С 19 по 26 мая были проведены большие учения Объединенного флота.
29 мая "Мутсу" выходит в море, операция Mi (захват аттола Мидуэй) началась. Линкор вошел в состав главных сил, которыми командовал главком Объединенного флота адмирал Исороку Ямамото. В этом сражении японцы потерпели сокрушительное поражение. После завершения сражения 5 июня "Мутсу" принял на борт спасенных с погибших авианосцев и дозаправил эсминцы. По некоторым данным, в это время линкор был атакован вражеской авиацией. 14 июня флот прибыл на рейд Хасирадзимы.
14 июля была проведена реорганизация Соединенного флота. 1-я эскадра линкоров Первого флота состояла отныне из кораблей типа "Ямато". 2-я эскадра линейных кораблей была более многочисленной, в нее вошли "Нагато", "Мутсу", "Фусо", "Ямаширо", "Исе", "Хьюга". Боевого использования этого соединения не планировалось. Линкоры находились в полной боевой готовности и в основном занимались боевой подготовкой. "Мутсу" с 22 по 29 июля прошел докование в Куре.
9 августа линкор передали в состав 2-го флота, которым командовал вице-адмирал Нобутакэ Кондо, для участия в операциях у Гуадалканала. Н. Кондо планировал использовать линкоры в составе передовых сил.
Линкор "Мутсу" в различные периоды службы
11 августа с рейда Иокасуки вышли в море корабли передового соединения: линкор "Мутсу", тяжелые крейсера "Атаго", "Такао", "Майя", "Хагуро", "Миоко", легкий крейсер "Юра" и 9 эсминцев. 17 августа соединение прибыло в лагуну Трука.
20 августа это соединение выходит в море для встречи с авианосцами адмирала Т. Нагумо. Вскоре японская летающая лодка обнаружила небольшой американский авианосец. На его перехват были посланы "Мутсу", "Атаго" и несколько эсминцев. К этому времени авианосец "Лонг Айленд" (CVE-1) выполнил свою задачу, поднял в воздух самолеты для Гуадалканала и покинул район, поэтому японские корабли ничего не обнаружили.
24 августа "Мутсу" участвовал в бою у Восточных Соломоновых островов, находясь в охранении авиационного соединения. 27 августа линкор выпустил 4 снаряда по американскому самолету. Вскоре японский самолет-разведчик обнаружил американское соединение южнее Соломоновых островов, и "Мутсу" в составе соединения выходит на перехват. Поиск не привел к положительным результатам. Вскоре был получен приказ возвращаться в порт, и 2 сентября флот прибыл на Трук.
В этот период службы корабль стоял в лагуне, изредка выходя в море не учения. Положение с противовоздушной обороной отдаленного гарнизона в Рабауле осложнилось, и поэтому 20 сентября "Мутсу" и "Ямато" были отправлены туда, передав офицеров-зенитчиков и матросов. Они должны были обучить своих гарнизонных коллег.
1.7 октября в лагуну Трука прибыл пустой танкер "Кеньо Мару", и линейные корабли "Мутсу" и "Ямато" передали на него часть своего топлива. Затем танкер ушел снабжать малые корабли, действующие в районе Гуадалканала. До конца 1942 года "Мутсу" простоял в лагуне Трука. 7 января в море выходит соединение кораблей Императорского флота "Мутсу", авианосец "Дзуйкаку", тяжелый крейсер "Судзуе" и 4 эсминца. Они зашли на Сайпан, а затем взяли курс на Метрополию. Около японских островов "Мутсу" вышел из строя и пошел в Йокосуку, остальные корабли пошли в Куре. В Иокосуке линкор прошел небольшой ремонт, а с 29 января по 6 февраля докование. Полностью работы были завершены к 15 февраля, и 16 февраля линкор прибыл в Хасирадзиму.
Весна 1943 года прошла в спокойной обстановке. С 27 по 31 мая корабль прошел очередное докование и затем перешел на рейд Хасирадзимы для длительной стоянки. 8 июня 1943 г. линкор стоял на флагманской банке, между островами Хасирадзима и Суо-Ошима. На борту корабля, помимо экипажа, находились 40 инструкторов и 113 кадетов школы морской авиации. В погребах башен главного калибра хранилось по 240 снарядов — по 120 на орудие (из них 50 "Саншики-дан"). Ближайшими соседями по рейду были линкор "Фусо", легкий крейсер "Тацута" и новейшие эсминцы из состава 11-го дивизиона. Боцманская команда линкора готовилась к смене места стоянки, к гавани приближался флагманский линкор "Нагато".
Линкор "Мутсу" в конце 1930-х гг.
В 12 ч 30 мин произошел взрыв погребов боезапаса башни № 3. Командующий Первым флотом вице-адмирал Шимуцу утверждал, что облако после взрыва было снежно-белым. Взрыв был огромной силы, и вскоре линкор переломился пополам. Большая носовая часть перевернулась через правый борт и затонула, меньшая кормовая оставалась наплаву. Все находившиеся корабли спустили шлюпки, им удалось подобрать 353 человека (из курсантов-авиаторов спасти удалось только 13 человек). Крейсер "Тацута" и эсминцы начали поиск подводных лодок. Приближавшийся к месту катастрофы "Нагато" начал идти противолодочным зигзагом.