Как уже говорилось, общая архитектура корабля позволяла при стандартном водоизмещении не более 35 000 т и вооружении главного калибра из 9 406-мм орудий обеспечить его довольно основательным бронированием. Хотя "Нельсон" и являлся логичным завершением линии развития английских дредноутов периода 1-ой мировой войны, его бронирование и конструктивная защита были весьма специфичны для своего времени. Так главный броневой пояс размещался под наклоном к диаметральной плоскости корабля. Такую схему применили исходя из того, что линкору придется вести бои на дистанциях порядка 80—160 кбт с углом падения снарядов 22—30°. В этих условиях при наклоне броневых плит верхней кромкой наружу их сопротивляемость резко возрастала. По-видимому, англичане и американцы пришли к такому выводу почти одновременно. Заложенные американские линейные крейсера типа "Лексингтон" имели наклонный главный броневой пояс. Однако их постройка по первоначальному проекту так и не была осуществлена.
Первым же кораблем с наклонным главным броневым поясом стал линейный крейсер "Худ", сданный флоту в 1920 г. Угол этого наклона составлял 12°. На линейных крейсерах с 406-мм артиллерией угол возрос до 18°, что объяснялось чисто технологическими причинами — стремлением более надежно соединить броневые листы с элементами подводной защиты. На "Нельсоне" главный броневой пояс не крепился к наружной обшивке корабля, как, например, на "Куин Элизабет", являясь одним из основных элементов конструкции корпуса корабля. Верхняя кромка броневого пояса отстояла от борта линкора почти на 70 см, а нижняя на 1,6 метра.
Такая конструкция позволяла, помимо прочих достоинств, при наличии довольно основательной противоторпедной защите оставлять надводный борт вертикальным. Дело в том, что наружные були страдали весьма существенным недостатком — в артиллерийском бою они легко повреждались либо прямым попаданием тяжелых снарядов, либо их осколками в результате разрыва, что приводило к преждевременному заполнению водой противоторпедной защиты. Угол наклона главного броневого пояса на линкоре уже из чисто практических соображений составил 22°. Его толщина в районе расположения башен главного калибра и их погребов (с 84 по 188 шпангоуты) составляла 355,6 мм (356 мм по официальным документам) на 12,7 мм сосновой подкладке.
Машинные, котельные отделения и погреба 152-мм орудий (с 188 по 277 шп.) защищались броневыми плитами толщиной 330,2 мм на такой же подкладке. В районе расположения главного броневого пояса были смонтированы 2 противоминные переборки по 19 мм каждая, жестко соединенные между собой. Пространство между ними и наружным бортом разделили еще одной почти вертикальной переборкой, образовывавшей так называемые цистерны плавучести и цистерны противоторпедной защиты. Главный броневой пояс и противоторпедные переборки соединялись между собой водонепроницаемой коробчатой конструкцией.
Носовой траверз состоял из 2-х частей. Верхняя — между средней и нижней палубами, на 86-м шпангоуте, имела толщину 304,8 мм и в районе барбета башни главного калибра "А" являлась частью его конструкции. Нижняя, находившаяся уже ниже конструктивной ватерлинии, соединяла между собой противоминные переборки правого и левого бортов, имела толщину 229 мм и была смещена на 4 шпангоута (с 84 на 80-ый) в нос от верхней части. Кормовой траверз проходил по 277 шпангоуту и являлся защитой погребов противоминной артиллерии. Его броня имела толщину 229 мм на 12,7-мм прокладке. К верхним кромкам главного броневого пояса крепились листы броневой (средней) палубы, также имевшие 12,7-мм прокладку, положенную на 4-х мм вязкую сталь, крепившуюся, в свою очередь, к продольным элементам палубного набора из рамных бимсов и шпангоутов.
В районе башен главного калибра — с 86 по 188 шп. — их толщина составляла 159 мм, а начиная с 188 шп. — 95,5 мм. На броневую палубу опирались барбеты башен 406-мм орудий, броневая труба боевой рубки с толщиной стенок 152 мм и цилиндрические конструкции, по высоте достигавшие главной палубы, с толщиной стенок от 229 до 180 мм, являвшиеся защитой дымоходов из котельных отделений. Кроме того, к броневой палубе крепились барбеты носовых 4-х башен противоминной артиллерии, основание грот-мачты и, наконец, основание палубной надстройки, что делало ее устойчивой и значительно снижало уровень вибрации всей конструкции.
Броневые палуба, главный пояс и траверзы образовывали цитадель, которая совместно с отсеками плавучести по расчетам должна была обеспечить положительную плавучесть кораблю при заполнении водой одной из его оконечностей.