Тут оказалось, что Антонин все эти годы занимался не только дрессировкой медведя: в 1902 г. вышла в свет его магистерская диссертация «Книга пророка Варуха. Репродукция». Санкт-Петербург, 1902 г. Эта работа, представленная и блестяще защищенная отцом Антонином в качестве магистерской диссертации на заседании Киевской Духовной Академии 18 декабря 1902 г., выходила далеко за пределы обычных диссертаций. Это труд, почти не имеющий себе равных в русской экзегетике. Как известно, книга пророка Варуха дошла до нас только в греческом переводе. Отец Антонин Грановский задался целью восстановить неизвестный нам еврейский пратекст. Для этого он воспользовался эфиопским, двумя сирскими, древнеармянским текстами. Проанализировав почти каждую фразу в этих текстах, произведя тщательный этимологический и синтаксический анализ, исследователь находит целый ряд гебраизмов: по-эфиопски, мол, так сказать нельзя, по-эфиопски — это звучало бы вот как, это явный перефраз с еврейского. Причем каждое такое замечание подтверждено многочисленными примерами из эфиопской, древнесирской и армянской литературы. В результате сличения текстов появляется древнееврейский текст в конце книги, где книга пророка Варуха приведена целиком на древнееврейском языке. Интересен отзыв знаменитого гебраиста Хвольсона: «Прямо не верится, что этот текст составлен русским иеромонахом в XX веке, а не иудеем, жившим 25 веков назад. Ни одной погрешности, стиль и колорит древнееврейского языка соблюдены блестяще».
28 февраля 1903 г. в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры была совершена хиротония архимандрита Антонина во епископа Нарвского, третьего викария Петербургской епархии. Хиротонию совершали митрополиты Антоний Петербургский, Владимир Московский, а также епископы Владикавказский Владимир, Таврический Николай, Саратовский Иоанн, Тамбовский (будущий Экзарх Грузии) Иннокентий и епископ Ямбургский (будущий Святейший Патриарх Московский и всея Руси) Сергий.
Еще будучи архимандритом, преосвященный Антонин принимал активное участие (наряду с епископом Сергием) в работе Религиозно-философского Общества. Он уже тогда имел репутацию отчаянного либерала. В качестве цензора пропускал самую крамольную литературу, поддерживал связь с либеральной интеллигенцией.
В 1905 г. епископ Антонин служил в Казанском соборе панихиду по жертвам 9-го января; летом 1905 г. опубликовал статью, в которой говорится о дьявольском происхождении самодержавия. А после манифеста 19 октября перестал поминать Николая II самодержавнейшим. В результате с 1906 г. епископ увольняется на покой и проживает со своим медведем в Троице-Сергиевой пустыни под Петербургом. Причем по общему мнению епископ легко отделался благодаря заступничеству митрополита Антония. Что касается обер-прокурора Саблера, то он только разводил руками и острил: «Из пророка Варуха вышла заваруха».
В 1912 г. епископ Антонин на короткое время появился на Владикавказской кафедре; однако через три года и отсюда уволился на покой в Московский Богоявленский монастырь, здесь его и застала революция. Проживая в Богоявленском монастыре (это в Китай-городе), напротив того места, где сейчас станция метро «Площадь Революции», он служил в Заиконоспасском монастыре (через дорогу) — против ГУМа (известного в Москве универсального магазина).
Здесь он начал свою глубокую литургическую реформу. В 1922 г., после церковного переворота, стал во главе Высшего Церковного Управления в сане митрополита Московского. Однако летом 1923 года откололся от обновленцев, сложил с себя звание митрополита и в звании епископа возглавлял основанный им Союз Церковного Возрождения до самой своей смерти от рака мочевого пузыря 14 января 1927 года.
Бывают люди, которые настолько опережают свое время, что так и сходят в могилу, никем не понятые, никем не оцененные. Д. С. Мережковский сказал от имени таких людей:
К таким людям принадлежал и епископ Антонин Грановский. В чем своеобразие этого необычного, несчастного, одаренного человека?
Прежде всего, он с негодованием отверг обновленческую грязь и клеймил позором таких людей, как Красницкий, жестоко бичевал «Сашку Введенского» (как он его не очень почтительно называл) за трусость, за приспособленчество, за личную разгульную жизнь. Обновление церкви надо делать чистыми руками. «Себя прежде обновить надо», — бросил он однажды прямо в лицо Введенскому.