После этого случая, пока приводили в порядок противолодочную и воздушную оборону Скапа Флоу, Лох-Ю временно стал главной базой флота. В это время немцы совершили на Скапа Флоу целый ряд воздушных налетов и сделали правильный вывод о том, что линкоры перебазированы в Лох-Ю. Затем германское морское командование направило в этот район несколько подводных заградителей. На минах, выставленных U-31, 4 декабря 1939 г. "Нельсон" подорвался и получил серьезные повреждения. До этого в период с середины октября 1939 г. и до момента его подрыва на мине оба линкора участвовали в 3-х операциях флота.
Первая была проведена с 23 по 31 октября и имела целью прикрыть конвой судов с железной рудой, сформированный в Нарвике. Конвой благополучно прибыл в Ферт-оф-Форт, а линкоры вернулись в Лох-Ю. Вторую такую же операцию Флот Метрополии провел с 12 по 17 ноября. После нее "Нельсон" и "Родней" перешли в Клайд для проведения текущего ремонта и переборки механизмов. Однако 23 ноября Форбс получил сообщение от вспомогательного крейсера Северного патруля об обнаружении между Фарерскими островами и Исландией броненосного корабля "Дейчланд". На самом деле это был "Шарнхорст", вышедший с 'Гнейзенау" из Вильгельмсхафена с задачей отвлечения патрульных сил и дезорганизации торгового судоходства англичан в Северном море.
В ночь на 24 ноября "Нельсон" и "Родней" покинули Клайд, пытаясь перехватить противника у Норвежского побережья. В тяжелых штормовых условиях с 25 по 28 ноября Форбс напрасно ожидал донесений о противнике от своих крейсеров и авиации, оперировавших у берегов Норвегии. 28 ноября при очередной перемене курса, в результате удара волны "Родней" получил серьезные повреждения рулевого управления и вынужден был своим ходом направиться в Клайд, где его ремонт продолжался до начала 1940 года. "Нельсон" же продолжал оставаться в море. 30 ноября Форбс повернул на юг и начал вести поиск в южной части Северного моря.
3 декабря стала очевидной вся бессмысленность дальнейших поисков противника. Кроме того, у эсминцев эскорта уже были на исходе запасы топлива. Они даже не смогли бы сопровождать флагмана в Клайд, где линкору надлежало пройти запланированный текущий ремонт. Форбс решил пополнить запасы топлива в Лох-Ю. При входе в базу "Нельсон" и подорвался на магнитной мине, выставленной U-31. Корабль потерял ход и простоял в Лох-Ю до 4 января 1940 г., ожидая благоприятных условий для буксировки в Портсмут.
Ремонт "Нельсона" затянулся до августа 1940 г., и объясняется это тем, что наряду с устранением полученных на мине повреждений корабль перевооружили. С установлением линии дозора из вспомогательных крейсеров Адмиралтейство сочло возможным вывести его из боевого состава флота на длительный срок, полагая, что линейных крейсеров вполне хватит для борьбы с германскими рейдерами, а к моменту предполагавшегося вступления в строй германского линкора "Бисмарк" Великобритания должна была располагать новейшим линкором "Кинг Джордж V".
"Нельсона" вооружили 4 восьмиствольными 40-мм установками Виккерса Мк VIA. 2 из них расположили на платформах вместо постов управления 120-мм зенитными орудиями (как на "Роднее"). Два других — вместо кормовых приборов управления противоминной артиллерией, так как их признали бесполезными для эффективного огня 152-мм орудий. На фор-марсе грот-мачты смонтировали цилиндрическую антенну радара "тип 272". Практически полностью был переделан ходовой мостик. На его крыше установили пиромидальную башню, подобную той, какая имелась на "Роднее". Но она стала гораздо массивней, так как на ней разместили не один, а 2 стабилизированных поста наводки зенитной артиллерии (в том числе и для 120- мм орудий) с антеннами радара "тип 282". Трапы также вынесли наружу носовой надстройки. Счетверенные автоматы Мк III демонтировали. 120-мм орудия получили легкие пуленепробиваемые щиты. На топах грот- и фор-мачт установили антенны радаров "тип 279", замененные впоследствии на радары "тип 282".
"Нельсон" в начале войны.
В мае — июне 1940 года произошли события, заставившие англичан в корне пересмотреть свои взгляды на зенитное вооружение кораблей. Так, в ходе эвакуации экспедиционного корпуса из Дюнкерка эсминцы и другие легкие корабли оказались практически беззащитны перед германскими пикирующими бомбардировщиками. Их не спасали даже счетверенные 40-мм пулеметы Виккерса, являвшиеся вариантом установки Мк VIA.