Осенью 1948 года Сталин понял огромные масштабы сионистского подполья в СССР, угрожающего самим основам государства. В условиях «холодной войны», которую западный мир вел против России, еврейские националистические организации, ненавидевшие русских и симпатизировавшие Америке, действительно представляли собой «пятую колонну» Запада, готовую ударить в спину русского народа. По указанию Сталина МГБ начинает операцию по ликвидации сионистского подполья в СССР. Зимой 1948/49 года производятся аресты многих еврейских националистов, действовавших, как правило, под крышей разных гуманитарных организаций. 13 января 1949 года Г.М. Маленков вызвал к себе С.А. Лозовского и потребовал объяснения по поводу письма Сталину, направленного руководством ЕАК, о создании в Крыму еврейской республики. Осенью того же года Лозовского арестовали. За 1948–1952 годы по делу Еврейского антифашистского комитета было арестовано свыше 100 человек, 10 из них приговорены к расстрелу, 20 — к 25 годам исправительно-трудовых лагерей. В тюрьме оказались руководители подпольной синагоги в Сталинске, сионистской организации московского автомобильного завода и других подпольных заведений. Специальным закрытым постановлением ликвидировались ставшие очагами сионистской идеологии еврейские театры в Москве, Киеве, Минске и Черновцах. Некоторое число активистов еврейского националистического движения уволили с работы.
Однако по сравнению с действительным числом участников сионистского движения масштабы репрессий были незначительны — сказывалось то, что большинство еврейских националистов имело высокопоставленных покровителей в правительстве и госаппарате. В высших эшелонах власти никто, кроме жены Молотова — П. Жемчужиной — не пострадал, да и она отделалась только ссылкой.
Что касается ЕАК, то его председателю Михоэлсу, неформальному лидеру советского еврейства, пришлось распрощаться с иллюзиями о возможности повлиять на кремлевскую национальную политику посредством родственников Сталина (имелся в виду в первую очередь зять Сталина Григорий Морозов). Тем не менее, Михоэлс продолжал собирать личные сведения о вожде. Михоэлс, по данным МГБ, «проявлял повышенный интерес к личной жизни главы советского правительства», а руководство ЕАК «по заданию американской разведки добывало сведения о жизни И. Сталина и его семьи».
Вскоре состоялся суд на лидерами ЕАК. Подсудимые обвинялись в связях с еврейскими националистическими организациями Америки в отправках в эти организации информации об экономике СССР; в том, что поставили вопрос о заселении Крыма евреями и создании там еврейской республики. 13 подсудимым был вынесен смертный приговор.
В связи с тем, что в исторической литературе до сих пор муссируется версия о невиновности членов ЕАК и о вполне мирных намерениях этих и прочих сионистов, напомним следующие факты.
1951 год. Иерусалим. 23 конгресс ВСО. Сионисты всего мира, выражая живейшее удовлетворение, празднуют свою победу, стоящую над всеми остальными мировыми победами. Базельская программа первого конгресса ВСО, выраженная ранее в сионских протоколах, считается в основном выполненной. Остались вопросы объявления об этом миру, т. е. постановка перед свершившимся фактом, благо главы государств и их правительства об этом не имеют и не должны иметь ни малейшего представления. С учетом сложившейся ситуации в мире принимается новая программа. Ее основные пункты:
1. Израиль требует статуса ВСО как представителя еврейского народа
2. Утверждается мировая исключительность евреев и их единения вокруг «исторической родины» Erez Israel (земли обетованной).
3. Принят курс на объявление сверхнации — первой в мире сверхдержавы — Великого Израиля.
А в конце 70-х годов группе мусульман-ханофитов удалось проникнуть в штаб-квартиру ложи Бнай Брит, где было отснято около 3 км микрофильмов важнейших стратегических документов сионизма. Среди прочих там были следующие сведения, касающиеся СССР:
— продолжение тактики откалывания СССР по периферии в сочетании с тактикой «суживающейся мишени» внутри СССР;
— продолжение дестабилизации экономики СССР всеми путями: навязывание диспропорции, увод усилий в ненужном направлении, создание ненужных научных и хозяйственных разработок, создание экономической неразберихи и хаоса в стране;
— продолжение захвата лучших позиций в государстве, создание ореола еврейской значимости на захваченных позициях;
— продолжение перекачки прибавочного продукта СССР в Израиль и центры сионизма любыми возможными путями;
— продолжение психообработки масс;