Тем временем в Токио, в стенах морского министерства, а точнее, отдела Морской авиации, решалась его судьба. Из этого отдела "наверх" ушло предложение перестроить "Исе" в авианосец, могущий принять на борт 54 самолета. Это позволило бы хоть как-то восполнить потери, понесенные в сражении у Мидуэя. Но это предложение не прошло, было принято компромиссное решение переоборудовать их в гибрид линкора с авианосцем.
14 июля линкоры типа "Исе" были переподчинены непосредственно командующему Объединенным флотом. До конца года "Исе" занимался боевой подготовкой в водах Метрополии, пройдя докование в Куре с 21 по 29 ноября 1942 года.
Первые два месяца нового 1943 года прошли спокойно. 23 февраля корабль был выведен в резерв 4 категории (самой низкой). Этот день считается началом переоборудования корабля в линкор-авианосец.
Работы шли достаточно быстро. 7 августа экипаж корабля и рабочие завода были свидетелями завершения немецкой операции "Марко Поло" — в Куре прибыла немецкая подводная лодка "U-511". Позднее она будет подарена А. Гитлером императору Хирохито и зачислена в состав японского флота как "RO 500".
10 августа во время очередной реорганизации императорского флота "Исе" зачислили во 2-ю дивизию линейных кораблей Первого флота. Переоборудование завершили, и 23 августа начались испытания. Во время пробегов на мерной линии корабль развил скорость 25,3 узла. 26 августа он вернулся в Куре, для устранения замеченных недостатков.
Но успели сделать немногое, 31 августа "Исе" отправили в Хасирадзиму. С 15 сентября он был приписан к Военно-морской академии в Этадзиме. На нем проходили практику курсанты.
8 октября переоборудование было полностью завершено. 15-20 октября состоялся переход "Исе" на Трук в составе конвоя "TEI 3". Хотя назвать это конвоем очень сложно, торговых судов в его составе не было, грузы перевозили сами военные корабли. В этом конкретном случае это были 2 линкора, 1 авианосец, 1 крейсер и 3 эсминца. Переход прошел без происшествий.
До 26 октября "Исе" находился в лагуне, когда главные силы Объединенного флота в очередной раз пытались перехватить американские авианосцы. 26 октября после безуспешного поиска они вернулись на Трук. 31 октября переформированное соединение (2 линкора, 2 авианосца, 2 крейсера, 4 эсминца) вышло в море. Первые дни перехода прошли спокойно. 5 ноября корабли Японии находились в проливе Бунго, когда американская подводная лодка "Хэллибат" (SS 232, командир капитан-лейтенант Кэллантин), используя данные, полученные из дешифрованных японских радиограмм, пошла на перехват. Субмарине удалось занять позицию для атаки и произвести шеститорпедный залп. Одна торпеда поразила авианосец "Дзунье" в кормовую часть, выведя из строя рулевое устройство. Вторая, к счастью не взорвавшаяся, попала в линкор "Ямаширо". Поврежденный авианосец был отбуксирован в ближайший порт.
6 ноября "Исе" прибыл в Куре. В течение ноября были проведены полные испытания линкора. По их завершении начался очередной период бездействия.
25 февраля 2-я дивизия линейных кораблей Первого флота была передана в состав Объединенного флота. 1 мая оба линкора-авианосца были включены в состав 4-й дивизии авианосцев Пятого флота, контр-адмирала М. Чиаки. В этот же день к "Исе" и "Хьюге" была приписана воздушная 634 группа. 31 мая 1944 года корабль прибыл в Куре для прохождения текущего докования и работ по усилению зенитного и электронного вооружения. На корабле установили 47 25-мм зенитных автоматов (12 3-х ствольных, 11 одноствольных). Также установили 2 радиолокационные станции "Тип 22", скорее всего, в это же время были смонтированы две станции наблюдения за воздушной обстановкой "Тип 13" и радиолокационные приборы управления огнем "Е 27".
7 июня 1944 г. работы завершили, и начались испытания. Первый самолет взлетел с "Исе" 23 июня. 10 июля в состав 4-й дивизии авианосцев был включен "Дзунье". Тем временем "Исе" по мере возможности продолжал боевую подготовку, правда в основном на якоре, в Японии начал ощущаться дефицит нефти. 10 августа в составе 4 дивизии авианосцев появился еще один авианосец "Рюхо", а число самолетов в приданной авиагруппе увеличилось до 130.
"Исе" в первые годы службы
8 сентябре на борту "Исе" появилось новое оружие 6 127-мм пусковых установок зенитных ракет. Ракеты имели фосфорный двигатель, шрапнельный заряд и дистанционный взрыватель. Установки разместили в кормовой части на спонсонах, их расчет получил специальное обмундирование и в момент залпа должен был уходить в укрытие.