Зато там, где Путин уговаривал и действовал за кулисами, там ему кое-что удавалось. Считается, что Путину удалось добиться принятия в законодательном собрании бюджета на 1996 год. В обмен на утверждение бюджета депутаты получили право на так называемые депутатские "резервные фонды". (Мы, русские люди, называем это подкупом депутатов.) Путин также содействовал формированию в законодательном собрании фракции «Мариинская» во главе с первым вице-спикером Сергеем Мироновым, фракция поддерживала там политику мэрии.
В январе 1996 года Путин вошел в состав клуба промышленников и предпринимателей «Клуб-2004», созданного для поддержки кандидатуры Санкт-Петербурга на проведение Олимпийских Игр 2004 года. Кем он себя считал при этом, промышленником или предпринимателем, остается загадкой. А в марте 1996 года он вошел в состав штаба Санкт-Петербургского регионального отделения Общероссийского движения общественной поддержки президента, в котором объединились организации, выступавшие за переизбрание Б. Ельцина президентом РФ.
Поразительно, но, не взирая на неудачу на выборах в Государственную Думу, в апреле-мае 1996 года Путин был поставлен Собчаком (вместе с Алексеем Кудриным) руководить кампанией Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. Почему его, провалившего выборы в Думу, решил назначить Собчак? Ответ, вероятнее всего, следует искать в событиях марта 1996 года. 13 марта 1996 года Путин привез в законодательное собрание Указ президента Ельцина, разрешающий перенос выборов, а затем сумел фактически заставить депутатов принять решение о переносе выборов с 16 июня на 19 мая 1996 года. Сокращение срока предвыборной кампании было выгодно для Собчака, ведь его оппоненты не были так раскручены, как он.
Собчак, как известно, выборы 19 мая проиграл. Виной тому был не только Путин — руководитель его кампании, но и он сам. Во время кампании Путин придумал и осуществил не блистательную идею о принесении публичной (в присутствии прессы) клятвы на верность Собчаку со стороны топ-менеджмента петербургского правительства. В ходе кампании председатель Петросовета Александр Беляев, конкурент Собчака на выборах, обвинил Путина в хозяйственных нарушениях, а также в том, что он имеет недвижимость на атлантическом побережье Франции. В ответ Путин подал в суд иск о возмещении морального ущерба в размере 200 миллионов недоминированных рублей. Однако, так как иск был подан не по месту жительства Беляева, то дело осталось без последствий. В одной из газет появилась тогда статья под заголовком "Должен знать разведчик, где живет его ответчик". Пресса утверждала, что Путин, «несмотря на службу во внешней разведке», будто бы утверждал, что «вообще не знает, где находится атлантическое побережье Франции».
После поражения Собчака Путин ушел в отставку со всех своих постов в правительстве Санкт-Петербурга. Последней услугой Путина бывшему его начальнику, бывшему мэру, была организация его бегства. По просьбе Собчака, в разгар "квартирного скандала" (Собчака обвиняли в коррупции, в частности, в присвоении роскошной квартиры) он был перевезен силами РУБОПа сначала в Военно-медицинскую академию, где Юрий Шевченко (при президенте Путине позднее стал министром здравоохранения в правительстве Касьянова) поставил Собчаку диагноз, сердечную недостаточность, вследствие которой он, якобы, нуждается в госпитализации и не может быть некоторое время допрошен следователями. А через день уже известные по обыску у Шутова в 1991 году Шаханов и Милин, а также зам. начальника УФСБ по Санкт-Петербургу Александр Григорьев, якобы, осуществили операцию по вывозу Собчака во Францию. Стоит напомнить, что Собчак вернулся в Россию тотчас после того, как премьером стал Путин. И удобно скоропостижно скончался в Калининграде в феврале 2000 года, как бы для того, чтобы не мешать своему заму следовать по блистательному пути наверх. Без сомнения, Собчак знал о Путине не меньше, чем Путин знал и знает о Собчаке.
Владимир Владимирович Путин был безработным недолго. 19 мая Собчак проиграл выборы, а уже в июне 1996 года мы находим Владимира Владимировича в Москве на посту заместителя управляющего делами президента РФ Павла Бородина. Кто устроил ему это высокое назначение? Наблюдатели жизни В. В. П. расходятся во мнениях. Назовем основные версии. 1). Продвижению Путина по службе способствовал сам Пал Палыч Бородин, с ним Путин познакомился во время визитов Ельцина в Петербург. Позже, уже в Москве Пал Палыч познакомил Путина с Валентином Юмашевым, а затем и с дочерью Ельцина Татьяной Дьяченко. В пользу Бородина говорит и тот факт, что когда Бородин оказался в американской тюрьме, президент дал добро на выплату более чем миллионного (в долларах) залога за Пал Палыча. 2). Согласно другим данным, на должность заместителя управляющего делами президента Путина рекомендовал (к тому времени уже первый вице-премьер правительства РФ) Анатолий Чубайс, также птенец гнезда собчакова. Якобы Чубайс преследовал цель с помощью Путина собрать компромат на Бородина. 3). Роль сыграли рекомендации еще одного птенца гнезда собчакова Алексея Кудрина, того забрали в Москву чуть-чуть раньше на должность начальника Главного Контрольного Управления. 4). Алексей Большаков, бывший первый зам. председателя Ленгорисполкома ставший вице-премьером в правительстве В. Черномырдина, поспособствовал назначению Путина. 5). И, наконец, самая неприятная версия, связанная с именем нового губернатора Яковлева, соперника Собчака. Якобы, он устроил Путину хлебное место в Кремле в обмен на предательство Путиным Собчака во время избирательной кампании в Санкт-Петербурге.
Как бы там ни было, в июне 1996 года Путин впервые появился в Кремле. У Бородина Путину поручили заниматься тем, чем он занимался всегда, — хозяйственной деятельностью, — российской недвижимостью за рубежом. С 1995 года на эту собственность — всего 715 объектов недвижимости с общей площадью в 550 тысяч квадратных метров — претендовали МИД, Министерство морского флота и другие. Доходы только от сдачи в аренду части этого имущества составляли, по некоторым подсчетам, порядка 10 миллионов долларов ("Аргументы и Факты", 2000 год, № 3). Бизнесмен Филипп Туровер, свидетель по "делу Березовского" и швейцарскому "делу Бородина", обвинял Путина в причастности к финансовым махинациям на посту заместителя управляющего делами президента РФ. "Новая газета" № 49 (27.12.1998 — 02.01.1999) цитировала показания Туровера в швейцарском суде так: «…когда он (Путин) приступил к так называемой классификации собственности бывшего СССР и КПСС за рубежом в 1997 году, тут же были созданы всевозможные подставные фирмы, АО и ООО. На эти структуры и оформлялась большая часть самой дорогой недвижимости и другие зарубежные активы. Таким образом, до государства зарубежная собственность дошла в весьма общипанном виде».
26 марта 1997 года Путин получил новое назначение — был назначен заместителем руководителя Администрации президента РФ — начальником Главного Контрольного Управления (ГКУ) президента РФ. Он сменил на этом посту Алексея Кудрина. По словам Путина, на этот пост его рекомендовал сам Кудрин. Кудрин же стал заместителем Министра финансов РФ. Главное Контрольное Управление при Путине провело комплексную проверку «Росвооружения», что, в конце концов, привело к отставке его генерального директора Евгения Ананьева. Главное Контрольное Управление также обнаружило злоупотребления в ходе поставок российского оружия в Армению. И было обнаружено недофинансирование Вооруженных Сил РФ. ГКУ составило секретную бумагу о торговле оружием с Арменией, которую Путин направил Министру обороны Игорю Родионову. Однако секретная бумага неожиданно оказалась у председателя Комитета Государственной Думы по обороне — Льва Рохлина, а затем у журналистов, — разразился скандал. (На карьере Путина, правда, этот скандал не отразился.) Когда в июле 1998 года Лев Рохлин был убит при до сих пор остающихся невыясненными точно обстоятельствах, некоторые журналисты связывали смерть Рохлина с этим скандалом вокруг бумаги Путина. Доказательств, впрочем, как всегда не было обнаружено.
25 мая 1998 года Путин стал первым заместителем руководителя Администрации президента РФ ответственным за работу с регионами, оставшись также начальником Контрольного Управления Администрации. На этом посту Путин, в частности участвовал в налаживании системы распределения трансфертов по регионам: 15 июля 1998 года он возглавил комиссию при президенте РФ по подготовке договоров о разграничении предметов вéдения и полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов РФ. Путин заменил на этом посту Сергея Шахрая.