Между тем президент Академии, семидесятипятилетний В. Л. Комаров, выдающийся ботаник, один из крупнейших в мире специалистов по систематике растений и флористике, в Казань ехать не захотел, а избрал местом жительства Свердловск.
Естественно, на расстоянии руководить Академией было нелегко, и это удваивало груз забот, навалившихся на Шмидта. А Комаров, если какие-то мелкие вопросы решались без него, постоянно обижался на вице-президента, который будто бы пытается властвовать единолично. Шмидт прилагал весь свой дипломатический талант, чтобы избегать трений. Он с большим уважением относился к Комарову и считал про себя его обиды не более чем чудачеством. Да, честно говоря, ему было и не до выяснения отношений. Управлять — особенно в условиях войны и эвакуации — такой махиной, как Академия, точно и ясно формулировать задачи, стоящие перед каждым ее подразделением, переубеждать иных ученых, слишком однобоко понимающих смысл своей работы в военное время, на все это и так едва хватало сил.
Академик П. С. Александров, работавший в начале войны бок о бок со Шмидтом, вспоминал некоторые эпизоды той трудной поры: «Мне говорил один очень крупный физик, что заниматься атомной физикой теперь несвоевременно. Нужно, мол, разрабатывать темы, которые должны быть применены сейчас же к делу, а не заниматься такой ерундой, как атомные ядра. Отто Юльевич имел мужество противостоять таким голосам. Помню одно собрание, где было сказано, что математики, разрабатывающие прикладные темы, будут получать по 800 граммов хлеба в день, а математики, которые заняты фундаментальными темами, — по 600 граммов. Отто Юльевич тогда пригласил нас к себе и сказал, что и в военной обстановке необходимо не только выполнять прямые сиюминутные заказы обороны, но также необходимо вести проблемные, теоретические исследования во всех отраслях науки, ибо это себя обязательно оправдает. Он считал, что и атомную физику никак нельзя оставлять. Это были слова большого человека и большого организатора науки, по достоинству оцененные многими учеными».
Шмидт не мог думать и поступать иначе. Но такие суждения иными истолковывались превратно… Сейчас трудно проследить всю цепочку событий более чем тридцатилетней давности. Одно известно вполне определенно. В апреле 1942 года из Москвы в Казань пришла срочная телеграмма, которая вполне ясно и недвусмысленно требовала отставки Шмидта.
Академик IL С. Александров рассказывает про эти, пожалуй, самые горькие в жизни Шмидта дни: «Помню, что академик А. Ф. Иоффе, проводя тогда собрание нашего отделения, не сел на председательское место, которое обычно занимал Шмидт. Он сел в стороне, а председательское место так и оставалось пустым». И это был мужественный поступок, иным путем, выразить свое сочувствие отставленному первому вице-президенту Иоффе не мог.
Шмидту хватило выдержки внешне сохранить спокойствие, но свое отстранение от поста он воспринял очень болезненно.
Однако он был слишком деятельным человеком, чтобы погрузиться в обиды и переживания. Еще в 1938 году по его проекту был создан Институт теоретической геофизики АН СССР, в задачу которого входило решение комплексных проблем, связанных с целостным изучением строения Земли — всех ее оболочек и сфер. Шмидт стал директором института со дня основания. И теперь он полностью сосредоточился на руководстве Институтом теоретической геофизики. Многие его лаборатории были заняты конструированием приборов, необходимых для военных нужд. Другие продолжали заниматься фундаментальной проблематикой. Их темы лежали на стыке различных наук о Земле и были чрезвычайно важны для развития каждой из них.
Сам же Шмидт решил, что сложившаяся ситуация позволяет наконец взяться за ту проблему, к работе над которой он подступался уже в течение двух десятилетий, — космогонию, проблему происхождения Земли и планет Солнечной системы.
Это был новый поворот в его судьбе.
Шмидт вошел в космогонию не с пустыми руками, кое-какие предположения и догадки уже давно брезжили в его мозгу. Они не могли облечься в четкие идеи, потому что долгие годы он не имел возможности всерьез заняться космогонией. Но в апреле 1942 года такая возможность появилась. А уже не раз отмечалось, что Шмидт умел как бы прессовать время своей жизни, постигая за считанные месяцы то, на что у других уходили годы и даже десятилетия. Таким же методом он входил и в космогонию.