Известно, что когда 15 октября Государственный комитет обороны принял постановление об эвакуации Москвы, то Сталин отказался покидать столицу, веря в то, что город удастся отстоять. Но среди членов ГКО были и другие мнения. Председатель Моссовета Пронин вспоминал о том, как 19 октября 1941 г. перед заседанием ГКО Берия заявил: «Москва – не Советский Союз. Оборонять Москву – дело бесполезное. Оставаться в Москве – опасно, нас перестреляют, как куропаток». Однако когда на самом заседании Сталин спросил: «Будем ли защищать Москву?», возражать ему никто не решился.
21 октября 1941 г. командующий войсками Московского военного округа генерал-лейтенант Артемьев издал приказ, в котором в целях «прочной и устойчивой обороны Москвы» велел приступить к постройке огневых точек и баррикад на площадях и улицах города, а также о приведении домов в «оборонительное состояние». Что значит «оборонительное состояние»? Это значит, что в подвалах, на первых этажах и чердаках зданий оборудовались огневые точки для пулемётов и миномётов. Всего таких огневых точек в Москве было создано более семисот.
В системе обороны города создавалось три оборонительных рубежа: первый – вдоль Московской окружной железной дороги, второй – по Садовому кольцу, третий – по Бульварному кольцу и Москве-реке. Между рубежами оборона была выстроена вдоль сквозных улиц и проспектов, выходивших, в частности, на Бульварное и Садовое кольцо. Огневые точки на таких улицах создавались с возможностью стопроцентного прострела прилегающей территории. На улицах появились противотанковые заграждения с непривычными московскому гражданскому уху названиями: «эскарпы», «контрэскарпы», «надолбы», «ежи», «завалы».
Но были и иные приказы, не рассчитанные на оглашение и известные лишь узкому кругу лиц: заминировать важнейшие стратегические объекты и создать в Москве диверсионно-разведывательные сети на случай, если немцы захватят город.
Сроки для минирования были поставлены кратчайшие, что создавало известные трудности. Ещё 10 октября комендант Кремля генерал-майор Спиридонов сообщал в НКВД СССР о готовности к проведению «специальных мероприятий». Под ними подразумевалось минирование ряда строений в Кремле. Взорвать планировали кремлёвскую телефонную подстанцию, артезианскую скважину, а также теплостанцию и электроподстанцию.
В самой Москве заминировали вокзалы, оборонные заводы, ряд жилых домов и станций метрополитена, Центральный телеграф, стадион «Динамо». Заминировали также и правительственные дачи – на тот случай, если на них будет проживать фашистская верхушка. Учитывая скорость продвижения фашистов к столице, взрывчатка должна была быть готова в двадцать четыре часа. Также быстро необходимо было и заложить динамит, что обозначило большую потребность в квалицированных специалистах-подрывниках.
Как вспоминал П. Судоплатов, «когда осенью 1941 года немцы подошли к столице, наша Отдельная мотострелковая бригада особого назначения (ОМСБОН) получила задание во что бы то ни стало защитить центр Москвы и Кремль. Наши люди заняли позиции в Доме Союзов, в непосредственной близости от Кремля. В этот критический для судьбы столицы момент наша бригада была, пожалуй, единственным боевым формированием, имевшим достаточное количество мин и людей, способных их установить. По прямому указанию Генерального штаба и лично Жукова мы минировали дальние и ближние подступы к столице, а наша моторизованная часть помогла ликвидировать немецких мотоциклистов и бронетранспортёры, прорвавшиеся к мосту через Москву-реку в районе нынешнего аэропорта Шереметьево. Ближе этого места пройти к Москве немцы уже не смогли».
В Москве было создано разветвлённое подполье для диверсионной работы, или, как говорится в архивных документах, «боевая конспиративная партийная организация, которая возглавила бы борьбу против немецко-фашистских оккупантов в случае оставления города частями Красной армии». В общей сложности на нелегальную работу перешло до 800 человек. Им выправили новые документы, дали другие фамилии, трудоустроили на различные предприятия.
Органы контрразведки также создали несколько независимых от друга разведывательных сетей, в которые входило до 500 человек. Одной из них руководил майор Дроздов, в целях конспирации назначенный заместителем начальника аптечного управления Москвы. Он должен был обеспечивать немецкое командование лекарствами и войти к нему в доверие. Ещё одной группой подпольщиков руководил назначенный главным инженером водонапорной станции капитан Щорс. В случае прихода немцев он должен был использовать систему водопровода и канализации для организации диверсий и укрытия агентов.