Вопросами экономики занимались еще III отделение и МВД Российской империи, но создание отдельной структуры произошло при большевиках, организовавших отдел по борьбе со спекуляцией ВЧК, далее существовавший в виде Экономического управления, а в наше время — Департамента экономической безопасности ФСБ. Аналогичные органы на транспорте также существуют еще с жандармских времен. Охрана первых лиц государства, которой при царизме спецслужбы занимались вместе с военными структурами, окончательно перешла в ведение органов госбезопасности в 1935 году и после реорганизации КГБ в 1991 году осуществляется выделенной в самостоятельное ведомство Федеральной службой охраны РФ.
Органы пограничной стражи, существовавшие до революции в виде самостоятельной структуры и претерпевшие за 100 лет многочисленные преобразования, с 1991 года стали отдельным ведомством — Федеральной пограничной службой РФ, а с 2003 года снова входят в состав Федеральной службы безопасности РФ. Таким образом, рассматривая историю отдельных подразделений системы органов государственной безопасности в России, можно проследить в отдельных случаях преемственность их функций в течение всей истории нашего государства.
Среди функций спецслужб в России так же, как и в других странах, было проведение операций, направленных против врагов существующего строя как на своей территории, так и за границей, и против режимов недружественных государств во время конфликтов между ними и Россией/СССР. Такие действия предпринимались и до 1917 года — например, акции Заграничной агентуры Департамента полиции и ее руководителя П.И. Рачковского против эмигрантов-народовольцев (нападение на типографию в Женеве и ДР).
Наибольший размах эти операции приобрели сразу же после окончания Гражданской войны 1918–1921 годов, когда за рубежами России оказалось около 2 миллионов эмигрантов, среди которых были тысячи реваншистов, непримиримых врагов нового народного строя, имевших боевой опыт и мечтавших о возврате утраченных привилегий. Тому свидетельством деятельность белоэмигрантских организаций, в первую очередь Российского общевоинского союза (РОВС), развернувшего активную работу в Европе и Азии и засылавшего не только группы вооруженных боевиков, но и целые отряды на советскую территорию.
Следствием этой борьбы с агрессивной частью белой эмиграции стали ликвидации (похищение или убийство) чекистами некоторых ее наиболее оголтелых и опасных для Советской власти лидеров. Так, в 1921 году в Китае был убит генерал А.И. Дутов, в 1922 там же убит полковник П.И. Сидоров, из Китая же в 1926 году был вывезен атаман Б.В. Анненков, а в Париже были похищены председатели РОВС — генералы А.П. Кутепов (в 1930 году, за подготовку массового восстания) и Е.К. Миллер (в 1937 году, за связи с немцами).
По мере того как активность белой эмиграции снижалась (хотя совсем она не прекратилась), сотрудникам органов ОГПУ-НКВД пришлось заняться и представлявшими опасность «секретоносителями» — в частности, бывшими чекистами и военными разведчиками, и политическими оппозиционерами (особенно троцкистами), и многочисленными перебежчиками из СССР. Так погибли бывшие сотрудники ИНО ОГПУ—НКВД Игнатий Рейсс (Порецкий), Григорий Агабеков, многие троцкисты и другие раскольники-провокаторы в Испании во время гражданской войны,1936–1939 гг. (в том числе Андрес Нин), и сам бывший главный политический противник Сталина Лев Троцкий. Его убийство диктовалось реальной опасностью использования неугомонного и беспринципного «демона» враждебными странами в качестве марионетки и необходимостью сохранить в условиях войны единство комдвижения.
Международное положение Советского Союза, оказавшегося в недружественном окружении, было чревато конфликтами, дипломатическими и вооруженными. Советским органам госбезопасности пришлось действовать, применяя «острые методы» (например, засылка диверсионных групп на иностранную территорию) против басмачей, совершавших вооруженные рейды в советские республики Средней Азии с территории сопредельных государств; в период перманентного конфликта с Японией, начавшегося сразу же после Октября; в Китае, где начиная с 1920-х годов шла гражданская война, осложненная японским вмешательством и вплотную затрагивавшая интересы СССР; в Испании, где в 1936–1939 гг. Москве и ее испанским союзникам противостояли нацистская Германия и фашистская Италия.