Флибустьеры молились, когда садились за стол, и перед сражением Большое значение придавали святому провидению, а также разного рода предсказаниям и суевериям Известно, что на корабле капитана Чарлза Свана плавал астролог, который предупреждал его о грядущих опасностях. Другой пример: когда корабельный хирург Лайонел Уофер взял на борт судна мумию индейского мальчика, чтобы привезти ее в Англию для исследований, пираты решили, что «компас не может правильно показывать, пока на борту находится труп, и по этой причине выбросили его за борт».
Своеобразно строились отношения флибустьеров с коренными жителями Американского континента. Наиболее дружелюбно к пиратам были настроены индейцы, обитавшие в районе мыса Грасьяс-а-Дьос и на Москитовом берегу в Никарагуа, а также ряд племен Коста-Рики, Дарьена и Новой Гранады. Ненавидя испанцев, туземцы тех мест охотно торговали с заезжими разбойниками, приобретая у них старые ножи, топоры и разного рода инструменты. Некоторые флибустьеры (например, голландец Виллем Блауфелт) подолгу жили среди индейцев, тогда как последние часто уходили с разбойниками в море. Основной их обязанностью была ловля рыбы, черепах и морских коров — ламантинов. Считалось, что один опытный индеец способен обеспечить едой целую команду.
Уильям Дампир, рассказывая о дружбе флибустьеров с индейцами Москитового берега, отмечал; «У них чрезвычайно зоркие глаза, и они замечают парус в море раньше, чем мы. Из-за этих качеств их ценят и стараются взять с собой все приватиры… Когда они находятся среди приватиров, то узнают, как пользоваться ружьями, и оказываются очень меткими стрелками. Они ведут себя дерзко в сражении и никогда не отступают и не отстают…».
Обосновавшись на Антилах вблизи английских, французских и голландских колоний, а подчас проживая и в самих этих колониях, пираты старались обеспечить себе надежный тыл, то есть заручиться поддержкой официальных властей, чтобы иметь возможность открыто доставлять в дружественные гавани захваченную добычу, свободно сбывать ее, а также отдыхать, развлекаться, снаряжать свои суда, приобретать провизию, оружие и боеприпасы. Так как Англия и Франция часто воевали с Испанией, английские и французские губернаторы выдавали флибустьерам каперские и репрессальные лицензии. За это пираты отдавали властям часть награбленного, а также поставляли им разведывательную информацию о состоянии тех или иных колоний в Карибском регионе и о движении неприятельских флотов.
Получив на руки каперские свидетельства, флибустьеры нередко придавали им самое широкое значение, игнорируя заключавшиеся в Европе мирные договоры. Когда губернатор Сен-Доменга Тарэн де Кюсси в 1685 году отменил каперские поручения против испанцев, возмущенные флибустьеры заявили: «Если губернатор не даст нам корсарские грамоты против испанцев, мы обойдемся теми, что получили для охоты и рыбной ловли».
Корабли флибустьеров не имели определенного флага. Утверждение польского публициста Яцека Маховского, что они поднимали черный стяг с изображением скелета, далеко от истины. Флибустьеры, которые приобретали у властей каперские грамоты, как правило, поднимали на мачте флаг той страны, от имени которой они выступали. Когда люди Генри Моргана двинулись на штурм Панамы (1671), над ними реяли красные и зеленые флаги (в ту эпоху подобные флаги ассоциировались с мятежом и использовались откровенными пиратами). Капитан Эдвард Дэвис держал на мачте белый флаг, на котором были изображены рука и сабля. Капитан Бартоломью Шарп имел красный стяг с белыми и зелеными полосами, а в отряде Питера Харриса, состоявшем из экипажей двух кораблей, было два зеленых флага. Капитан Ричард Сокинс имел красный флаг с желтыми полосами, капитан Эдмунд Кук — красный флаг с желтыми полосами и изображением руки и сабли.
Чтобы не вспугнуть потенциальную жертву или обмануть противника, флибустьеры могли поднять на мачте фальшивый флаг (например, при встрече с испанцами поднимали испанский флаг или флаг дружественной им державы). Если противник не желал сдаваться, флибустьеры поднимали на мачте красный флаг. Это означало, что команда готова к кровопролитию и в случае победы никому не даст пощады. Точно так же поступали «классические» пираты первой четверти XVIII века.