Итак, в начале 1990 года Путин опять в Ленинграде. Ректор Ленинградского Государственного Университета Станислав Меркурьев берет его на мало что значащую должность помощника проректора ЛГУ по международным вопросам. Через Меркурьева Путин возобновил отношения с Анатолием Собчаком, избранным в мае 1990 года председателем Ленсовета. Якобы, Меркурьев отрекомендовал Путина как исполнительного работника. Собчак, якобы, вспомнил своего студента и взял его. Существует, однако, правдоподобная версия, что Путин был приставлен к Собчаку КГБ для надзора. Есть также версия, что Собчак сам попросил приставить к нему Путина, так как знал его лично и больше доверял. По версии же газеты "Новый Петербург" (1998 г. 24 декабря) Собчак, якобы, в прошлом был осведомителем КГБ в Университете и в этом качестве будто бы даже находился в подчинении у Путина. Как бы там ни было, с мая 1990 года по май 1991 Путин реально исполнял обязанности помощника, референта, секретаря и доверенного лица председателя Ленсовета А. Собчака.
Хотя есть сведения, что демократическое окружение Собчака, якобы, было в шоке, узнав, кого Собчак приблизил к себе, в действительности Путин был незаметен и мало кому известен. 12 июня 1991 года, после выборов мэра, на которых Собчак победил, Путин был назначен председателем Комитета по внешним связям мэрии. Он занимал этот пост шесть лет. Вместе с ним в Комитете работали многие ныне известные стране лица. Алексей Кудрин был заместителем председателя Комитета по экономическому развитию, Дмитрий Медведев был экспертом Комитета. Алексей Миллер был членом Комитета. Рядом, председателем Комитета по управлению имуществом трудился Герман Греф, Дмитрий Козак был председателем Юридического Комитета, Виктор Иванов возглавлял Управление административных органов мэрии, Игорь Сечин был начальником аппарата председателя Комитета по внешним связям В. В. Путина. Анатолий Чубайс обретался рядом, был главным советником мэра по экономическим вопросам.
За исключением рано вырвавшегося вперед Чубайса вся эта компания птенцов гнезда собчакова была бы, наверное, никому не известна в России, если бы не счастливая планида В. В. Путина. Мало ли чиновников в России. И хотя сегодня сторонники Путина уверяют нас, что это был очень важный Комитет, мало верится, будто внешние связи петербургской мэрии были так уж важны для Российской Федерации. Это была обычная кормушка для чиновников. Особенно идиотски звучит должность Кудрина того периода: заместитель председателя Комитета внешних связей мэрии Санкт-Петербурга по экономическому развитию. Он что, экономически развивал внешние связи? То есть, например, выбивал как можно больше финансирования для проведения фуршетов на приемах для иностранных гостей мэрии? Но, как мы сейчас увидим, внешние связи трактовались мэрией Петербурга широко и были прибыльным делом.
В конце 1991 — начале 1992 года Путин выступил инициатором продовольственного снабжения Санкт-Петербурга из-за границы в обмен на экспорт. 4 декабря 1991 года он подписал письмо с таким предложением в Комитет по внешним экономическим связям (КВЭС) Министерства экономики. В связи с этим Путин просил предоставить петербургской мэрии квоту в размере 124 миллиона долларов на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных металлов, а также 14 тонн редкоземельных металлов), а возглавляемому им Комитету — "право на распределение квот и выдачу лицензий". 1 февраля 1992 года бывший тогда председателем КВЭС Петр Авен завизировал письмо Путина, а 25 марта 1992 года Минэкономики предоставило КВС Санкт-Петербурга право подписывать экспортные лицензии. Впрочем, Комитет Путина, не дожидаясь разрешения Минэкономики, уже оформил тринадцать лицензий. Подписывал эти важные документы чаще всего не сам В. В. Путин, а его заместитель Александр Аникин. Что именно подписывали? Несколько примеров: компания "Невский Дом" получила лицензию на вывоз нефтепродуктов, "Ленинградское общество "Красный Крест" (МП ЛОКК) — лицензию на вывоз алюминия и редких металлов. "Международный коммерческий центр" некоего Григория Мирошника получил «поручение» вывезти 150 тонн нефтепродуктов в обмен на мясо, картофель и сахар. АО «Фивекор» получила «поручение» экспортировать 50 тысяч кубометров леса в обмен на сухое молоко.
Деятельность Комитета, возглавляемого Путиным, уже тогда вызвала вопросы у депутатов Петросовета. Уже 10 января 1992 года по решению 13-й сессии Петросовета была создана депутатская рабочая группа по расследованию деятельности КВС. Группу возглавили депутат Марина Салье, председатель Комитета Петросовета по продовольствию, и депутат Юрий Гладков. Вот что установила рабочая группа:
Сырье, в том числе и редкоземельные металлы, продавались с разрешения КВС за границу «по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных». В частности, в договоре КВС с российско-германским СП «Джикол» (основной акционер, некто Питер Бахман, получил лицензию на вывоз 13 997 кг редких металлов) цена на 1 кг скандия установилась в 72,6 немецких марки, тогда как цена скандия на мировом рынке в две тысячи раз выше — 150 тысяч немецких марок. Цены на другие редкие металлы были занижены в 7, 10 или 20 раз. Путин, впрочем, осторожно этот договор не подписывал, он подписан одним из его заместителей.
В договорах КВС для фирм предусматривались комиссионные. В договоре от 3 января 1992 года с МП «ЛОКК», подписанном лично Путиным, комиссионные составляли 25 % (540 тысяч долларов). В договоре с «Интерлесбиржей», заключенном «в лице председателя Комитета Путина В. В.» и подписанном Аникиным, комиссионные составляли 50 % (5 983 900 долларов). В договоре КВС с МО «Святослав» комиссионные за реализацию 20 тысяч тонн хлопка также составляли 50 % (12 миллионов долларов).
В заключении рабочей группы Салье приводились также случаи выдачи лицензии на вывоз сырья под заведомо фиктивные поставки продовольствия (поскольку продукты в город не поступили). Часть договоров заключалась с такими огромными формальными нарушениями, которые сделали договора юридически бессильными, и, таким образом, добиться от фирм их исполнения, — то есть реальной поставки продовольствия, — по суду было невозможно.
Рабочая группа Салье рекомендовала Собчаку отстранить Путина от занимаемой должности и передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное Управление Администрации президента РФ. (О результатах расследования был официально извещен также председатель КВЭС Петр Авен.) Руководитель Контрольного Управления Юрий Болдырев 31 марта 1992 года наложил на докладную рабочей группы такую резолюцию: «В Управление поступили материалы от депутатов Городского Совета Санкт-Петербурга, свидетельствующие о необходимости отстранения от занимаемой должности председателя Комитета по внешним связям города Владимира Владимировича Путина. Прошу не рассматривать вопрос о его назначении на любую другую должность до принятия Управлением решения по данному вопросу».
Прокурор города Владимир Ерёменко направил Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС Авен не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Возможно, именно этим эпизодом объясняются отличные отношения президента Путина с финансовой группой «Альфа», возглавляемой Петром Авеном. Собчак не разрешил отстранить Путина. Тем не менее, заместитель Путина Аникин вынужден был уйти в отставку. А часть заключенных сделок были расторгнуты. По данным "Новой Газеты" фирмы, получившие от Путина лицензии на торговлю сырьем, всего получили 34 миллиона долларов комиссионных ("Новая Газета" от 13–19 марта 2000 г.).
В 1992 году В. В. Путин был назначен заместителем мэра с сохранением поста председателя КВС. То есть был повышен в должности, а не отстранен. И за ним сохранили руководство прибыльным бизнесом: Комитетом внешних связей мэрии. В те годы Путин получил прозвище Серый Кардинал. Он консультировал Собчака по всем «внешним» вопросам, был его очень близким доверенным лицом. Все серьезные документы визировались сначала Путиным, а только затем Собчаком.