В японском флоте напротив подводные крейсера все же появились. К ним официально относились подлодки проектов Junsen, что обозначает "подводный крейсер"; "J-1" ("I-1" — "I-4"), "ММ" ("I-5", "J-2" ("I-6"), "J-3" ("I-7" и "I-8"). Вполне соответствуют понятию подводный крейсер подводные лодки-радиоретрансляторы типа "А1" ("I-9" — "I-11") и штабная подводная лодка типа "А2" ("I-12"). К подводным крейсерам можно отнести крейсерские подводные лодки типа "ВГ ("I-15”, "I-17", "I-19", "I-21", "I-23" "I-25" — "I-39”), типа "С1" (“I-16", "I-18", "I-20", ”I-22", "I-24"), типа "ВЗ" ("I-54", "I-56" и "I- 58"). Правда в ходе войны многие из них прошли различные модернизации и переделки, в результате которых они теряли то свою артиллерию, то гидросамолеты. Кроме этого в составе японского флота имелись подводные лодки-авианосцы, главным оружием которых являлись гидросамолеты. К ним относятся модернизированные еще в ходе постройки крейсерские подводные лодки типа "AM" (новая "I-1" и "I-13"; "I-14" и "I-15" — не достроены) авианесущие подводные лодки специальной постройки типа "Sto" ("I-400" — "I-402"; "I-403", "I-404" и "I- 405” — не достроены).
Японцы также взяли за основу германский проект. Орудия на их подводных лодках располагались открыто и вступать в артиллерийский бой с боевыми кораблями они нс собирались. Однако сами подводные силы японского флота ориентировались прежде всего на борьбу именно с крупными кораблями, и задача по нарушению коммуникаций противника перед ними практически не стояла. Таким образом, для артиллерии подводных крейсеров как бы не оказалось целей, Зато Тихоокеанский театр военных действий изобиловал большим количеством отдельных береговых объектов, расположенных на отдельных островах, нанесение ударов по которым надводными кораблями или авиацией было связано или риском больших потерь, или ценность этих объектов просто не стало от эти объекты и стали главными целями для артиллерии японских подводных крейсеров. Всего за время войны они около полусотни раз обстреливали всевозможные береговые объекты от побережья США (районы Лос-Анжелоса и Санта-Барбары) до Австралии.
"Взлетная полоса" самолета "Aichi M6A Seiran".
В частности, обстрелу подвергались базы гидроавиации на о. Хауленд, Бейкер и в бухте Грациоза на Соломоновых островах; сталелитейный завод в Ньюкасле; нефтеперегонный завод в Голети (Калифорния); база американских подводных лодок в Астории; аэродром Эспириту-Санто. Военное значение этих акций было незначительным, но панику среди местного населения они несколько раз вызвали.
Первой японской подлодкой получившей на вооружение самолет стал в 1931 г. подводный крейсер "I-5". Самолет находился в сложенном состоянии в ангаре цилиндрической формы, в который имелся доступ в подводном положении. В 1933 г. "I-5" оснастили пневматической катапультой, но только в 1936 г. японский флот получил серийный самолет специально спроектированный для применения с подводных лодок. Им стал "Watanabe E9W1", получивший официальное обозначение "Тип 96" (всего до 1938 г. изготовили 35 экземпляров). Он мог находиться в воздухе почти 5 часов. К началу Второй мировой войны "Watanable E9W1” окончательно устарел, и в 1940 г. на вооружение японского флота поступает гидросамолет "Yokosuka E14Y1", имевший официальное обозначение "Тип 0" (всего построено 126 экземпляров). Его отличительной чертой, кроме всего прочего, стала способность нести 60 кг бомб, а без второго члена экипажа даже до 300 кг. Самолеты именно этого типа приняли активное участие в боевых действиях на Тихом океане. Так, бортовой гидросамолет с "I-7" произвел последнюю разведку перед нанесением знаменитого удара по Перл-Хабору. а с "I-5" — зафиксировал результат этого удара. С февраля 1942 г. японцы приступили к нанесению бомбовых ударов. Бомбардировкам самолета с "I-25" в феврале—марте подверглись города Австралии и Новой Зеландии — Сидней. Мельбурн, Хаботр (о. Тасмания), Веллингтон, Окленд,а также Сува на о. Фиджи. 31 мая самолет с "I-10" осуществил доразведку бухты Диего-Суарес на о. Мадагаскар, на основании данных которой была осуществлена успешная атака судов сверхмалыми подводными лодками. 30 августа вновь отличились "I-25": се гидросамолет сбросил две 76-кг зажигательные бомбы на территорию штата Орегон — это единственный отучай бомбардировки континентальной части Соединенных Штатов Америки за всю Вторую мировую войну. Не все вылеты бортовых самолетов проходили гладко. Например при втором вылете на бомбардировку штата Орегон летчик заблудился в сумерках и его спасло лишь плохое техническое состояние "I-25": она оставляла за собой мощный масляный след. 19 октября 1943 г. система противолодочный обороны Перл-Харбора не позволила "I-36“ приблизиться к базе ближе 300 км, и командир принял решение послать свой самолет с этой дистанции. Однако учитывая, что реальная дальность полета полностью снаряженного "Yokosuka E14Y1" не превышала 550 км, то все понимали, что обратно он нс вернется. Так и получилось: летчик доложил о диспозиции кораблей в бухте и больше на связь не выходил. 25 ноября "I-19" все-таки подошла и Перл-Харбору на дистанцию менее 150 км и выпустила свой самолет на разведку. Самолет свою задачу выполнил, но пока он летал его подлодку потопил американский эсминец. В 1945 г. на вооружение подводных авианосца типа "I-400" и двух переоборудованных "I-1" и "I-13" поступили катапультные бомбардировщики торпедоносцы "Aichi М6А Seiran" (всего было выпущено 28 экземпляров). Эти подводные лодки планировалось использовать хтя вывода из строя Панамского канала. Подготовка операции началась в начале 1945 г. и проводилась с исключительной тщательностью. Для этих цепей даже были построены макеты шлюзов канала. Однако военная обстановка все ухудшалась и эффектная, но уже нс самая актуальная боевая задача все откладывалась. В это же время подводные лодки были очень необходимы хтя борьбы с американским флотом вторжения. В конечном итоге операцию по выводу из строя Панамского каната решили провести, но попутно решить сшс ряд других задач. В частности, бортовые самолеты должны были провести воздушную разведку и нанести удар по выявленным объектам атохта Улити. С этой целью "I-13", "I-1", "I-400" и ”I-401” стати перебазироваться на о. Трук. На переходе к этому острову авианосная авиация потопила"I-13". Силами бортовых "Aichi М6А Seiran" оставшихся подводных лодок 25 августа планироватся удар по Улити, а затем подводные авианосцы должны были направиться к Панаме. При этом "I-1" обратно как бы нс ждали: вернуться в базу ей элементарно не хватало топлива, а дозаправка в морс планом операции нс предусматривалась — все заправщики уже были уничтожены.6 августа "I-400" и "I-401" вышли в море и трудно предсказать чем мог закончиться этот вояж, но 16 августа пришел приказ о капитуляции и возвращении в базу, а 20 августа поступил приказ об уничтожении "Aichi М6А Seiran" и их выбросили за борт.