Однако далеко не все уничтоженные во время нацистской оккупации евреи были жертвам нацистов. Свой вклад в «окончательное решение еврейского вопроса» внесли националисты из недавно присоединенных к Советскому Союзу республик Прибалтики и Западной Украины. Организованные ими еврейские погромы начинались сразу после ухода советских войск. Евреев забивали насмерть, расстреливали, сжигали в домах и синагогах, за бежавшими из городов охотились боевики из антисоветских националистических формирований.
Уничтожение местными националистами евреев, разумеется, приветствовалось руководством айнзацгрупп, которое получало возможность выдавать свои преступления за «стихийные акции самоочищения». По иронии судьбы, в наше время происходит обратный процесс: преступления прибалтийских и украинских националистов то и дело пытаются списать на нацистские айнзацгруппы.
Особенно активно это пытаются сделать на Украине, где национальными героями официально объявлены члены Организации украинских националистов (ОУН) и Украинской повстанческой армии (УПА).
Созданная в 1929 г. в Вене, ОУН ставила своей задачей создание Украинской соборной самостийной державы, в состав которой должны были войти все территории, населенные украинцами. В рамках этой задачи естественными врагами этой нелегальной организации становились Польша и Советский Союз; а, как известно, враг моего врага — мой друг. С начала 1930-х гг. ОУН сотрудничала с разведкой сначала Веймарской Германии, а затем Третьего Рейха. Члены ОУН активно использовались германской военной разведкой (абвером) для осуществления разведывательной и диверсионной деятельности против Польши и Советского Союза.
В феврале 1940 г. ОУН раскололась на две фракции — официального главы («проводника») организации Андрея Мельника и молодого лидера Степана Бандеры. Этот раскол был окончательно оформлен в апреле 1941 г., когда фракция С. Бандеры заявила о непризнании решений созванного А. Мельником 2-го Великого съезда ОУН в Риме и провела собственный съезд в Кракове. Несмотря на непреодолимые противоречия между фракциями, обе они продолжали активно сотрудничать с нацистскими спецслужбами.
Перед нападением Германии на Советский Союз украинскими националистами под руководством офицеров абвера были созданы два диверсионных батальона, получившие название «Нахтигаль» и «Роланд». Общая численность этих подразделений составляла около 700 человек, а их командирами с украинской стороны стали соответственно сотник Роман Шухевич и майор Евгений Побигущий. ОУН(Б) также вела подготовку приуроченных к наступлению вермахта выступлений в тылу советских войск. Кроме того, с согласия немецкого военного руководства создавались «походные группы ОУН», которые должны были следовать за передовыми частями вермахта, ведя политическую пропаганду и организуя вооруженную «украинскую милицию».
Планы ОУН были воплощены в жизнь сразу же после вторжения немецких войск на советскую землю. Группы украинских националистов нападали на советские учреждения, обстреливали части Красной Армии. 30 июня вместе с передовыми частями вермахта в оставленный советскими войсками Львов вошел батальон «Нахтигаль» под командованием Р. Шухевича. В тот же день прибывшая в город «походная группа» одного из лидеров ОУН(Б) Я. Стецко провозгласила создание Украинского государства. В ответ из Берлина пришел приказ руководителей ОУН(Б) за самоуправство. Украинские националисты убедились, что нацисты не рассматривают их как союзников и не собираются передавать им власть над «освобожденной Украиной». Несмотря на это, руководство ОУН(Б) надеялось на продолжение сотрудничества с оккупантами. Однако в Берлине предложение о сотрудничестве отвергли; немецкие власти развернули репрессии против ОУН(Б).
К концу 1942 г. украинское население уже в полной мере ощутило на себе тяжесть нацистской оккупации. Голод, вызванный конфискацией продовольствия; тяжелые принудительные работы; постоянные расстрелы — все это настраивало украинцев против немецкого господства. На оккупированной территории возникали партизанские отряды, боровшиеся с оккупантами. Современные украинские историки признают, что формирование партизанских отрядов было инициативой «снизу». В то время как руководство ОУН(М) и ОУН(Б) в той или иной степени склонялось к сотрудничеству с немцами, представители низовых структур добивались разрешения с оружием в руках сопротивляться грабившим и истреблявшим украинское население оккупантам.