Сперва повстанцы приняли Чжу Юаньчжана за вражеского лазутчика и намеревались с ним расправиться. Но один из предводителей — Го Цзысин заинтересовался пришельцем, поверил ему и определил в свой отряд. Чжу Юаньчжан оказался способным солдатом и хорошо зарекомендовал себя во время вылазок. Го Цзысин перевел его в свою личную охрану и назначил десятником. Грамотного Чжу Юаньчжана постепенно стали привлекать к различным административным делам. Он и тут проявил таланты. Го Цзысин все чаще и чаще советовался с ним. Расположение начальства было столь велико, что вскоре Го Цзысин отдал ему в жены свою воспитанницу — дочь погибшего товарища по фамилии Ма. После этого Чжу Юаньчжан, к которому обращались теперь «молодой господин», стал ближайшим помощником командующего.
Чжу Юаньчжан не раз водил солдат в походы на соседние городки, занимался вербовкой рекрутов. К середине 1353 года под его командой состояло уже около 20 тысяч человек. Летом того же года он взял город Чучжоу (около 100 километров к юго-востоку от Хаочжоу) и сделал его своей резиденцией. В начале 1355 года повстанцы Го Цзысина овладели Хэчжоу (ныне Хэсян, примерно в 60 километрах к юго-западу от Нанкина), и Чжу Юаньчжан был назначен туда главою. Спустя два месяца умер Го Цзысин. На какое-то время управление войсками перешло к его сыну и еще одному полководцу, делившим власть с Чжу Юаньчжаном. Но осенью того же года оба они пали в бою, и все «наследие» оказалось в руках последнего.
Вскоре войска Чжу Юаньчжана переправились через Янцзы и захватили крупный город Тайпин (в 20 километрах южнее Хэчжоу). Признавая на словах верховенство вождей «красных войск», он действовал совершенно самостоятельно. В апреле 1356 года, предварительно разбив правительственный флот на реке Янцзы, его армия взяла один из самых больших городов Юго-Восточного Китая — Цзицин (ныне Нанкин). Победитель переименовал его в Интянь и перенес туда свою ставку.
Этот город становится центром подчиненных Чжу Юань-чжану территорий, где постепенно формируется работающий на нового господина административный аппарат. Он состоял из перешедших на службу к новым властям чиновников и ученых-конфуцианцев, которые использовали традиционные, понятные и привычные народу методы управления, но без явных злоупотреблений только на первых порах. Еще раньше, в 1353–1355 годах, при Чжу Юаньчжане появляются не только военные, но и опытные гражданские советники, такие, как Ли Шаньчан, Тао Ань, Фэн Гоюн и многие другие.
Характерно в этом отношении обращение к жителям Нанкина, приписываемое его покорителю: «Я привел сюда войска, чтобы избавить вас от смуты. Все могут спокойно заниматься своим делом, не надо сомневаться и бояться. Благородных и образованных людей, которые захотят помочь мне в великом деле, я буду использовать по обычаю. Чиновникам запрещается чинить произвол и притеснять народ». С повстанческой вольницей было покончено, в голове бывшего крестьянина и монаха зрели мысли о «великом деле».
В первую очередь порядок наводился в организации войск, их снабжении и в основе основ традиционного Китая — регулировании земледелия и налогов. Для этой цели еще в 1356 году было учреждено Управление полями (Интяньсы).
Укреплению власти Чжу Юаньчжана и его сподвижников в районе Нанкина способствовало то, что с севера их прикрывали «красные войска», с востока и запада — другие очаги сопротивления правительственным силам. Нанкинский лидер непрестанно преумножал подчиненные ему территории, а его интересы постепенно приходили в противоречие с планами других повстанческих вождей. И они, и Чжу Юаньчжан видели друг в друге конкурентов в борьбе за расширение своей власти и влияния.
В результате ожесточенных боев с соперниками, которые велись в 1360–1367 годах, Чжу Юаньчжан утвердил свое верховенство во всем Центрально-Южном Китае.
К этому времени «красные войска» на севере были ослаблены и рассеяны. Лю Футун погиб. Хань Линьэр — глава провозглашенного «красными войсками» государства Сун — намеревался встретиться с Чжу Юаньчжаном, но по тайному приказанию последнего был утоплен во время переправы через реку. Юаньский двор, в свою очередь, был изнурен длительной борьбой с повстанцами, а также внутренними распрями.