Японские корабли продолжили поиск и 22 апреля вернулись в базу. 5 мая 2-я дивизия линкоров вышла в море на стрельбы. Во время очередного залпа в башне №5 линкора «Хьюга» произошел «затяжной» выстрел, начался пожар. Во избежание катастрофы пришлось затопить все кормовые погреба. «Фусо» сопровождал поврежденного собрата до Куре и затем ушел к месту постоянного базирования. На этот раз стоянка была короткой. С 19 по 23 мая линкор принимал участие в больших совместных маневрах 1-го и 3-го флота — императорский флот заканчивал подготовку к большой операции в районе атолла Мидуэй и Алеутских островов.
29 мая 2-я дивизия линейных кораблей выходит в море, составив основу соединения прикрытия высадки на Алеутах. Эта эскадра была достаточно мощной: в неё входили 4 линкора, 2 легких крейсера и танкеры. Операция закончилась катастрофой у атолла Мидуэй, Япония потеряла 4 авианосца и тяжелый крейсер, а самое главное — почти всех великолепно обученных морских летчиков.
Высадка на Алеутские острова была отложена, и все соединения отозваны на базу. 14 июня флот прибыл в Йокосуку, 22 июня перешел на рейд Хасирадзимы и 24 июня в порт назначения.
«Фусо», как и все остальные корабли соединения, находился в полной готовности к выходу в море. 14 июля была произведена реорганизация Японского флота. «Фусо» по-прежнему оставался в составе 2-й дивизии линкоров, в это соединение были также включены линкоры «Нагато» и «Мутсу». Отныне 1-я дивизия линейных кораблей включала в себя только корабли типа «Ямато». 2-я дивизия линкоров продолжала находиться в готовности к выходу в море, изредка выходя на ученья.
В августе 1942 года обсуждался вопрос о перестройке кораблей типа «Фусо» в линкор-авианосец. Конечно, на подобное японцы решились не от хорошей жизни, а пытаясь хоть как-то восполнить потери, понесенные в сражении у Мидуэя. Работы на «Фусо» должны были начаться в августе 1943 года, но вскоре от этого плана отказались.
С 3 по 5 сентября линкор прошел текущее докование в Куре. До начала ноября корабль находился на рейде Хасирадзимы, временами выходя в море на учения. 15 ноября 1942 года он был передан военно-морской академии в Этадзиме для использования в качестве учебного корабля. В декабре 1942 года во внутреннем Японском море прошли учения, в которых приняли участие линкоры «Ямато», «Фусо», «Ямаширо» и авианосец «Дзуйкаку».
«Фусо» во время модернизации. 1936 г.
Линейный корабль «Фусо». 1939 г. (Наружный вид)
15 января 1943 года линейный корабль вернули в состав действующего флота. Первое полугодие «Фусо» провел в водах Метрополии, не принимая участия в военных действиях. 8 июня 1943 года он находился на рейде Хасирадзимы, на соседней якорной стоянке находился линкор «Мутсу». Внезапно раздался взрыв, и этот линкор быстро затонул. Шлюпки «Фусо» спасли 353 человека. На всех кораблях, находившихся на рейде, была пробита боевая тревога и начат поиск вражеских подводных лодок, который вскоре прекратили.
«Фусо» использовался в качестве штабного корабля спасательных работ, в его салонах заседала комиссия «М» по расследованию обстоятельств гибели «Мутсу». Только 25 июня служба вошла в привычную колею, 2-я дивизия линкоров вышла в море на тактические учения и стрельбы. В начале июля корабль прибывает в Куре для прохождения небольшого ремонта и усиления вооружения, на его борту были установлены радиолокационная станция обнаружения надводных целей «Тип 21» и 21 25-мм зенитный автомат (2 спаренных, 17 одиночных). Позднее их число увеличили до 37. С 18 по 25 июля корабль проходит докование. Работы были завершены в начале августа. 15 августа все спасенные с «Мутсу» были переданы на борт линкора «Нагато».
16 августа «Фусо», сопровождаемый двумя эсминцами, выходит в море и 17 августа прибывает в Яшиму (о. Сикоку), там формировалось мощное соединение кораблей императорского флота, в которое вошли линкоры «Нагато» и «Ямато», эскортный авианосец «Тайо», тяжелые крейсера «Атаго» и «Такао» и пять эсминцев. Вскоре они вышли в море и взяли курс на Трук, куда прибыли 23 августа. После небольшого отдыха началась боевая подготовка. В начале сентября японская разведка узнала, что американцы планируют рейд на Тараву и другие атоллы. В связи с этим главные силы императорского флота были переведены в лагуну атолла Эниветок. На атолле Трук были оставлены, во избежание различных неожиданностей, линкоры «Мусаси», «Фусо», «Харуна» и «Конго». 25 сентября в лагуну вернулись так и не вступившие в бой главные силы Императорского флота.