Оказавшиеся в окружении командиры и солдаты, не имея ни танков, ни артиллерии, приняли на себя огонь, отвлекая огромные силы вооружённых до зубов фашистов. «Теперь мы уже не отличали день от ночи: рукопашные схватки с врагом почти не прекращались, – рассказывал вернувшийся из плена бывший писарь 84-го стрелкового полка. – Капитан Зубачёв бросался вместе с нами в самые опасные места. Иногда я старался удержать его, тем более что он был не единожды ранен». Но силы были неравные. Вместе с группой своих бойцов, оказавшись под завалом, тяжелораненые Зубачёв и Фомин попали в плен. Фомин был выдан предателем, и его расстреляли у Холмских ворот. А Зубачёва как рядового отправили в лагерь военнопленных.
О дальнейшей его судьбе писатель Сергей Смирнов узнал после долгих поисков, когда ему удалось разыскать майора Гаврилова, получившего позже звание Героя Советского Союза. Оказалось, что судьба свела Гаврилова со своим заместителем в 1943 году в лагере Хаммельсбург в Германии. Только один раз удалось им увидеться. Измождённые, измученные, оборванные, униженные, они стояли по обе стороны колючей проволоки, разделявшей их блоки, и, глядя друг на друга, молча плакали. «Да, не оправдали мы с тобой своих должностей», – только и сказал Гаврилов. Даже в эти минуты их не покидало чувство невыполненного долга. В 1944 году Зубачёв умер от туберкулёза в том же лагере, там и был похоронен товарищами. Всего год не дожил он до Победы, в которую так верил с первых дней войны и до последних дней своей жизни. Посмертно И.Н. Зубачёв награждён орденом Отечественной войны I степени.
Жену его Александру Андреевну Зубачёву удалось разыскать недалеко от Бреста, в небольшом городке Жабинка. Мужа она видела последний раз в первые минуты войны. Даже не попрощавшись с ней и двумя сынишками, с первыми взрывами поспешил он к своим бойцам. Больше ничего о судьбе мужа и отца семья не знала до встречи с писателем Смирновым. Его имя увековечено в названиях улиц в городах Брест, Жабинка, Минск, Луховицы. О Зубачёве рассказывают материалы Музея истории Коломенского тепловозостроительного завода.
В мемориале «Брестская крепость-герой» захоронены найденные на территории цитадели останки 254 её защитников, имена которых занесены в книгу «Память. Брест». Из неё удалось узнать, что под мраморными плитами в крепости покоятся пятеро земляков Зубачёва из Подмосковья, а двое из них сражались под его непосредственным командованием. В одной из групп сводного отряда Зубачёва сражался Владимир Николаевич Абызов. Родился он в 1919 году в городе Ногинске Московской области. Оттуда в 1939 году ушёл в Красную армию. Войну встретил в ранге политрука, заместителя командира телефонно-кабельной роты по политчасти 37-го отдельного батальона связи. В книге «Письма войны» помещено одно из них:
«Я теперь буду спокоен за вас. Итак, мама, ты 13-го числа едешь в дом отдыха... У меня к тебе пожелание, как можно полнее использовать недели отдыха. Если будет возможность, то и загореть. Я уже загорел, особенно лицо. А нос даже начал лупиться. Сапоги мне выдали новые. Когда встаешь утром, бывает очень прохладно, ибо подъем у нас в лагерях в 5.30, но после физзарядки и умывания становится тепло. Наша работа по строительству лагерей проходит в благоприятных условиях. Мама и Славочка, международная обстановка в настоящий момент напряжена до крайностей. И неслучайно мы находимся на границе, от нас требуется боевая полная готовность, чтобы в любую минуту защитить наши границы, а если надо – разбить врага.