Однако в 1946 году у Григория Майрановского начались неприятности. Новый министр госбезопасности Виктор Семенович Абакумов потребовал прекратить все эксперименты с участием лиц, не имеющих решений особых совещаний или обвинительных приговоров об осуждении к смертной казни, учитывая, что в это время в СССР в очередной раз была отменена смертная казнь, это означало фактическое приостановление деятельности лаборатории. Если внимательно вдуматься в предыдущую фразу, то почему-то возникает очень нехорошее предположение. А может, в качестве подопытных использовали не только осужденных к высшей мере наказания? Ведь зачем тогда Павел Судоплатов позднее так активно открещивался от своего участия в работе спецлаборатории? Точного ответа на этот вопрос мы не узнаем никогда. А 13 декабря 1946 года приказом министра Григорий Майрановский был отстранен от руководства спецлабораторией и переведен старшим инженером лаборатории № 1 Отдела опертехники МГБ. Григорий Майрановский, таким образом, оказался не у дел, но продолжал оставаться на свободе.
Но вот поразительный факт. Еще при расформировании лаборатории выяснилась сильная недостача сильнодействующих ядовитых препаратов. Однако после того, как начались аресты чекистов-евреев, оказалось, что все эти яды хранятся у них на квартирах. Вот что показал надопросе 9 января 1952 г. курировавший лабораторию генерал Фома Фомич Железнов:
«Только после ареста Свердлова (речь идет об Андрее Свердлове — сыне Якова Свердлова. — Прим. авт.), Эйтингона и самого Майрановского многие яды были обнаружены и в значительной части компенсировали ту недостачу, которая числилась за Майрановским. Кроме того, у названных мною лиц были найдены совершенно новые вещества и яды, которые не были внесены в документы лаборатории».
Андрей Свердлов и Наум Эйтингон были арестованы практически в то же время, что и Григорий Майрановский. Наличие в этом списке Наума Эйтингона понятно. Он по должности имел отношение к лаборатории, кроме того, являлся известным специалистом по спецоперациям. Удивляет упоминание Андрея Свердлова, сына Якова Свердлова. Дело в том, что в тридцатые годы прошлого века, еще молодым человеком, Андрей Свердлов был арестован, причем среди прочего фигурировали обвинения в террористических замыслах. Однако в ход пошли широкие связи его матери, в результате его не только не осудили, но взяли на руководящую работу в НКВД. Ни по должности (он занимался в основном следственными делами по линии контрразведки), ни по каким другим признакам никакого отношения к ядам Свердлов-младший иметь не мог.
Летом 1951 года Григория Майрановского вызывали в следственную часть МГБ для допроса, а 13 декабря того же года арестовали. В качестве обвинений ему предъявили шпионаж в пользу Японии, хищение и незаконное хранение ядовитых веществ, злоупотребление служебным положением и незаконное умерщвление более 150 человек. Позднее хранение ядов превращается в подготовку к совершению террористических актов, а обвинение в шпионаже из дела исчезает.
Находясь в тюрьме, Григорий Майрановский отчаянно боролся за свою реабилитацию. Он написал несколько писем на имя министра государственной безопасности.
«Министру государственной безопасности СССР гражданину С.Д. Игнатьеву от арестованного Майрановского Г.М., бывшего сотрудника лаборатории отдела оперативной техники МГБ СССР.
В течение 1941–1943 гг. мною была разработана проблема по выявлению «откровенности» у подследственных лиц (заметим, о неудачно завершившихся изысканиях он предпочитает не упоминать. — Прим. авт.). Осуществление этой разработки было основано на теории физиологии И.П. Павлова о сущности процессов мышления, происходящих в центральной нервной системе (головного мозга), а именно — процессах возбуждения, торможения, которые в здоровом организме взаимно (диалектически) уравновешиваются.
Исходя из этого, мною был применен ряд препаратов, воздействующих то на тормозную деятельность, то на область возбуждения коры головного мозга, с подавлением и преобладанием то в одной, то в другой стороне процессов.