pat MGB organus lojalius sovietų valdžiai kunigus priešinti kunigams „reakcionieriams" 134. Gen. Jefimovas reikalavo, kad saugumiečiai „izoliuotų" aktyviuosius kunigus, o kitus patrauktų sovietų valdžios pusėn 135. Pirmasis uždavinys buvo įvykdytas, tačiau antrasis iš esmės žlugo. B. Pusiniui nepavyko sukurti nei „Nacionalinės Katalikų bažnyčios", nei suorganizuoti „Pažangiųjų Katalikų kunigų komiteto". Tiesa, 1949 m. vykdomieji komitetai ir MGB skyriai grasinimais bei šantažu išgavo 100 kunigų parašus po dokumentu, smerkiančiu popiežiaus Pijaus XII „karo kurstymo politiką". Tačiau kolaborantų tarp dvasininkijos teatsirado vienas kitas. Lietuvos. Katalikų bažnyčia, nors ir patyrusi didžiulių nuostolių, padariusi kompromisų,136 atsilaikė.